Upevnění portugalské kontroly
V 80. letech 19. století Portugalci kontrolovali obchod a vybírali tribut v pobřežních enklávách od Ibo na severu po Lourenço Marques na jihu, ale jejich schopnost kontrolovat dění mimo tyto oblasti byla značně omezená; tato situace se však měla změnit. Stále častěji, protože sousedé státu Gaza byli pravidelně přepadáváni za to, že odmítali platit tribut, se začali spojovat s Portugalci, což Portugalci podporovali a využívali. V 90. letech 19. století vytáhla proti státu koalice portugalských vojsk a afrických armád. Když bylo vedení Gazy v roce 1897 konečně poraženo, přešel jižní Mosambik pod portugalskou kontrolu. O dvě desetiletí později Portugalci, kteří do té doby uskutečnili desítky vojenských tažení, přímo ovládli Barue ve středním Mosambiku, africké Portugalce v pralesích Zambezi a Maganja da Costa, Yao v Matace, severní náčelnictvo Makua a severní pobřežní šejky Angoche.
Obchod se slonovinou, zlatem, otroky, kaučukem, olejninami a širokou škálou evropského zboží pokračoval po celé 19. století. Evropský hospodářský zájem a vliv v regionu se však v polovině století rychle změnil v reakci na vývoj v Africe i v Evropě. Poté, co byly objeveny diamanty (v Kimberley v 60. letech 19. století) a zlato (ve Witwatersrandu v 80. letech 19. století), bylo zapotřebí africké pracovní síly na cukrových plantážích a v jihoafrických přístavech a dolech. Kvůli potřebě pracovních sil byli Evropané odhodláni získat větší kontrolu nad pozemky a jejich obyvateli na úkor afrického vedení. Kombinovaný boj o přístup k pozemkům s nerostnými surovinami a o pracovní sílu, která by je obdělávala, podnítil takzvaný “scramble” v jižní Africe.
Portugalsko si nárokovalo pás území od dnešního Mosambiku po Angolu. Ačkoli Němci, jejichž území hraničilo s Mosambikem na severu, portugalské nároky přijali – čímž stanovili severní hranici Mosambiku -, britské nároky na tuto oblast byly v rozporu s portugalskými, což vedlo k vleklým jednáním. Portugalská koruna však měla velké dluhy vůči britským finančníkům a malá země se nemohla vyrovnat britské armádě; v roce 1891 bylo Portugalsko nuceno přijmout britskou definici západní a jižní hranice Mosambiku.
Encyclopædia Britannica, Inc.
. 1902
Encyclopædia Britannica, Inc.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Portugalsko mělo jen malou naději, že by celou oblast mohlo rozvíjet samo, a proto se obrátilo ke své známé koloniální strategii pronajímání velkých pozemků soukromým společnostem. Pronajaté společnosti získaly výsadu využívat půdu a národy v určitých oblastech výměnou za závazek rozvíjet zemědělství, komunikace, sociální služby a obchod. Tímto způsobem byly v 90. letech 19. století založeny Mozambická společnost, Společnost Niassa a Společnost Zambezia. Jakýkoli hospodářský rozvoj a investice do infrastruktury byly přímo spojeny se zájmy společnosti a obvykle se uskutečňovaly na africké náklady. Cukrové, koprové a sisalové plantáže závislé převážně na námezdní pracovní síle a železnice spojující Beiru s územím Britské jihoafrické společnosti a britského Nyasalandu na západě a severozápadě byly rozvíjeny a budovány za vysokých nákladů africké pracovní síly.
Portugalská vláda nakonec vypověděla charty hlavních koncesních společností, čímž se celý Mosambik dostal pod přímou portugalskou správu. Od 90. let 19. století do 30. let 20. století se portugalská vláda v Mosambiku vyznačovala vykořisťováním afrického obyvatelstva a zdrojů soukromými subjekty, ať už to byli akcionáři zahraničních společností, nebo koloniální byrokraté a osadníci. K nejhoršímu koloniálnímu zneužívání – nucené práci, nucenému pěstování plodin, vysokým daním, nízkým mzdám, konfiskaci nejperspektivnější půdy – docházelo bez ohledu na to, která skupina Evropanů byla u moci.