Este hatte seinen Namen der Este-Kultur gegeben, einer proto-historischen Kultur, die von der späten italienischen Bronzezeit (10./9. Jh. v. Chr., proto-venetische Phase) bis zur römischen Zeit (1. Jh. v. Chr.) existierte und auf dem heutigen Gebiet Venetiens lag.

Während der Eisenzeit war Este ein wichtiges Zentrum der Venezianer, die eine Reihe von Inschriften auf Grab- und Votivobjekten hinterließen.

Im späten 3. Jahrhundert v. Chr. geriet Este friedlich unter die Herrschaft Roms und wurde unter dem Namen Ateste eine römische Kolonie. Als ein Großteil Norditaliens 49 v. Chr. das römische Bürgerrecht erhielt, wurden die Bürger von Este in den römischen Stamm Romilia aufgenommen. Nach der Schlacht von Actium siedelte Kaiser Augustus Soldaten der Legio V Alaudae und der Legio XI Claudia im Gebiet von Este an, das Galzignano Terme, Teolo, Lonigo, Noventa Vicentina, Trecenta, Pernumia, Monselice und Cinto Euganeo umfasste.

In der Spätantike wurde Este durch Barbareneinfälle, vor allem durch den von Attila, verwüstet und zu einem ländlichen Dorf reduziert. Es entstand erst wieder nach dem 10. Jahrhundert, als Azzo II. d’Este dort eine Burg errichtete und sich und seine Familie nach ihr benannte und das Haus Este gründete. Das Haus Este hielt die Stadt bis 1240, als es seine Hauptstadt nach Ferrara verlegte. In der Zwischenzeit wurde Este zweimal von Ezzelino da Romano III. erobert, 1238 und 1249. Jahrhundert wurde es von den Scaligeri, den Carraresi und den Visconti umkämpft, bis es 1405 spontan an Venedig abtrat.

Unter der Republik Venedig erlebte Este eine Zeit des wirtschaftlichen Aufschwungs, die nur durch die Pest von 1630 unterbrochen wurde.

Nach dem Fall der Republik im Jahr 1797 und den napoleonischen Kriegen wurde die Stadt mit der gesamten Region Venetien Teil des österreichischen Kaiserreichs, bis sie infolge des Dritten Unabhängigkeitskriegs von 1866 vom Königreich Italien annektiert wurde.