Der Nil ist mit einer Länge von 6.695 km einer der großen Flüsse der Welt, der Millionen von Menschen ernährt und ganze Zivilisationen hervorgebracht hat.
Die am weitesten entfernte Quelle des Nils ist der Ruvyironza-Fluss, der über die Flüsse Ruvubu und Kagera in den Viktoriasee fließt. Andere Flüsse, die in den Viktoriasee – den größten der Nil-Äquatorialseen – münden, sind der Simiyu-Duma, der Grumati-Rwana, der Mara, der Gucha-Migori, der Sondu, der Yala, der Nzoia, der Sio, der Katonga und der Ruizi.
Ab Jinja in Uganda entspringt der Weiße Nil als Viktoria-Nil aus dem Viktoriasee und fließt nach Norden, wobei er zwei weitere Äquatorialseen – Kyoga und Albert – passiert. Durch diese beiden Seen nimmt der Nil den Abfluss aus zwei gebirgigen und niederschlagsreichen Gebieten (Berg Rwenzori und Elgon) am südwestlichen und südöstlichen Rand des Beckens auf.
Der Fluss tritt als Albert-Nil wieder aus dem Albertsee aus und fließt nordwärts bis Nimule nahe der Grenze zwischen Südsudan und Uganda. Von dort aus fließt der Fluss, der heute als Bahr el Jebel (Fluss der Berge) bekannt ist, über die Fula-Stromschnellen und durch den Sudd, bevor er am No-See auf den Bahr el Ghazal (Fluss der Gazellen) trifft. Am See No wendet sich der Fluss nach Osten, um sich mit dem Sobat zu vereinigen, der hohe, jahreszeitlich schwankende Abflüsse aus dem äthiopischen Hochland mit sich führt.
Der Bahr el Jebel und der Sobat bilden zusammen den Weißen Nil, der seinen Weg nach Norden fortsetzt und in Khartum (Sudan) in den Blauen Nil mündet. Der Blaue Nil (auch als Abbai oder Abay bekannt) entspringt im Tana-See in Äthiopien und ist der zweite Hauptfluss des Nils. Bevor er in den Weißen Nil mündet, fließen in den Blauen Nil mehrere Flüsse ein, vor allem der Rahad und der Dinder, die beide im äthiopischen Hochland entspringen. Von Khartum aus fließen die beiden Nilflüsse in Richtung Norden und treffen auf den Atbara (Tekezze), der ebenfalls im äthiopischen Hochland entspringt. Der Hauptnil fließt weiter nach Norden und mündet in den Nasser-/Nubia-See, einen großen, von Menschenhand geschaffenen Stausee an der Grenze zwischen dem Sudan und Ägypten, der die Wassermenge Ägyptens über das Jahr hinweg reguliert. Der Nil mündet schließlich über sein Delta in das Mittelmeer.