Stejně jako u léčby zánětu dásní je základem pro zajištění optimálních výsledků v dlouhodobém horizontu odpovídající ústní hygiena.
Před zahájením léčby si domluvíme studijní návštěvu, kde pomocí parodontogramu zaznamenáme úbytek kosti kolem každého zubu a pořídíme sérii rentgenových snímků, které nám pomohou správně diagnostikovat a naplánovat léčbu pacienta. V některých případech provedeme také mikrobiologický rozbor bakterií nalezených v ústech. Mezi informace, které zaznamenáváme, patří i to, jak si pacient čistí zuby, a věnujeme mu značný čas, abychom ho naučili, jak si zuby čistit efektivněji. Účelem vedení tohoto záznamu je možnost sledovat, jak se jejich parodontální hygiena a kapsy vyvíjejí v průběhu času po léčbě. Abychom upevnili výsledky v technice hygieny, upevňujeme pokyny během každé návštěvy.
První část léčby spočívá v odstranění zubního kamene, který se nachází pod linií dásní, pomocí kyret a ultrazvuku, což je postup označovaný jako kořenový skaling a plánování (“základní fáze”). Toto ošetření se provádí v anestezii a nemělo by pacientovi způsobovat nepříjemné pocity ani během zákroku, ani po něm. Přibližně měsíc a půl po základní fázi provedeme opětovné zhodnocení, abychom analyzovali reakci na ošetření. Pokud se nám během fáze odstraňování a plánování kořenového kamene podařilo odstranit zubní kámen pod linií dásní a pacient nemá hluboké parodontální kapsy ani krvácení, může pacient přejít do udržovací fáze, přičemž udržování obecně probíhá každých šest měsíců. Pokud se při opětovném hodnocení zjistí, že pacient má stále přítomný hluboký zubní kámen (k tomu obvykle dochází, jakmile je zubní kámen před základní fází v hloubce 5-6 mm), může být vhodné provést chirurgický zákrok za účelem zvednutí linie dásní a vyčištění nejhlubší části kořene. V některých případech můžeme ztracenou kost regenerovat aplikací různých přípravků na dno kostních defektů. Operace se rovněž provádí u pacienta v anestezii a nebývá příčinou velkého nepohodlí nebo zánětu. Jakmile jsou tyto oblasti díky operaci pod kontrolou, může pacient přejít do udržovací fáze parodontu.