První restaurace byla otevřena 18. srpna 1969 v Lexingtonu ve státě Kentucky. Původní provozovna na adrese 301 Southland Drive kousek od silnice Nicholasville Road byla dříve restaurací s mořskými plody s názvem Cape Codder. Původní budova z betonových bloků Cape Codder byla přepracována architektem Drucem Hennem, který vytvořil novoanglický styl prvních restaurací řetězce Long John Silver. Na tomto původním místě je nyní stylistický salon.

Dřívější restaurace byly známé svými budovami ve stylu Cape Cod, modrými střechami se čtvercovými kopulemi, dřevěnými lavicemi/stoly, humřími hrnci a lodními koly. Později přibyly další dekorace s námořnickou tematikou, například sedadla zhotovená ve vzhledu námořnických vlajek.

Tyto rané restaurace se vyznačovaly také oddělenými vstupními a výstupními dveřmi, chodbou podobnou čekárně, fritézami s ohřívači jídla, které byly průhledné, takže zákazníci mohli vidět jídlo čekající na servírování, a kovanými “mečovými” klikami dveří. Hlavním vnějším motivem těchto budov byly chodníky připomínající doky, lemované piloty a silnými lany.

Někdy novější restaurace si zachovaly základní konstrukční řešení a motiv, ale odstranily většinu vnitřních prvků. Mateřská společnost Jerrico byla v roce 1989 převzata do soukromých rukou prostřednictvím odkupu managementem s vysokou finanční pákou a o rok později došlo k odprodeji ostatních konceptů restaurací s cílem soustředit se na Long John Silver’s.

Po několika následujících letech, kdy se společnost Jerrico Inc. potýkala s velkým dluhovým zatížením, vyhlásila v červnu 1998 bankrot podle kapitoly 11. V září 1999 společnost A&W oznámila převzetí řetězce z konkurzu, v důsledku čehož vznikla nová společnost s názvem Yorkshire Global Restaurants.

V roce 2000 se společnost Yorkshire Global Restaurants dohodla na testování více značkových provozoven se společností Tricon Global se sídlem v Louisville v Kentucky, která vlastní řetězce KFC, Pizza Hut a Taco Bell.

Mateřská společnost Long John Silver’s a A&W, Yorkshire byla převzata společností Tricon Global a Tricon byl přejmenován na Yum! Brands, Inc v květnu 2002, ale v lednu 2011 společnost Yum! oznámila, že hledá kupce pro své divize Long John Silver’s a A&W All-American Restaurants, což zdůvodnila špatnými tržbami a přáním převést větší pozornost na mezinárodní expanzi.

V září 2011 společnost Yum! oznámila chystaný prodej společnosti Long John Silver’s společnosti LJS Partners – skupině složené z držitelů franšíz a dalších soukromých investorů.

V červenci 2013 označila skupina Center for Science in the Public Interest, která sleduje výživu a zdravotní politiku, jídlo “Big Catch” společnosti Long John Silver’s za nejhorší restaurační jídlo v Americe s tím, že obsahuje 33 gramů transmastných tuků, 19 gramů nasycených tuků, 1 320 kalorií a téměř 3 700 miligramů sodíku. Společnost oznámila, že transmastné kyseliny z jídelníčku vyřadila, a to do ledna 2014.

V březnu 2015 byl do funkce generálního ředitele jmenován James O’Reilly, který dříve pracoval pro společnost KFC (další holding Yum! Brands). Uvedl, že očekává, že řetězec zachová svých 1 132 prodejen, přeorientuje svůj marketing v návaznosti na negativní tisk týkající se obsahu tuků a sodíku v jídelníčku, a vyhlíží možnost budoucí expanze.

Dne 22. května 2018 společnost Long John Silver’s oznámila akvizici sedmdesáti šesti franšízových restaurací, převážně vlastněných a renovovaných společností ServUS, které se nacházejí především v Indianě. Dne 19. října 2019 zemřel ve věku 96 let Warren W. Rosenthal, bývalý prezident společnosti Jerrico a developer 1 350 restaurací Long John Silver’s.

Dne 18. ledna 2021 společnost Long John Silver’s oznámila, že funkci generálního ředitele převezme Blain Shortreed.

• Společná restaurace Long John Silver’s a A&W v Gillette, Wyoming

• Společná restaurace KFC a Long John Silver’s v Lafayette, Tennessee

• Bývalá restaurace se společnou značkou Long John Silver’s a Taco Bell v Kentu, Ohio, než se stala prodejnou Taco Bell

.