Protože PDB uvolňuje data do veřejného prostoru, byla tato data použita v různých jiných databázích struktury proteinů.

Mezi příklady databází struktury proteinů patří (v abecedním pořadí);

Databáze makromolekulárních pohybů popisuje pohyby, které se vyskytují v proteinech a dalších makromolekulách, zejména pomocí filmů Dynameomics datový sklad molekulárně dynamických simulací a analýz proteinů reprezentujících všechny známé rodiny proteinových záhybů JenaLib Jenská knihovna biologických makromolekul je zaměřena na lepší šíření informací o trojrozměrných strukturách biopolymerů s důrazem na vizualizaci a analýzu. ModBase databáze trojrozměrných modelů proteinů vypočtených pomocí komparativního modelování OCA browser-databáze pro strukturu/funkci proteinů – OCA integruje informace z KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt a dalších. OPM poskytuje prostorové pozice trojrozměrných struktur proteinů vzhledem k lipidové dvojvrstvě. PDB Lite odvozená od OCA, PDB Lite byla poskytnuta proto, aby co nejvíce usnadnila vyhledání a zobrazení makromolekuly v PDB PDBsum poskytuje přehled makromolekulárních struktur v PDB a uvádí schematické diagramy molekul v jednotlivých strukturách a interakcí mezi nimi PDBTM the Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – výběr z PDB. PDBWiki komunitou anotovaná znalostní databáze biologických molekulárních struktur ProtCID Protein Common Interface Database (ProtCID) je databáze podobných protein-proteinových rozhraní v krystalových strukturách homologických proteinů. Protein databáze proteinů NIH, kolekce sekvencí z několika zdrojů, včetně překladů z anotovaných kódujících oblastí v GenBank, RefSeq a Third Party Annotation, jakož i záznamů ze SwissProt, PIR, PRF a PDB Proteopedia kolaborativní, 3D encyklopedie proteinů a dalších molekul. Wiki, která obsahuje stránku pro každý záznam v PDB (>100 000 stránek) se zobrazením Jmol, které zvýrazňuje funkční místa a ligandy. Nabízí snadno použitelný nástroj pro tvorbu scén, takže se nemusíte učit skriptovací jazyk Jmol, abyste mohli vytvářet vlastní molekulární scény. Vlastní scény lze snadno připojit k “zeleným odkazům” v popisném textu, které tyto scény zobrazí v Jmol. ProteinLounge databáze proteinů, která obsahuje vizualizace struktury proteinů. Obsahuje také proteinové dráhy a genové sekvence včetně dalších nástrojů. SCOP the Structural Classification of Proteins podrobný a komplexní popis strukturních a evolučních vztahů mezi všemi proteiny, jejichž struktura je známa. SWISS-MODEL Repository databáze anotovaných modelů proteinů vypočtených pomocí homologického modelování TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – wiki určená ke shromažďování, sdílení a šíření informací o trojrozměrných strukturách proteinů.