Blutgruppen oder -typen werden durch Polymorphismen in der Expression von immunogenen Molekülen in Blutzellen, Plasma und Körpersekreten wie Milch und Speichel definiert. Eine Vielzahl dieser Gruppen findet sich bei allen Arten, auch bei Menschen und Menschenaffen. Es gibt verschiedene Kategorien von Blutgruppenantigenen beim Menschen, die von großer klinischer Bedeutung sind. Die am häufigsten beschriebenen Antigene sind aufgrund ihres hohen Polymorphismus in menschlichen Populationen und ihrer klinischen Relevanz die ABO-Blutgruppen und der Rhesusfaktor.
Das menschliche ABO-Blutgruppensystem ist für Transfusionen und Transplantationen von großer Bedeutung und bleibt mit wenigen Ausnahmen in den meisten menschlichen Populationen polymorph. Bei diesen Antigenen handelt es sich um Oligosaccharide, die von Glykosyltransferase-Enzymen synthetisiert werden, die ein Muster von Zuckern auf der äußeren Membran von Zellen oder sezernierten Glykoproteinen bilden. In Blut der Blutgruppe O ist eine Kohlenhydratsequenz, das so genannte H-Antigen, vorhanden. Personen vom Typ A und B verändern das H-Antigen durch Hinzufügen eines zusätzlichen Monosaccharids, so dass entsprechende A- und B-Antigene entstehen. Die Individuen produzieren Antikörper gegen die Antigene, die in ihrem eigenen Blut nicht vorhanden sind. Es wird angenommen, dass dieser Prozess durch den frühen Kontakt mit Bakterien mit ähnlichen Antigenen ausgelöst wird. Das Vorhandensein von ABO-Polymorphismus ist bei allen Primaten sehr unterschiedlich. Bei Schimpansen wurde bisher vor allem die Blutgruppe A festgestellt, seltener die Blutgruppe O. Gorillas scheinen ausschließlich der Blutgruppe B anzugehören. Orang-Utans weisen alle drei Blutgruppen auf.
Im Gegensatz zur ABO-Blutgruppe sind die Antigene der Rhesus-Blutgruppe Proteine. Der Rh-Typ ist beim Menschen wichtig, weil er bei der hämolytischen Erkrankung des Neugeborenen eine Rolle spielt, bei der die Antikörper einer Rh-Frau (der das D-Antigen-Protein der Rh-Blutgruppe fehlt) das D-Antigen auf den roten Blutkörperchen eines Rh+-Fötus angreifen. Rh-Polymorphismen gibt es auch bei Schimpansen, wo sie ursprünglich im R-C-E-F-Blutgruppensystem beschrieben wurden. Schimpansen teilen einige Rhesus-Varianten mit dem Menschen, aber die beiden Spezies haben zusätzliche Varianten, die sie nicht teilen. Eine Vorimmunisierung von Schimpansen mit dem D-Antigen kann bei nachfolgenden Schwangerschaften zu hämolytischen Erkrankungen des Neugeborenen führen; dies ist jedoch nicht auf natürliche Weise nachgewiesen worden.
Andere, weniger häufig untersuchte Blutgruppen haben ebenfalls Entsprechungen bei Schimpansen: das MNS-Blutgruppensystem (V-A-B-D bei Schimpansen) und die Ii-Blutgruppe (nicht polymorph bei Schimpansen).
Genetische Analysen des ABO-Blutgruppensystems haben ergeben, dass dieselben Antigene im Laufe der Evolution der Primaten mehrfach aufgetreten sind und dass der Polymorphismus durch ausgleichende Selektion innerhalb der Populationen aufrechterhalten wird. Dies könnte darauf hindeuten, dass die Aufrechterhaltung der Vielfalt der verschiedenen Blutgruppenantigene für die Vermeidung von Krankheitserregern in der Bevölkerung wichtig ist. Es hat sich gezeigt, dass zahlreiche virale und bakterielle Krankheitserreger unterschiedliche ABO-Typen binden. Der Druck, der den verschiedenen Blutgruppenantigenen zugrunde liegt, ist jedoch noch nicht vollständig geklärt. Trotz ihrer klinischen Bedeutung sind die Blutgruppenantigene für das Verständnis der menschlichen Einzigartigkeit nicht von Nutzen.