Na kopci Sânpetru (Svatý Petr) poblíž hradu a v okolních vesnicích byly objeveny nástroje z doby kamenné. Oblast byla velmi bohatá na železo, které zde od doby železné těžily thrácké kmeny. V blízkosti Hunedoary se nacházely dácké pevnosti v pohoří Orăştie, především Sarmiszegetusa, která se stala nejdůležitějším náboženským a politickým centrem Dácie a byla zásobována železem, které se zde vyrábělo. Na kopci Sânpetru nedaleko hradu byly nalezeny pozůstatky osmi dáckých železářských pecí. O významu lokality svědčí nález důležitých peněžních pokladů dáckých mincí a římských císařských mincí.
Po dobytí Dácie kolem roku 106 n. l. a její přeměně v římskou provincii přitáhla oblast bohatá na železo pozornost Římanů, kteří ji začali využívat stavbou pecí. V Teliuc vznikla “Villa Rustica”, římské opevnění na kopci Sanpetru, výspa slavné legie XIII Gemina, jejíž hlavní castrum bylo v Apullum v Dácii. Další římské artefakty byly objeveny v okolí města a také v Pestis, kde byly objeveny pozůstatky římské vesnice. V blízkosti se nacházelo také nové hlavní město římské provincie Dácie, Ulpia Traiana Sarmizegetusa.
Po ústupu římských vojenských a správních sil v období stěhování národů se v regionu nenacházely žádné významné historické památky, i když je možné, že železářská činnost zde pokračovala. Etnická struktura regionu se výrazně změnila, především se zde objevili Gótové, Hunové, Slované, Pečenězi, Maďaři a Kumáni.
O etnické příslušnosti obyvatel Sedmihradska před maďarským dobytím se vedou vědecké debaty (viz Původ Rumunů). Po roce 1000 se jako součást Uherského království pod slovanským vlivem rozrůstaly drobné politické sváry (vládli jim knjazové). Jižně od Karpat drželi politickou moc Pečenězi a Kumáni a Hunedoara působila jako nárazníková zóna uherské koruny. Časem se u valašského obyvatelstva v nedalekých horách vyvinula svébytná horalská kultura. Jejich území se nazývá “Tara Padurenilor” (Země zálesáků) a začali v oblasti demograficky dominovat. V oblasti žilo také značné množství německých Sasů, kolonizátorů, které sem přivedla uherská koruna po mongolském vpádu, a později Romů, kteří se přistěhovali z indického subkontinentu.
První písemná zmínka o městě pochází z roku 1265 pod názvem Hungnod jako o středisku koželužství a zpracování vlny. Město Hunedoara se stalo důležitým centrem těžby a zpracování železa v Sedmihradsku. “Corpus Inscriptiorum Latinorum” označuje místního obyvatele jako “natas ibi, ubi ferum nascitur”, tedy “narozený tam, kde se zrodilo železo”. Jako páteř pro výrobu zbraní a nástrojů byl průmysl města pro region životně důležitý.
Město je od 14. století známé především jako sídlo rodu Hunyadiů. Dne 18. října 1409 byl Voyk (maďarsky Vajk, rumunsky Voicu) Zikmundem Lucemburským odměněn za vojenskou statečnost a obdržel panství Hunedoara. Původ rodu Hunyadiů je předmětem neustálých debat historiků. Ve stejné listině, která zaznamenala Vojkovu odměnu za vojenskou statečnost od Zikmunda Lucemburského, jsou zmíněni i jeho tři synové: Mogoş, Radu a Jan Hunyadi (maďarsky János Hunyadi; rumunsky Ioan de Hunedoara). Hunedoara získala v roce 1448 od uherského krále městská privilegia. Jan Hunyadi zpevnil citadelu na vrcholu starobylé pevnosti a vytvořil dva hlavní sály, sněmovní a rytířský. V blízkosti hradu bylo v roce 1448 postaveno františkánské opatství a na hradě žil Jan Kapistránský, slavný italský mnich, kterého papež vyslal organizovat křížovou výpravu proti Turkům. Jan Kapistránský se později zasloužil o podněcování rolníků ke křížové výpravě, která vycházela z Frankfurtu a táhla směrem na Bělehrad.
Jan Hunyadi byl předním vojevůdcem v narůstající konfrontaci s Osmanskou říší. Bojoval ve službách Zikmunda, v husitských válkách si osvojil vojenskou taktiku a stal se nejobratnějším uherským válečníkem. Byl povýšen a jmenován vojvodou (knížetem) Sedmihradska, které bylo v té době autonomní součástí Uherského království. Byl zvolen regentem Uher, vytvořil koalici s moldavskými a valašskými knížectvími a zapojil se do křížových výprav proti Turkům za osvobození Srbska a Bulharska. Křížová výprava na krátkou dobu sjednotila nesourodé síly na Balkáně a díky vítězstvím získaným v bitvách se podařilo zajistit Uherské království před osmanskou okupací na více než sto let. Ačkoli zemřel ve vojenském táboře, jeho syn Mátyás (Matyáš Korvín) se později stal nejslavnějším z uherských králů. Papež Pius II. ho nazval Athleta Christi (“Kristův šampion”) a Bílý rytíř Valašska.
V roce 1457 Matyáš povolil valašským poddaným postavit pravoslavný kostel, nádherně vyzdobený malbami a zachovaný dodnes. Pokračoval v upevňování hradu a feudálního panství Hunedoara. Hrad Hunedoara se stal jedním z největších ve středověkém světě a stál jako svědek velikosti jeho rodu urozených válečníků a státníků v době válek a beznaděje pro region, kdy se Osmanská říše blížila ke střední Evropě. V době vlády Hunyadiů se Hunedoara stala tržištěm (opiddum) pro železo. Matyáš Korvín město jmenoval oblastí osvobozenou od daní a tato výsada trvala až do 17. století. Počet obyvatel se pohyboval mezi 784 v roce 1512 a 896 v 17. století. Po Matyášově smrti přešla Hunedoara na jeho syna Jana (maďarsky János; rumunsky Ioan), ale i on zemřel mladý. Jeho manželka Beatrice de Frangepan se v roce 1509 provdala za Jiřího z Hohenzollernu, markýze braniborského. Georg de Brandenburg však na Hunedoaře nesídlil, místo toho jmenoval svého zástupce Györgye Stolcze.
V roce 1514, během selského povstání Györgye Dózsy, byli někteří na hradě uvězněni a pravděpodobně i mučeni. Město čítalo 184 domů, což byla na tehdejší dobu značná rozloha, a vládl mu jmenovaný pravoslavný kněz. V roce 1528 zničil 124 domů požár. V roce 1534, kdy Uherské království dobývali osmanští Turci, byl hrad během povstání Czibaka Imreho, oradského biskupa, obležen a o dva roky později Jan Zápolya daroval hrad spolu s dalším majetkem Töröku Bálintovi, který se tak stal nejbohatším šlechticem Uher. V roce 1557 je na hradě zmiňován Török János, reformní proselyt, který zde zabil svou nevěrnou manželku Kendi Annu. V roce 1601 byl hrad obléhán valašským vojskem Michala Chrabrého při jeho tažení – v době, kdy vládl ve Valašsku, Moldavsku a Sedmihradsku – proti Osmanské říši a za účelem změny osmanského vazalství na habsburské.
Město i hrad přečkaly relativně bez úhony protireformaci Giorgia Basty, generála habsburské říše. V roce 1618 přešlo vlastnictví hradu na rod Bethlenů. Gabriel Bethlen, sedmihradský vojvoda, hrad zpevnil a rozšířil a daroval ho svému synovci Štěpánu Betlenovi, který zde žil se svou manželkou Marií Széchyovou, proslulou svou krásou.
V roce 1634 byla v Hunedoaře založena uherská reformovaná církev a hrad vlastnil Imre Thököly, jeden z vůdců protestantského protihabsburského povstání a pozdější sedmihradský kníže, který na hradě trávil mnoho času. V roce 1685 přešel hrad do vlastnictví Michaela Apafiho, prohabsburského sedmihradského knížete. V roce 1710 byl starý kostel vrácen františkánům a v roce 1725 opět získal klášterní hodnost. V té době už většinu obyvatelstva tvořili Rumuni.
Většina dnešní Hunedoary byla v té době svěží rovinou, kterou se klikatila řeka Černá. První vysoká pec byla postavena do roku 1603, následovaly další čtyři. Novodobý železářský provoz začal na úpatí kopce Svatý Petr (Sanpetru), poblíž nejvzdálenější věže hradu zvané Nebojša (srbsky “neboj se”, věž, která byla ve středověku nejvzdálenější od hradu, aby poskytla poslední útočiště v případě obléhání; srov. věž Nebojša). Šachtu si lze prohlédnout dodnes. V blízkosti se nacházely také železářské manufaktury.
V roce 1667 již stála na Černé huť, která vyráběla 490 tun surového železa a v roce 1699 66 tun železa. V roce 1714 zhotovil Georg Steinhilbert druhou a třetí byla vyrobena v roce 1727. V roce 1743 se o provoz starala přímo státní pokladna. Ze zmíněných mlýnů se jeden nacházel pod hlavním mostem a jeho zdi jsou dnes v troskách.
První vysoká průmyslová pec na světě na těžbu železa, jak se tvrdí, byla postavena v roce 1750 v Topliţe u Hunedoary a pozdější v roce 1806 v Govăşdii. Obě pece je dnes možné navštívit. Dostat se k nim po silnici bylo možné pouze přes Teliucu Inferior (tehdy Alsótelek) a Teliucu Superior (tehdy Felsőtelek). Až do roku 2001 existoval systém úzkokolejné železnice vybudované v 19. a 20. století, která vedla od hradu Hunedoara nedaleko Zlaşti přes 747 a 42 metrů dlouhý tunel skrz hory a úchvatnou krajinou “Ţara Pădurenilor” (Země lesníků), než dorazila do Govăjdie. Ze Zlaşti do Govăjdie a Crăciuneasy byla rozebrána a sešrotována posledním majitelem, společností Talc-Dolomită Zlaşti. Poslední zbývající 2,3 km dlouhá úzkokolejka z hradu Hunedoara do Zlaşti byla v provozu do roku 2007 společností Talc-Dolomită Zlaşti. V létě 2009 tento poslední zbývající úsek trati odstranila. Nyní se objevují snahy o obnovení železniční trati pro účely cestovního ruchu.
V 18. a části 19. století, kdy se město Hunedoara stále více industrializovalo, se do města začali stěhovat rolníci z okolních regionů a počet obyvatel se zvyšoval. Na sněmu byli zastoupeni pouze Němci, Maďaři a sedmihradští Székelové (viz Unio Trium Nationum). Rumuni, kteří v té době tvořili asi 50 % obyvatelstva, se cítili vykořisťováni a několikrát se vzbouřili. Sedláci z hrabství Hunedoara podpořili povstání Horea, Cloşca a Crişan v roce 1784, kdy neúspěšně obléhali nedalekou pevnost Deva.
Hrad v Hunedoaře poskytoval útočiště místní šlechtě a to byla jeho poslední funkce vojenské obrany. Později byli zástupci zdejšího kraje vysláni na rumunské národní shromáždění konané v Blaji během revoluce v roce 1848, kde se Rumuni rozhodli požadovat rovnoprávnost a postavit se na odpor snaze Uher o získání nezávislosti na habsburském rodu. To odstartovalo malé povstání v celém Sedmihradsku, které maďarská armáda rychle utišila, s výjimkou pohoří Apuseni na severu Hunedoary, kde se tribun Avram Iancu snažil udržet maďarská vojska od kontroly zlatých dolů. Následné neúspěchy pozdější rakousko-uherské monarchie při plnění požadavků Rumunů spolu s maďarizačními kampaněmi ještě více prohloubily a odcizily rumunské obyvatelstvo Hunedoary.
Během první světové války Rumuni z Hunedoarské župy aktivně podporovali rumunskou armádu a Rumunské národní shromáždění vyhlásilo v roce 1918 unii Sedmihradska s Rumunskem. Po skončení války se Sedmihradsko stalo součástí Rumunska. Rumunské obyvatelstvo ve městě a jeho okolí rychle získalo politická práva a zastoupení a průmyslový rozvoj pokračoval stále rychlejším tempem.
Za druhé světové války byly ocelárny součástí válečného úsilí Osy. Rumunská armáda ztratila na východní frontě 700 000 vojáků a spojenci dalších 400 000 vojáků bojujících proti Ose.
Po sovětské okupaci a následném komunistickém režimu byl průmysl zvýhodněn a Hunedoara měla po určitou dobu největší ocelárnu v Rumunsku a na Balkáně. Město se rozrůstalo a továrny se rozšířily natolik, že se rozlohou vyrovnaly městu nebo ho dokonce přesáhly. Také počet obyvatel se zvýšil na více než 87 000. Fotbalový tým Corvinul Hunedoara byl po velmi dlouhou dobu jedním z nejlépe hodnocených fotbalových týmů v Rumunsku a konkuroval Steaue nebo Dinamu. Byl vybudován velký stadion a další sportovní zařízení, jako jsou kryté bazény a kluziště. Kromě sportovního klubu Corvinul byly postaveny další dva sportovní kluby, Constructorul a Siderurgistul, z nichž každý nabízel jiné sportovní zázemí. Mezi další významné stavby patřil divadelní dům, několik velkých kin, mnoho škol a gymnázií a strojní fakulta.
Komunistický kolaps znamenal, že staré trhy s ocelí zmizely a mnoho podniků muselo být uzavřeno nebo opuštěno. Investice rumunských a zahraničních kapitálových podniků však začaly lidem nabízet nové pracovní příležitosti. V současné době společnost Arcelor-Mittal provozuje to, co z oceláren zbylo. Ocelárna nyní provozuje elektrickou válcovnu oceli č. 2, kontinuální lití a válcovny. V roce 2007 a v dalších letech se plánuje zvýšení výroby nad 500 000 tun oceli. Ostatní výrobní zařízení byla zbourána nebo prodána soukromým investorům.
.