Der Food and Nutrition Service (FNS) des USDA verwaltet das Programm durch Zuschüsse an die Bundesstaaten. In den meisten Bundesstaaten wird das Programm von der jeweiligen Bildungsbehörde verwaltet, z. B. vom New Yorker Gesundheitsministerium. In einigen Staaten wird das Programm von einer anderen Behörde verwaltet, z. B. dem staatlichen Ministerium für Gesundheit, Familie und/oder soziale Dienste. Nach dem Ermessen des Gouverneurs des jeweiligen Bundesstaates können die Komponenten des Programms – Kinderbetreuung und Tagesbetreuung für Erwachsene – von verschiedenen Behörden verwaltet werden, wie z. B. Wildwood C.A.C.F.P in Colorado. Im Bundesstaat Virginia wird das Programm direkt vom Food and Nutrition Service Mid-Atlantic Regional Office (MARO) verwaltet.
Die tatsächliche Bundesunterstützung für die Bundesstaaten und die von ihnen benannten Einrichtungen erfolgt in Form einer Barvergütung für die ausgegebenen Mahlzeiten und anderer Zuwendungen des USDA für die Bereitstellung dieser Mahlzeiten. Die Programmmittel werden den Staaten durch Akkreditive zur Verfügung gestellt, die im Rahmen des FNS Agency Financial Management System ausgestellt werden. Die Bundesstaaten wiederum verwenden die Mittel, um den Einrichtungen die Kosten für den tatsächlichen Betrieb (z. B. die Bereitstellung von Mahlzeiten) zu erstatten und die staatlichen Verwaltungskosten zu decken. Im Allgemeinen wird der Anspruch eines Bundesstaates auf Barerstattung durch das USDA berechnet, indem zunächst die Anzahl der ausgegebenen Mahlzeiten (nach Kategorie und Art) ermittelt wird und die Menge der ausgegebenen Mahlzeiten mit einem Zahlungssatz pro Einheit multipliziert wird, der auch als “Erstattungssatz” bezeichnet wird. Die “Art” der Mahlzeit bezieht sich auf die Art des Mahlzeitendienstes, für den die Einrichtung eine Erstattung beantragt, z. B. Frühstück, Mittagessen, Snacks, Beilagen und Abendessen. Die “Kategorie” bezieht sich auf die Art der wirtschaftlichen Bedürftigkeit des Kindes oder des Erwachsenen, dem eine Mahlzeit serviert wird, die in “bezahlte”, “ermäßigte” oder “kostenlose” Mahlzeiten eingeteilt werden kann.
Kinderbetreuungseinrichtungen, Kindertagesstätten für Erwachsene und außerschulische Einrichtungen können eine einmalige Gebühr erheben, die den Unterricht, die Mahlzeiten und alle anderen Tagesbetreuungsleistungen abdeckt, um bestimmte Kosten zu decken; die überwiegende Mehrheit dieser Einrichtungen betreibt jedoch kostenfreie Programme. Dennoch müssen alle Einrichtungen feststellen, ob die Kinder und Erwachsenen, die in diesen Einrichtungen angemeldet sind (z. B. einkommensschwache, geistig oder körperlich behinderte Kinder usw.), Anspruch auf kostenlose oder ermäßigte Mahlzeiten haben, da sich diese Feststellung auf die Erstattungssätze für die den Teilnehmern servierten Mahlzeiten auswirkt. Obdachlose Kinder, die in einer teilnehmenden Obdachlosenunterkunft untergebracht sind, gelten als förderfähig für die Mahlzeiten, die von dieser Unterkunft ausgegeben werden. Außerschulische Risikoprogramme, Notunterkünfte und Kindertagesstätten dürfen keine gesonderten Gebühren für Mahlzeiten erheben.