Akt I
Das Musical beginnt damit, dass das Ensemble einen Überblick über Alexander Hamiltons Kindheit in der Mitte des 18. Jahrhunderts, vor der amerikanischen Revolution, gibt. Verschiedene Darsteller beschreiben, wie eine Reihe von Unglücksfällen Hamilton auf seinen Weg zum Ruhm brachte. Nachdem ein Wirbelsturm seine Insel zerstört hatte, seine Mutter gestorben war und sein Vater ihn verlassen hatte, schrieb Hamilton über seine traumatischen Erfahrungen. Beeindruckt von seiner Sprachgewandtheit sammelten die Menschen auf seiner Insel Geld, um ihn nach Amerika zu schicken, wo er eine Ausbildung erhielt. Nach dieser Einführung beginnt das eigentliche Stück.
In New York angekommen, sucht der ehrgeizige junge Hamilton Aaron Burr auf und bittet um Rat, wie Burr ein beschleunigtes Studium zu absolvieren. Burr rät Hamilton, nicht so viel zu reden, aber Hamilton besteht darauf, dass er so viel redet, weil er leidenschaftliche Meinungen hat. Die beiden Charaktere stehen sich als Gegenspieler gegenüber: Hamilton ist forsch, unverblümt und rechthaberisch, während Burr vorsichtig, strategisch und weniger prinzipienfest ist. Als die beiden neuen Bekannten in eine Bar gehen, treffen sie John Laurens, Hercules Mulligan und den Marquis de Lafayette. Alle außer Burr sind begeistert von der bevorstehenden amerikanischen Revolution und jubeln: “Erhebt das Glas auf die Freiheit.”
Als Nächstes lernen wir die Schuyler-Schwestern kennen, die durch die Innenstadt von New York City schlendern und die Aufregung der wechselnden gesellschaftlichen Gezeiten genießen. Aaron Burr macht sich an Angelica heran, aber sie weist ihn ab. Daraufhin erklärt sie, sie habe Thomas Paines Common Sense gelesen und sei auf der Suche nach einer “Offenbarung”, in der sie den Wunsch nach weiblicher Gleichberechtigung zum Ausdruck bringt.
Wir treffen den Loyalisten Samuel Seabury, einen Farmer, der den revolutionären Kontinentalkongress (und alle Patrioten im Allgemeinen) verurteilt. Als er dem Farmer begegnet, kritisiert Hamilton Seaburys Verurteilungen. Eine Nachricht von König George trifft in Amerika ein, in der er die Kolonisten warnt, dass der König alles tun wird, um die Kolonien unter seiner Kontrolle zu halten. Der König schickt General Howe und 30 000 Soldaten in den Hafen von New York und fordert damit den Wunsch der amerikanischen Kolonisten nach Unabhängigkeit heraus.
Als Nächstes wird uns General George Washington vorgestellt, der erkennt, dass die Kolonisten den britischen Truppen gegenüber stark im Nachteil sind. Er ist frustriert, dass sich die Rebellentruppen immer wieder zurückziehen. Als Hamilton die Kanonen der englischen Truppen stiehlt und damit zeigt, dass er bereit ist, für Amerika Risiken einzugehen und Regeln zu brechen, gewinnt er die Gunst von Washington. In der Zwischenzeit stellt sich Aaron Burr Washington vor und bietet ihm seine Hilfe und seinen Rat an, beleidigt ihn aber schließlich, indem er den derzeitigen Zustand der Kolonialtruppen kritisiert. Washington bittet Hamilton, ihm bei den Kriegsplänen zu helfen, und Hamilton rekrutiert John Laurens, Hercules Mulligan und Lafayette zur Unterstützung der Rebellion. Er setzt Mulligan auf der britischen Seite als Spion ein und schreibt an den Kongress, um ihn zu überzeugen, Nachschub zu schicken. Er will das Überraschungsmoment nutzen, um die Briten zu besiegen.
Einige Zeit später sind Aaron Burr und Alexander Hamilton auf einem Winterball, und Burr sagt Hamilton, dass er reich werden wird, wenn er eine Schuyler-Schwester heiratet. Eliza Schuyler sieht Hamilton und verliebt sich auf den ersten Blick in ihn. Sie erzählt ihrer Schwester Angelica, dass Hamilton der Richtige ist, und Angelica stellt die beiden einander vor. Alexander und Eliza schreiben sich zwei Wochen lang Liebesbriefe und verloben sich dann.
Am Tag der Hochzeit offenbart Angelica dem Publikum, dass sie ebenfalls in Alexander verliebt ist, ihn aber Eliza überlassen hat, weil er arm war und sie reich heiraten sollte, und weil sie wusste, dass Eliza in ihn verliebt war. Als Hamiltons Freunde ihm zu seiner Hochzeit gratulieren, fragen sie Burr nach einer Frau, die er “nebenher” hat. Burr gibt zu, dass er eine Frau namens Theodosia liebt, die mit einem britischen Offizier verheiratet ist. Hamilton fordert ihn auf, sich um sie zu bemühen, aber Burr sagt, er sei bereit, “darauf zu warten”. Burr vergleicht sein Leben mit dem von Hamilton und stellt fest, dass “Hamilton einen endlosen Aufstieg vor sich hat” und “keine Zeit verschwendet”, aber Burr will abwarten, was sein eigenes Ziel ist, bevor er handelt.
Später gehen den amerikanischen Truppen die Vorräte gefährlich aus. Washington plant einen nächtlichen Überraschungsangriff gegen die Briten und hofft dabei auf die Hilfe der Franzosen. Washington macht Charles Lee zum zweiten Befehlshaber, aber Lee erweist sich als unfähig, eine Armee zu führen. Als Lee Washington kritisiert, fordert Laurens Lee zu einem Duell heraus, obwohl Washington dies verboten hat. Im Duell schießt Laurens Lee in die Seite, woraufhin dieser aufgibt. Washington ist verärgert über Hamilton, der als Laurens’ Nummer zwei fungierte. Als Hamilton darauf besteht, dass er das Kommando über ein Bataillon übernehmen soll, ist Washington damit nicht einverstanden, da es zu riskant ist und er Hamilton am Leben lassen muss, so dass er ihn nach Hause schickt.
Als Hamilton zu Hause ankommt, erzählt ihm Eliza, dass sie schwanger ist und dass sie an Washington geschrieben hat, um ihn zu bitten, Hamilton nach Hause zu schicken. In der Zwischenzeit sichert Lafayette Hilfe aus Frankreich zu, damit die Kolonisten die Briten in Yorktown besiegen können. Washington lädt Hamilton zurück und bietet ihm einen Posten als Kommandant an.
1781-Die Schlacht von Yorktown. Hamilton, besorgt über die Möglichkeit eines verirrten, versehentlichen Schusses, befiehlt seinen Männern, die Kugeln aus ihren Gewehren zu entfernen, wenn sie einen Überraschungsangriff starten. Nach einer Woche Kampf kapitulieren die Briten. König George kehrt auf die Bühne zurück, um seine Warnungen zu wiederholen, und fordert Amerika heraus: “Was kommt als nächstes?” Er sagt ihnen, sie wüssten nicht, wie man führt oder unabhängig ist.
Aaron Burr, der die Frau geheiratet hat, mit der er nach dem Tod ihres Mannes eine Affäre hatte, lernt sein erstes und einziges Kind kennen, eine Tochter namens Theodosia. Zur gleichen Zeit lernt Hamilton seinen Sohn Philip kennen. Die beiden neuen Eltern haben die gleiche Hoffnung, dass sie ein Land aufbauen können, in dem ihr jeweiliges Kind “erwachsen werden kann”. Beide kehren nach New York zurück, um Jura zu studieren, aber Hamilton kommt viel weiter und schneller voran als Burr, wird Anwalt und arbeitet am allerersten Mordprozess im unabhängigen Amerika mit. Aufgrund seiner Talente wird Hamilton für die Teilnahme am Verfassungskonvent ausgewählt, einer Gruppe, die den rechtlichen Rahmen für die neue Nation festlegen soll. Mitten in der Nacht taucht er in Burrs Haus auf und fragt ihn, ob er bei der Verteidigung der neuen Verfassung helfen wird, wobei er zugibt, dass Burr ein besserer Anwalt ist als er. Als Burr sich weigert, bei der Abfassung der Federalist Papers mitzuwirken, wirft Alexander ihm vor, er habe nie eine eigene Meinung und stehe immer im Abseits. Später wirbt Hamilton John Jay und James Madison für die Mitarbeit an den Papers an. Washington bittet Hamilton, die Leitung des Finanzministeriums zu übernehmen. Angelica erzählt Alexander, dass sie einen reichen Mann geheiratet hat und für eine Weile mit ihm in London verweilt.
Akt II
Wir treffen Thomas Jefferson, der als Botschafter in Frankreich während des Krieges im Ausland war. Er kehrt in sein Haus in Monticello, einer Plantage in Virginia, zurück. Washington hat ihn gebeten, Außenminister zu werden, und als er zurückkehrt, ist er bereits vom Senat bestätigt worden. Er begibt sich nach New York City, wo James Madison ihn bittet, Hamiltons Finanzplan zu stoppen, der seiner Meinung nach zu viel staatliche Kontrolle zulassen würde. Hamilton möchte, dass die Bundesregierung “die Schulden der Staaten übernimmt und eine Nationalbank einrichtet”. Jefferson und Hamilton diskutieren über den Plan. Jefferson argumentiert, dass einige Staaten, wie z. B. Virginia, ihre Kriegsschulden bereits bezahlt haben und daher nicht auch für die Schulden anderer Staaten aufkommen sollten. Er weist auch darauf hin, dass es keinen Sinn macht, in Amerika Bundessteuern einzuführen, da Amerika gerade einer Regierung mit zu vielen Steuern entkommen ist. Hamilton entgegnet, dass die Übernahme der Schulden Amerika langfristig wohlhabender machen würde, und verurteilt Jefferson für seine Unterstützung der Sklavenarbeit im Süden. Washington sagt Hamilton, er müsse einen Kompromiss finden und mehr Zustimmung im Kongress finden, sonst werde er höchstwahrscheinlich aufgefordert, Washingtons Kabinett zu verlassen.
Eliza bittet Hamilton inständig, eine Pause von der Arbeit zu machen. Sie und Angelica fahren im Sommer ins Landesinnere und möchten, dass er sie begleitet, aber Hamilton besteht darauf, dass er nicht mit ihnen Urlaub machen kann, weil er seinen Plan durch den Kongress bringen muss.
Als Eliza und Angelica den Sommer über weg sind, trifft Hamilton Maria Reynolds, die Hamilton um Hilfe bittet, weil sie behauptet, dass sie von ihrem Mann James Reynolds misshandelt wird. Alexander leiht ihr etwas Geld und begleitet sie nach Hause. Als sie sich Hamilton anbietet, beginnen die beiden eine Affäre, die einen Monat lang andauert. Bald darauf erhält Hamilton einen Brief von Marias Ehemann, der ihn erpresst. Hamilton bezahlt James Reynolds dafür, dass er niemandem (vor allem nicht Eliza) von der Affäre erzählt.
Später haben Hamilton, Jefferson und Washington ein privates Treffen, um Hamiltons Finanzplan zu besprechen. Jefferson und Washington stimmen dem Plan zu, solange die nationale Hauptstadt, die sich damals in New York City befand, weiter nach Süden verlegt wird (in den Norden von Virginia, ins heutige Washington D.C.). Aaron Burr bedauert, dass er bei der Vereinbarung nicht anwesend war. James Madison, der mit Jefferson zusammenarbeitete, verschafft Hamilton die Stimmen, die er braucht, um sein Abkommen durch den Kongress zu bringen.
Aaron Burr besiegt Elizas Vater, Philip Schuyler, in einem Senatsrennen und wechselt zur Demokratisch-Republikanischen Partei, um zu gewinnen. Hamilton betrachtet Burrs Kandidatur gegen Schuyler als persönlichen Angriff, aber Burr besteht darauf, dass er nur eine Gelegenheit ergriffen hat, um seine Karriere voranzutreiben.
Der Kongress debattiert darüber, ob er den Franzosen in ihrem Revolutionskrieg helfen soll oder nicht. Jefferson argumentiert, dass Frankreich während der Amerikanischen Revolution Hilfe geleistet hat und Amerika versprochen hat, Frankreich zu helfen. Er führt weiter aus, dass Frankreich nicht um Land gebeten hat, sondern nur um Hilfe bei seiner Revolution. Hamilton entgegnet, dass Frankreich nach seiner eigenen Revolution zu sehr im Schlamassel steckt, so dass eine Einmischung Amerika schaden könnte. Er argumentiert auch, dass Amerika Hilfe vom König, der jetzt tot ist, erhalten und einen Vertrag mit ihm unterzeichnet hat. Washington stimmt Hamilton zu, dass das französische Volk nicht weiß, wer es nach der Revolution anführen wird, was die Situation zu gefährlich macht. Jefferson beschuldigt Hamilton, Lafayette verraten zu haben. Burr, Jefferson und Madison sind verärgert, dass Hamilton “Washington in der Tasche hat”. Die drei kommen überein, Hamilton auf die Schliche zu kommen, indem sie den Weg des Geldes zum und vom Schatzamt verfolgen, um herauszufinden, wohin es fließt.
Washington teilt Hamilton mit, dass Jefferson aus dem Kabinett zurückgetreten ist, um für das Amt des Präsidenten zu kandidieren, und dass Washington zurücktreten wird. Doch John Adams gewinnt die Präsidentschaft und entlässt Hamilton sofort. Hamilton veröffentlicht eine Antwort, in der er Adams kritisiert. In der Zwischenzeit entdecken Burr, Jefferson und Madison Hamiltons Zahlungen an James Reynolds, von denen sie glauben, dass es sich um eine Art illegales politisches Geschäft handelt. Hamilton beweist den Männern, dass er das Geld des Schatzamtes nicht ausgegeben hat und dass er gezahlt hat, um einen Sexskandal zu decken. Aus Sorge darüber, was seine Gegner mit dieser Information anstellen könnten, veröffentlicht er “Das Reynolds-Pamphlet”, in dem er die Affäre öffentlich zugibt. Angelica stellt Alexander wegen des Pamphlets zur Rede und sagt ihm, dass sie zu Eliza steht. Als sie davon erfährt, verbrennt Eliza die Briefe, die sie an Hamilton geschrieben hat, um ihre Privatsphäre zu wahren und sich selbst aus der historischen “Erzählung” herauszuschreiben.
Später verteidigt Philip, Hamiltons Sohn, seinen Vater gegen die Kritik eines anderen jungen Mannes, George Eacker. Philip fordert Eacker zum Duell heraus, und Hamilton rät seinem Sohn, seine Waffe in die Luft zu schießen, wenn es so weit ist. Beim Duell beginnt Philip zu tun, was sein Vater gesagt hat, aber Eacker schießt, bevor er bis zehn gezählt hat, und trifft Philip direkt über der Hüfte. Eliza und Alexander sind beide an Philips Seite, als er im Krankenhaus stirbt. Nach der Tragödie versöhnen sich die beiden.
Die Wahl von 1800. Die Amerikaner sind von Adams’ Präsidentschaft enttäuscht. Jefferson und Burr kandidieren beide gegen ihn. Da klar ist, dass Adams nicht Präsident werden wird, findet das Rennen zwischen Jefferson und Burr statt. Madison schlägt vor, dass Jefferson versuchen sollte, eine Unterstützung von Hamilton zu erhalten. Burr führt einen offenen Wahlkampf gegen Jefferson, was zu dieser Zeit noch nicht üblich war. Als die Zeit gekommen ist, wendet sich die föderalistische Partei an Hamilton, um zu sehen, wie sie abstimmen soll. Hamilton unterstützt Jefferson mit den Worten: “Jefferson hat Überzeugungen, Burr hat keine”. Burr ist verärgert und fordert Hamilton zum Duell heraus.
Beim Duell ist Burr paranoid, weil er glaubt, Hamilton wolle ihn töten. Er stellt fest, dass Hamilton “methodisch mit dem Abzug herumfuchtelte” und seine Brille trug, “um tödlich zu zielen.” Obwohl Hamilton seine Waffe in den Himmel richtet, so wie er es seinem Sohn gesagt hat, erschießt Burr ihn. In einem Selbstgespräch denkt Hamilton über das Erbe, das er hinterlässt, und seinen bevorstehenden Tod nach. Burr bedauert, Hamilton getötet zu haben, und sagt: “Die Welt war groß genug für Hamilton und mich”. Sowohl Eliza als auch Angelica sind an Hamiltons Seite, als er stirbt.
Das Musical endet damit, dass Eliza die Geschichte der Gründerväter erzählt. Sie erzählt, dass sie 50 Jahre länger lebt als Hamilton und daran arbeitet, sein Vermächtnis zu bewahren. Sie eröffnet ein Waisenhaus in seinem Namen und singt das Lied “Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story”