C.D. Guadalajara
Hernández začal hrát v nižší soutěži za tým C.D. Guadalajara, “Chivas” Coras v Tepic, Nayarit v sezóně 2005-06. Za Guadalajaru debutoval v Apertuře 2006 při výhře nad Clubem Necaxa na Estadio Jalisco. Za stavu 3:0 přišel Hernández v 82. minutě jako náhradník za Omara Brava a o pět minut později vstřelil čtvrtý gól zápasu. Byl to jeho jediný gól v sedmi vystoupeních v sezóně 2006-07. Dalších šest vystoupení v sezóně 2007-08 absolvoval bez vstřelené branky.
Hernández nastoupil v deseti zápasech Apertury 2008 bez vstřelené branky, ale v patnácti zápasech Clausury 2009 vstřelil čtyři branky. V Apertuře 2009 skončil Hernández s jedenácti góly v sedmnácti vystoupeních jako třetí nejlepší střelec. Torneo Bicentenario 2010 zahájil osmi góly v pěti zápasech. Torneo Bicentenario 2010 zakončil jako spolufavorit tabulky střelců s deseti góly v jedenácti zápasech, a to poté, co strávil pět zápasů bez hraní kvůli zranění, které utrpěl. Získal také ocenění pro nejlepšího útočníka turnaje.
Manchester United
Přestup
Přehrát média
Manchester United se o Hernándezovi poprvé dozvěděl v říjnu 2009; v prosinci téhož roku odjel do Mexika skaut a po zhlédnutí několika zápasů podal pozitivní zprávu. Vzhledem k Hernándezovu věku klub původně plánoval s jeho podpisem počkat, ale jeho případná účast v národním týmu na mistrovství světa klub popohnala k podání nabídky. Hlavní skaut United Jim Lawlor byl v únoru a březnu vyslán na tři týdny do Mexika, aby Hernándeze sledoval, a podal o něm další pozitivní zprávu, načež se do Mexika vydal klubový právník, aby dokončil papírování.
8. dubna 2010 se Hernández dohodl na podpisu smlouvy s Manchesterem United za nezveřejněnou částku, která byla podmíněna žádostí o pracovní povolení. Den předtím byl Hernández přítomen vítězství Manchesteru United ve čtvrtfinále Ligy mistrů nad Bayernem Mnichov na Old Trafford. Dohoda proběhla v naprostém utajení; Hernándezův agent byl držen v tajnosti, stejně jako jeho dědeček Tomás Balcázar, který si myslel, že Hernández jede na výlet do Atlanty ve Spojených státech. V rámci dohody sehráli United 30. července přátelské utkání proti C.D. Guadalajara, aby otevřeli nový stadion mexického klubu. Dne 27. května bylo uděleno pracovní povolení, což umožnilo, aby byl přestup oficiálně uskutečněn 1. července.
Sezóna 2010-11
Hernández debutoval za United 28. července, kdy nastoupil v 63. minutě jako náhradník za Naniho v utkání MLS All-Star Game 2010 na NRG Stadium v Houstonu; o 18 minut později vstřelil svůj první gól za klub, když z hranice pokutového území lobem překonal Nicka Rimanda po dlouhém průnikovém míči Darrena Fletchera. O dva dny později Hernández skóroval proti Manchesteru United v přátelském utkání za svůj bývalý klub C.D. Guadalajara a vstřelil tak úvodní gól na jejich nedávno postaveném stadionu; do utkání nastoupil v dresu Chivas a první gól vstřelil již po osmi minutách. O poločase změnil stranu, ale porážce Manchesteru United 3:2 zabránit nedokázal. Skóroval ve třetím předsezónním utkání v řadě, když se 4. srpna podílel na vítězství 7:1 nad jedenáctkou irské ligy na nově postaveném Aviva Stadium.
Hernández debutoval v soutěžním utkání 8. srpna a vstřelil svůj první gól, když se podílel na druhém vítězství United 3:1 nad Chelsea v zápase FA Community Shield 2010. Nastoupil na začátku druhého poločasu a dostal se do zakončení po přihrávce Antonia Valencii, načež se Mexičanova střela odrazila od jeho vlastního obličeje do sítě. Dne 16. srpna Hernández debutoval v Premier League, když v 63. minutě domácího vítězství 3:0 nad Newcastlem United nahradil Wayna Rooneyho. Svůj první gól v Lize mistrů vstřelil 29. září, když přišel z lavičky a vstřelil jediný gól při venkovní výhře nad Valencií. Svůj první ligový gól za United vstřelil 16. října při domácí remíze 2:2 proti West Bromwich Albion. O osm dní později vstřelil svůj první gól za klub a zároveň první ligový gól venku, a to při venkovní výhře 2:1 nad Stoke City. Dva dny po tomto gólu vstřelil v poslední minutě vítězný gól, svůj vůbec první gól v Ligovém poháru, při vítězství 3:2 nad Wolves, které je poslalo do čtvrtfinále, kde je vyřadil West Ham United. Dne 1. ledna 2011 nastoupil z lavičky a vstřelil vítězný gól při venkovní výhře 2:1 nad West Bromwichem Albion. Hernández se stal nejlépe střílejícím Mexičanem v historii Premier League poté, co 4. ledna otevřel skóre při domácím vítězství nad Stoke City 2:1.
25. ledna vstřelil Hernández vyrovnávací gól při venkovní výhře 3:2 nad Blackpoolem. O čtyři dny později vstřelil svůj první gól v FA Cupu, když rozhodl o vítězství 2:1 venku nad Southamptonem. Dne 26. února se Hernández dvakrát trefil při venkovní výhře 4:0 nad Wiganem. O osm dní později vstřelil gól útěchy při porážce 3:1 v derby s Liverpoolem. Dne 15. března se Hernández dvakrát trefil při domácím vítězství 2:1 nad Marseille a poslal United do čtvrtfinále Ligy mistrů. Dne 2. dubna vstřelil poslední gól v zápase proti West Hamu United, který se dostal ze dvou gólových ztrát a vyhrál venku 4:2. Dne 8. dubna byl Hernández spolu se svým spoluhráčem Nanim odhalen jako kandidát na ocenění PFA Young Player of the Year. O čtyři dny později otevřel skóre při čtvrtfinálové výhře 2:1 nad Chelsea v Lize mistrů, zápas skončil 3:1 a United postoupili do semifinále. Ve své gólové formě pokračoval i 23. dubna, kdy vstřelil vítězný gól hlavou při domácím vítězství 1:0 nad Evertonem.
8. května Hernández vstřelil úvodní gól při domácím vítězství 2:1 nad Chelsea po pouhých 36 sekundách a United tak zůstali jeden bod od zisku titulu. Díky gólu proti Chelsea se stal prvním hráčem od Ruuda van Nistelrooye v sezóně 2001/02, který ve své debutové sezóně vstřelil za klub 20 gólů. Hernández završil svou debutovou sezónu v Manchesteru United tím, že 18. května získal ocenění Sir Matt Busby Player of the Year, o kterém hlasovali fanoušci. Dne 28. května odehrál Hernández celých 90 minut při porážce 3:1 s Barcelonou ve finále Ligy mistrů. Dne 5. července 2011 Mezinárodní federace fotbalové historie a statistiky vyhlásila Hernándeze s 13 góly “světovým gólmanem roku 2011”, čímž předstihl další hráče jako Cristiano Ronaldo, Giuseppe Rossi a Lionel Messi.
Sezóna 2011-12
Po účasti na Zlatém poháru CONCACAF 2011 s Mexikem se Hernández vrátil do Manchesteru United, aby zahájil předsezónní přípravu v New Yorku před Utkáním hvězd MLS 2011. Dne 26. července 2011 byl převezen do nemocnice poté, co utrpěl menší otřes mozku poté, co byl během tréninku zasažen míčem do hlavy; následující den byl propuštěn, ale zápasu se nezúčastnil.
Dne 28. července 2011 bylo oznámeno, že Rafael Ortega, lékař C.D. Guadalajara, informoval Manchester United, že Hernández trpí již existujícím neurologickým onemocněním. Ortega rovněž vysvětlil, že Hernández trpěl “akutními migrénami a “bolestmi hlavy” již jako teenager. Hernández se nezúčastnil žádného z předsezónních zápasů United ani zápasu FA Community Shield 2011. Zmeškal také úvodní zápas United v této sezóně proti West Bromwich Albion.
Hernández poprvé nastoupil v sezóně 2011/12 22. srpna při vítězství 3:0 proti Tottenhamu Hotspur, když v 79. minutě střídal Dannyho Welbecka. Do základní sestavy se vrátil 10. září proti Boltonu Wanderers a při vítězství 5:0 dvakrát skóroval. Dne 15. října 2011 přišel Hernández z lavičky náhradníků a vstřelil rozhodující vyrovnávací gól na Anfieldu proti Liverpoolu (1:1). V 81. minutě si Hernández po rohovém kopu Dannyho Welbecka pohrál s míčem, který ukradl a hlavou vyrovnal.
Hernández podepsal 24. října novou pětiletou smlouvu, která ho váže k Manchesteru United až do roku 2016. Následující den bylo oznámeno, že se Hernández dostal na dlouhý seznam kandidátů na Zlatý míč FIFA pro tento rok. Hernández vstřelil 29. října v Goodison Parku svůj čtvrtý ligový gól v sezóně a vítězný gól do sítě Evertonu, který zvítězil 1:0. V dalším venkovním utkání United na hřišti Swansea City, které United vyhráli 1:0, pak vstřelil svůj pátý ligový gól v sezóně a vítězný gól. Další gól Hernández vstřelil v následujícím utkání doma proti Newcastlu United, když střelu Wayna Rooneyho zablokoval obránce a od Hernándeze se odrazila zpět do sítě. V dalším ligovém utkání United na hřišti Aston Villy byl předčasně odnesen ze hřiště, protože se zdálo, že přepadl přes kotník, aniž by ho protihráč napadl. Po zápase manažer Sir Alex Ferguson uvedl, že Hernández utrpěl poškození vazů v kotníku a bude mimo hru až čtyři týdny. Dne 18. prosince se Hernández překvapivě předčasně vrátil do hry proti Queens Park Rangers. Nastoupil v 63. minutě místo Dannyho Welbecka při vítězství United na Loftus Road 2:0.
31. ledna 2012 vstřelil Hernández svůj první gól od listopadu a sedmý gól v sezóně při ligovém vítězství 2:0 na Old Trafford proti Stoke City, když zaznamenal první ze dvou penalt. Ve své střelecké formě pokračoval Hernández i 5. února na Stamford Bridge proti Chelsea, kde vstřelil třetí gól při třígólovém obratu, když se prosadil po přihrávce Ryana Giggse. Dne 16. února Hernández vstřelil svůj první gól v Evropské lize při venkovní výhře 2:0 proti Ajaxu ve 32. kole. Ve druhém utkání na Old Trafford 23. února skóroval znovu, tentokrát však při domácí porážce 2:1. United však i přesto zvítězili 3:2 na zápasy. Dne 18. března Hernández dvakrát skóroval při výhře 5:0 nad Wolverhamptonem Wanderers.
Sezóna 2012-13
Hernández zahájil svou třetí sezónu v United 2. září 2012, kdy nastoupil v 72. minutě jako náhradník za Dannyho Welbecka při výhře 3:2 proti Southamptonu. Dne 15. září byl zařazen do základní jedenáctky v zápase proti Wiganu Athletic a odehrál celých 90 minut. Přestože mu brankář Wiganu Ali Al-Habsi v páté minutě odpískal penaltu, Hernández vstřelil svůj první gól v sezóně a asistoval u gólu spoluhráče Nicka Powella při vítězství 4:0. Dne 23. října se Hernández podílel brankou na výhře 3:2 v utkání skupinové fáze Ligy mistrů proti Braze poté, co United v prvním poločase prohrávali 2:0. V druhém poločase se Hernández prosadil proti Braze. O pět dní později vstřelil vítězný gól proti devítičlenné Chelsea při kontroverzním vítězství 3:2 poté, co byl při vstřelení gólu uznán jako hráč v ofsajdové pozici.
10. listopadu 2012 nastoupil Hernández jako střídající hráč ve druhém poločase a vstřelil dva góly, když United ve Villa Parku porazili Aston Villu 2:3, když prohrávali 2:0. V závěru zápasu se Hernández dožadoval hattricku, ale opakované záběry ukázaly, že jeho střela na druhý gól United byla sražena mimo, až ji do vlastní sítě odvrátil obránce Villy Ron Vlaar. Dne 24. listopadu vstřelil svůj pátý ligový gól v sezóně při domácím vítězství 3:1 nad Queens Park Rangers. Dne 26. prosince vstřelil Hernández v posledních minutách čtvrtý gól United při výhře 4:3 nad Newcastlem United na Old Trafford. Rok 2013 pak zahájil 1. ledna gólem v utkání proti Wiganu, kterým pomohl United k vítězství 4:0. Dne 26. ledna Hernández vstřelil další branku, tentokrát v zápase FA Cupu proti Fulhamu, který United vyhráli 4:1.
V dalším zápase FA Cupu proti Readingu 18. února Hernández skóroval v 72. minutě, čímž dostal United do vedení 2:0. V zápase proti Fulhamu se Hernández trefil do sítě United. Jeho gól se nakonec stal rozhodujícím faktorem, protože United zápas vyhráli 2:1. Přestože 23. února 2013 nastoupil při vítězství United v Premier League proti QPR v poměru 2:0, v zápase neskóroval a další branku vstřelil až 10. března v dalším zápase FA Cupu proti Chelsea, který skončil remízou 2:2. Hernández otevřel skóre v posledním domácím zápase manažera Sira Alexe Fergusona na Old Trafford proti Swansea City. Po neproměněném volném přímém kopu se v prvním poločase prosadil z šesti metrů a zvýšil na 1:0. United nakonec vyhráli 2:1. Hernández vstřelil poslední gól United v sezóně a zároveň poslední gól Fergusonovy éry, když v poslední den sezóny doklepl z bezprostřední blízkosti míč do sítě West Bromwiche Albion při remíze 5:5.
Sezóna 2013-14
Hernández vstřelil svůj první gól v sezóně pod novým manažerem Davidem Moyesem 25. září 2013, když se postaral o jediný gól domácího vítězství nad konkurenčním Liverpoolem ve třetím kole Ligového poháru. Dne 26. října se svým prvním ligovým gólem v této kampani podílel hlavou na vítězné brance, když na Old Trafford porazili Stoke 3:2. O tři dny později zaznamenal branku – počínaje penaltou – při výhře 4:0 nad Norwichem City v dalším kole Ligového poháru. V semifinále turnaje si jeho gól z kopačky Adnana Januzaje v poslední minutě prodloužení vynutil penaltový rozstřel, který United prohráli se Sunderlandem.
Půjčka do Realu Madrid
1. září 2014 se Hernández upsal Realu Madrid na sezónní hostování s opcí na koupi po skončení hostování. Ještě téhož dne se podrobil lékařské prohlídce a podepsal smlouvu.
Debutoval 13. září v madridském derby, když na posledních 27 minut nahradil Karima Benzemu při domácí prohře 2:1 s Atléticem Madrid. Dne 19. září nastoupil Hernández jako náhradník za Garetha Balea v 77. minutě a vstřelil své první dva góly při venkovní výhře 8:2 proti Deportivu de La Coruňa.
Vítězný gól vstřelil 22. dubna 2015 při výhře 1:0 nad Atléticem Madrid, která poslala Real Madrid do semifinále Ligy mistrů. O čtyři dny později Hernández vstřelil branku při venkovní výhře madridského týmu nad Celtou de Vigo 2:4.
26. května bylo oznámeno, že se Hernández po skončení hostování vrátí do Manchesteru United poté, co se Real Madrid rozhodl neproměnit hostování v trvalou smlouvu.
Trvalý odchod z Manchesteru United
Dne 29. srpna 2015 bylo oznámeno, že manažer Manchesteru United Louis van Gaal Hernándezovi řekl, že může klub opustit ještě před uzavřením přestupového okna. Přestože mu zbýval ještě rok do konce smlouvy, nebylo jasné, jakou částku za něj budou United požadovat.
Hernández odehrál 22. srpna na Old Trafford bezbrankovou remízu proti Newcastlu United, což se ukázalo jako jeho poslední zápas za Manchester United. Nastoupil jako střídající hráč v 67. minutě, když nahradil Adnana Januzaje. Vzhledem k tomu, že během svého působení v Manchesteru United často nastupoval jako střídající hráč, patří Hernándezův poměr minut na jeden gól k nejproduktivnějším v historii Premier League.
Bayer Leverkusen
Dne 31. srpna 2015 bylo oznámeno, že Hernández podepsal tříletou smlouvu s bundesligovým klubem Bayer Leverkusen za nezveřejněnou částku, údajně 7,3 milionu liber.
Sezona 2015-16
Hernández debutoval v Bundeslize 12. září jako střídající hráč v 58. minutě při porážce 1:0 s Darmstadtem 98. V zápase s Bayerem Leverkusen nastoupil jako střídající hráč, když se mu podařilo vyrovnat. O čtyři dny později vstřelil svůj první gól v zápase skupinové fáze Ligy mistrů proti BATE Borisov, když se na vítězství 4:1 podílel třetím gólem. Dne 23. září vstřelil Hernández svůj první bundesligový gól při vítězství Bayeru 1:0 nad FSV Mainz a byl také vyhlášen mužem zápasu. Dne 20. října Hernández vstřelil svůj první gól za Leverkusen při remíze 4:4 proti Římu v Lize mistrů. Skupinovou fázi Ligy mistrů zakončil s pěti góly ze šesti zápasů, ale Bayeru se nepodařilo postoupit do vyřazovací fáze, skončil třetí ve skupině E a vypadl do Evropské ligy.
Hernández byl vyhlášen hráčem měsíce listopadu v Bundeslize; v měsíci, kdy vstřelil gól při domácí prohře 2:1 s 1. FC Liverpool. FC Köln a dvakrát při výhře 3:1 na hřišti Eintrachtu Frankfurt. Dne 12. prosince Hernández vstřelil svůj první hattrick při výhře Leverkusenu 5:0 nad Borussií Mönchengladbach, čímž zaznamenal 15 gólů v posledních 12 zápasech a zvýšil svou bilanci na 17 gólů ve 20 zápasech. Za prosinec byl opět vyhlášen nejlepším hráčem Bundesligy.
30. ledna 2016, ve druhém zápase Bayeru po zimní přestávce, Hernández dvakrát skóroval při porážce 3:0 od Hannoveru 96 a zaznamenal tak své 20. a 21. góly v sezoně. O dva dny později byl potřetí vyhlášen hráčem měsíce Bundesligy.
Sezóna 2016-17
Hernández 21. srpna 2016 skóroval a asistoval při výhře Leverkusenu 2:1 nad SC Hauenstein v prvním kole DFB-Pokalu. O dva dny později bylo oznámeno, že Hernández vynechá úvodní zápas Bayeru v této sezoně proti Borussii Mönchengladbach poté, co utrpěl zlomeninu ruky. Dne 17. září Hernández vstřelil svůj první gól v bundesligové sezoně na hřišti Eintrachtu Frankfurt, nicméně při prohře 2:1 nevyužil šanci na vyrovnání z pokutového kopu. Následující týden na hřišti FSV Mainz 05 nasbíral Hernández dokonalý hattrick, který zahrnoval i vítěznou trefu z dorážky, což byl jeho třetí hattrick v bundesligové sezoně. Později byl vyhlášen hráčem měsíce září v Bundeslize.
28. ledna 2017 vstřelil Hernández druhý gól Bayeru Leverkusen při prohře 2:3 s Borussií Mönchengladbach a ukončil tak svou jedenáctizápasovou sérii bez vstřelené branky. Dne 21. února po zápase s Atléticem Madrid se Hernández stal mexickým hráčem s největším počtem vystoupení v Lize mistrů (47), čímž překonal dosavadní rekord Rafaela Márqueze (46 vystoupení).
West Ham United
Sezóna 2017-18
Dne 24. července 2017 se Hernández připojil k anglickému klubu West Ham United za nezveřejněnou částku, která se údajně pohybuje kolem 16 milionů liber, a podepsal tříletou smlouvu. Byl mu přidělen dres s číslem 17. Za West Ham debutoval 13. srpna a odehrál celých 90 minut při porážce 4:0 proti svému bývalému klubu Manchesteru United na Old Trafford. Následující týden Hernández vstřelil své první dva góly za West Ham při prohře se Southamptonem 3:2.
V listopadu utrpěl Hernández během mezinárodní mise s Mexikem zranění podkolenní šlachy a bylo oznámeno, že bude až dva týdny vyřazen z činnosti. Po propuštění Slavena Biliće a jmenování Davida Moyese manažerem panovaly obavy, že Hernández bude ve West Hamu vyloučen stejně jako v Manchesteru United. V reakci na to ho Moyes označil za “nejlepšího střelce” a “brilantního zakončovatele”. Během zimního přestupového období se objevily zprávy, že Hernández opustí klub již po šesti měsících, přičemž byl spojován s přestupem do tureckého klubu Beşiktaş a také s možným návratem do Manchsteru United. Dne 20. ledna 2018 přišel z lavičky a vstřelil vyrovnávací gól West Hamu při ligové remíze 1:1 proti Bournemouthu, čímž zaznamenal svůj první gól od října. Po zápase Moyes Hernándezův výkon pochválil: “Dnes jsme ho potřebovali”. Dne 8. dubna v ligovém utkání proti Chelsea vstřelil v 73. minutě gól na 1:1, čímž podeváté skóroval proti tomuto klubu.
Sezóna 2018-19
Dne 28. srpna 2018 vstřelil Hernández v nastaveném čase třetí gól West Hamu při vítězství 3:1 nad AFC Wimbledon ve druhém kole EFL Cupu. V září manažer West Hamu Manuel Pellegrini prohlásil, že Hernández trpí žlázovou horečkou, kvůli které vynechává různé zápasy. V říjnu se měl uzdravit a vrátit se k tréninku. Dne 3. listopadu vstřelil svůj první gól v letošní sezóně Premier League při vítězství West Hamu nad Burnley 4:2.
Dne 22. února 2019 vstřelil Hernández vyrovnávací gól při konečném vítězství West Hamu nad Fulhamem 3:1; při prvním pohledu to vypadalo, že míč hlavičkoval z metru a skóroval, nicméně opakované záběry gólu ukazovaly, že se míč odrazil od Hernándezovy ruky a poslal ho do sítě. Byl to zároveň jeho 50. gól v kariéře v Premier League, čímž se stal prvním Mexičanem, který tohoto milníku dosáhl. Znovu se na listinu střelců zapsal 16. března, kdy nastoupil jako střídající hráč ve druhém poločase a dvakrát skóroval – včetně vítězného gólu v nastaveném čase – a zajistil vítězství 4:3 nad Huddersfieldem.
Sezona 2019-20
Před začátkem sezony dostal dres s číslem 9. V roce 2019 nastoupil v dresu West Hamu United, kde hrál v roce 2019. Hernández vstřelil svůj první gól v sezóně 2019/20 Premier League 17. srpna 2019, kdy West Ham remizoval na stadionu Falmer 1:1 s Brightonem. Dne 30. srpna podal Hernández West Hamu žádost o přestup a odletěl do Španělska, aby absolvoval zdravotní prohlídku před navrhovaným přestupem do Sevilly za 8 milionů eur.
Sevilla
Dne 2. září 2019 se Hernández připojil ke klubu La Ligy Sevilla za nezveřejněnou částku, údajně 7,3 milionu liber, a podepsal tříletou smlouvu. Svůj ligový debut si odbyl 15. září ve venkovním utkání proti Alavésu, když nastoupil jako střídající hráč v 70. minutě při výhře Sevilly 1:0. O čtyři dny později, v zápase skupinové fáze Evropské ligy proti ázerbájdžánskému týmu Qarabağ FK, se Hernández trefil z volného přímého kopu, poprvé v kariéře, a přispěl tak k vítězství svého týmu 3:0. Dne 27. října vstřelil svůj první gól v La Lize v dresu Sevilly při vítězství 2:0 nad Getafe.
Přehrajte si média
LA Galaxy
Dne 21. ledna 2020 podepsal Hernández tříletou smlouvu s klubem Major League Soccer LA Galaxy a stal se nejlépe placeným hráčem ligy. V MLS debutoval 29. února při remíze 1:1 proti týmu Houston Dynamo, byl kapitánem týmu a odehrál celý zápas. Dne 13. července vstřelil svůj první gól za klub v utkání proti Portlandu Timbers, které skončilo prohrou 2:1.
.