Steinzeitliche Werkzeuge wurden auf dem Sânpetru (Sankt Peter) Hügel in der Nähe der Burg und in den umliegenden Dörfern entdeckt. Die Region war sehr reich an Eisen, das seit der Eisenzeit von thrakischen Stämmen in der Gegend abgebaut worden war. Die dakischen Festungen des Orăştie-Gebirges, vor allem Sarmiszegetusa, das zum wichtigsten religiösen und politischen Zentrum Dakiens wurde, befanden sich in der Nähe von Hunedoara und wurden durch das hier gewonnene Eisen versorgt. Auf dem Hügel Sânpetru in der Nähe der Burg wurden die Überreste von acht dakischen Eisenöfen gefunden. Die Entdeckung bedeutender Geldschätze in Form von dakischen und römischen kaiserlichen Münzen zeugt von der Bedeutung des Ortes.
Nach der Eroberung Dakiens um 106 n. Chr. und der Umwandlung in eine römische Provinz zog die eisenreiche Region die Aufmerksamkeit der Römer auf sich, die begannen, sie durch den Bau von Öfen zu nutzen. Eine “Villa Rustica” entstand in Teliuc, einer römischen Festung auf dem Sanpetru-Hügel, einem Vorposten der berühmten Legio XIII Gemina, deren Hauptkastrum sich in Apullum in Dakien befand. Weitere römische Artefakte wurden im Stadtgebiet und auch in Pestis entdeckt, wo die Überreste eines römischen Dorfes gefunden wurden. Die neue Hauptstadt der römischen Provinz Dacia, Ulpia Traiana Sarmizegetusa, lag ebenfalls in der Nähe.
Nach dem militärischen und administrativen Rückzug der Römer während der Völkerwanderungszeit gab es in der Region keine bedeutenden historischen Stätten mehr, obwohl es möglich ist, dass die Eisenverarbeitung weiterging. Die ethnische Struktur der Region veränderte sich erheblich, vor allem mit Goten, Hunnen, Slawen, Peschenegs, Magyaren und Kumanen.
Es gibt eine anhaltende wissenschaftliche Debatte über die ethnische Zugehörigkeit der Bevölkerung Siebenbürgens vor der ungarischen Eroberung (siehe Herkunft der Rumänen). Nach 1000, als Teil des Königreichs Ungarn, wuchsen unter slawischem Einfluss kleine politische Fehden (regiert von knjazes). Südlich der Karpaten hatten die Peschenegs und die Kumanen die politische Macht inne, und Hunedoara diente als Pufferzone für die ungarische Krone. Mit der Zeit entwickelten die Vlachen in den nahe gelegenen Bergen eine ursprüngliche Hochlandkultur. Ihr Land wird “Tara Padurenilor” (Land der Waldbewohner) genannt, und sie begannen, das Gebiet demografisch zu dominieren. Die Region hatte auch eine beträchtliche Bevölkerung von deutschen Sachsen, Kolonisatoren, die von der ungarischen Krone nach der Mongoleninvasion gebracht wurden, und später Romani, die vom indischen Subkontinent einwanderten.
Die erste urkundliche Erwähnung der Stadt erfolgte im Jahr 1265 unter dem Namen Hungnod als Zentrum für Ledergerberei und Wollverarbeitung. Die Stadt Hunedoara wurde ein wichtiges Zentrum der Eisengewinnung und -verarbeitung in Siebenbürgen. Im “Corpus Inscriptiorum Latinorum” wird ein Einwohner als “natas ibi, ubi ferum nascitur” bezeichnet, d. h. als “geboren, wo das Eisen geboren wurde”. Als Rückgrat für die Herstellung von Waffen und Werkzeugen war die Industrie der Stadt für die Region lebenswichtig.
Die Stadt ist seit dem 14. Jahrhundert vor allem als Residenz der Familie Hunyadi bekannt. Am 18. Oktober 1409 wurde Voyk (ungarisch Vajk, rumänisch Voicu) von Sigismund von Luxemburg für seine militärische Tapferkeit belohnt und erhielt die Domäne Hunedoara. Die Ursprünge der Familie Hunyadi sind unter Historikern ein ständiger Streitpunkt. In derselben Urkunde, in der die Belohnung Voyks für militärische Tapferkeit durch Sigismund von Luxemburg festgehalten ist, werden auch seine drei Söhne erwähnt: Mogoş, Radu und Johannes Hunyadi (ungarisch: János Hunyadi; rumänisch: Ioan de Hunedoara). Hunedoara erhielt 1448 vom ungarischen König die Stadtrechte. Johannes Hunyadi baute die Zitadelle auf einer alten Festung aus und schuf die beiden Hauptsäle für den Landtag und die Ritter. In der Nähe der Burg wurde 1448 ein Franziskanerkloster errichtet. Johannes von Capistrano, ein berühmter italienischer Mönch, wurde vom Papst entsandt, um einen Kreuzzug gegen die Türken zu organisieren, und wohnte in der Burg. Johannes von Capistrano war später maßgeblich daran beteiligt, die Bauernschaft zu einem Kreuzzug anzustacheln, der von Frankfurt aus in Richtung Belgrad führte.
John Hunyadi war ein führender militärischer Anführer in der wachsenden Konfrontation mit dem Osmanischen Reich. Er kämpfte in den Diensten Sigismunds, beherrschte die militärische Taktik in den Hussitenkriegen und wurde der geschickteste Krieger Ungarns. Er wurde zum Woiwoden (Fürst) von Siebenbürgen ernannt, das zu dieser Zeit ein autonomer Teil des Königreichs Ungarn war. Er wurde zum Regenten Ungarns gewählt und bildete eine Koalition mit den Fürstentümern Moldawien und Walachei und beteiligte sich an Kreuzzügen gegen die Türken, um Serbien und Bulgarien zu befreien. Der Kreuzzug vereinte für kurze Zeit die auseinanderstrebenden Kräfte auf dem Balkan, und die in den Schlachten errungenen Siege sicherten das Königreich Ungarn für mehr als ein Jahrhundert vor der osmanischen Besatzung. Obwohl er in einem Militärlager starb, wurde sein Sohn Mátyás (Matthias Corvinus) später der berühmteste ungarische König. Papst Pius II. nannte ihn Athleta Christi (“Meister Christi”) und den Weißen Ritter der Walachei.
Im Jahr 1457 erteilte Matthias den walachischen Leibeigenen die Erlaubnis, eine orthodoxe Kirche zu bauen, die wunderschön mit Gemälden verziert ist und bis heute erhalten wurde. Er baute die Burg und das Lehnsgut von Hunedoara weiter aus. Die Burg von Hunedoara wurde zu einer der größten in der mittelalterlichen Welt und zeugte von der Größe seiner Familie von edlen Kriegern und Staatsmännern in einer Zeit, in der die Region von Krieg und Verzweiflung heimgesucht wurde, als sich das Osmanische Reich Mitteleuropa näherte. In der Zeit der Hunyadi-Herrschaft wurde Hunedoara zu einem Markt (opiddum) für Eisen. Matthias Corvinus ernannte die Stadt zu einem steuerfreien Gebiet, und dieses Privileg blieb bis ins 17. Die Einwohnerzahl schwankte zwischen 784 Personen im Jahr 1512 und 896 Personen im 17. Nach dem Tod von Matthias Corvinus ging Hunedoara an seinen Sohn Johannes (ungarisch: János; rumänisch: Ioan) über, doch auch er starb früh. Seine Frau, Beatrice de Frangepan, heiratete 1509 Georg von Hohenzollern, Markgraf von Brandenburg. Georg von Brandenburg residierte jedoch nicht in Hunedoara, sondern setzte einen Vertreter, György Stolcz, ein.
Im Jahr 1514, während des Bauernaufstandes von György Dózsa, wurden einige in der Burg gefangen gehalten und wahrscheinlich gefoltert. Die Stadt zählte 184 Häuser, eine beachtliche Größe für die damalige Zeit, und wurde von einem ernannten orthodoxen Priester regiert. Im Jahr 1528 zerstörte ein Brand 124 Häuser. Im Jahr 1534, als das Königreich Ungarn von den osmanischen Türken erobert wurde, wurde die Burg während des Aufstandes von Czibak Imre, dem Bischof von Oradea, belagert, und zwei Jahre später schenkte Johannes Zápolya die Burg zusammen mit anderen Besitztümern an Török Bálint, der damit zum reichsten Adligen Ungarns wurde. Im Jahre 1557 wird erwähnt, dass Török János, ein Bekehrer der Reformation, seine untreue Frau Kendi Anna in der Burg tötete. 1601 wurde die Burg vom walachischen Heer Michaels des Tapferen in seinem Feldzug – während er die Walachei, Moldawien und Siebenbürgen regierte – gegen das Osmanische Reich belagert, um die osmanische Vasallität zu den Habsburgern zu wechseln.
Die Stadt und die Burg überstanden die Gegenreformation des habsburgischen Generals Giorgio Basta relativ unbeschadet. Im Jahr 1618 ging die Burg in den Besitz der Familie Bethlen über. Gabriel Bethlen, Woiwode von Siebenbürgen, festigte und vergrößerte die Burg und schenkte sie seinem Neffen Stephan Betlen, der hier mit seiner Frau Maria Széchy, die für ihre Schönheit berühmt war, lebte.
1634 wurde in Hunedoara die Reformierte Kirche Ungarns gegründet und Imre Thököly, einer der Anführer des protestantischen Aufstands gegen die Habsburger und späterer Fürst von Siebenbürgen, besaß die Burg und verbrachte viel Zeit in ihr. Im Jahr 1685 ging das Schloss in den Besitz von Michael Apafi, dem pro-habsburgischen Fürsten von Siebenbürgen, über. 1710 wurde die alte Kirche den Franziskanern zurückgegeben, und 1725 erhielt sie ihren klösterlichen Rang zurück. Zu dieser Zeit war die Mehrheit der Bevölkerung rumänisch.
Der größte Teil des heutigen Hunedoara war zu dieser Zeit eine üppige Ebene, durch die sich der Fluss Cerna schlängelte. Der erste Hochofen wurde 1603 gebaut, vier weitere folgten. Die modernen Eisenwerke begannen am Fuße des Sankt-Peter-Hügels (Sanpetru), in der Nähe des am weitesten entfernten Turms der Burg namens Nebojša (serbisch für “Hab keine Angst”, ein Turm, der im Mittelalter am weitesten von der Burg entfernt war, um im Falle einer Belagerung eine letzte Zuflucht zu bieten; vgl. Turm Nebojša). Der Bergwerksschacht kann noch heute besichtigt werden. Auch Eisenmanufakturen befanden sich in der Nähe.
Im Jahr 1667 gab es bereits ein Stahlwerk am Fluss Cerna, das 490 Tonnen Roheisen und 1699 66 Tonnen Eisen produzierte. 1714 baute Georg Steinhilbert eine zweite und 1727 eine dritte. Im Jahr 1743 wurde der Betrieb direkt vom Schatzamt übernommen. Von den erwähnten Mühlen befand sich eine unter der Hauptbrücke, und ihre Mauern sind heute Ruinen.
Der erste große Industrieofen der Welt zur Eisengewinnung, so wird behauptet, wurde 1750 in Topliţa bei Hunedoara gebaut, und ein späterer in Govăşdia im Jahr 1806. Beide Öfen können heute besichtigt werden. Auf der Straße konnte man sie nur über Teliucu Inferior (damals Alsótelek) und Teliucu Superior (damals Felsőtelek) erreichen. Bis 2001 gab es eine im 19. und 20. Jahrhundert gebaute Schmalspurbahn, die von der Burg Hunedoara in der Nähe von Zlaşti durch einen 747 Meter langen Tunnel durch den Berg und die atemberaubende Landschaft von “Ţara Pădurenilor” (Land der Waldbewohner) bis nach Govăjdia führte. Von Zlaşti nach Govăjdia und Crăciuneasa wurde sie vom letzten Besitzer, der Firma Talc-Dolomită Zlaşti, abgebaut und verschrottet. Die letzte verbliebene 2,3 km lange Schmalspurbahn von der Burg Hunedoara nach Zlaşti wurde bis 2007 von der Firma Talc-Dolomită Zlaşti genutzt. Im Sommer 2009 wurde der letzte verbliebene Abschnitt dieser Strecke stillgelegt. Es gibt nun Bestrebungen, die Bahnlinie für touristische Zwecke zu restaurieren.
Im 18. und einem Teil des 19. Jahrhunderts, als die Stadt Hunedoara mehr und mehr industrialisiert wurde, begannen Bauern aus den umliegenden Regionen in die Stadt zu ziehen und die Bevölkerung wuchs. Nur die Deutschen, die Ungarn und die Siebenbürger Székelys waren im Landtag vertreten (siehe Unio Trium Nationum). Die Rumänen, die zu dieser Zeit etwa 50 % der Bevölkerung ausmachten, fühlten sich ausgebeutet und revoltierten mehrmals. Die Bauern des Komitats Hunedoara unterstützten 1784 den Aufstand von Horea, Cloşca und Crişan, als sie die nahe gelegene Festung Deva erfolglos belagerten.
Die Burg in Hunedoara bot dem lokalen Adel Zuflucht, und es war ihre letzte Funktion als militärische Verteidigung. Später wurden Vertreter aus der Region zu den rumänischen Nationalversammlungen entsandt, die während der Revolution von 1848 in Blaj stattfanden, wo die Rumänen beschlossen, gleiche Rechte zu fordern und sich dem Versuch Ungarns zu widersetzen, die Unabhängigkeit vom Haus Habsburg zu erlangen. Dies löste einen kleinen Aufstand in ganz Siebenbürgen aus, der von der ungarischen Armee schnell niedergeschlagen wurde, mit Ausnahme des Apuseni-Gebirges im Norden von Hunedoara, wo der Tribun Avram Iancu darum kämpfte, die ungarischen Truppen von der Kontrolle der Goldminen fernzuhalten. Die anschließenden Versäumnisse der späteren österreichisch-ungarischen Monarchie, die Forderungen der Rumänen zu erfüllen, sowie die Magyarisierungskampagnen verschlimmerten und entfremdeten die rumänische Bevölkerung von Hunedoara weiter.
Während des Ersten Weltkriegs unterstützten die Rumänen aus dem Kreis Hunedoara aktiv die rumänische Armee, und die rumänische Nationalversammlung erklärte 1918 die Union von Siebenbürgen mit Rumänien. Nach dem Ende des Krieges wurde Siebenbürgen Teil Rumäniens. Die rumänische Bevölkerung in und um die Stadt erlangte schnell politische Rechte und Vertretung, und die industrielle Entwicklung setzte sich in immer schnellerem Tempo fort.
Im Zweiten Weltkrieg waren die Stahlwerke Teil der Kriegsanstrengungen der Achsenmächte. Die rumänische Armee verlor 700.000 Soldaten an der Ostfront und die Alliierten weitere 400.000 Soldaten, die gegen die Achsenmächte kämpften.
Nach der sowjetischen Besetzung und dem anschließenden kommunistischen Regime wurde die Industrie begünstigt, und Hunedoara verfügte eine Zeit lang über das größte stahlproduzierende Werk in Rumänien und auf dem Balkan. Die Stadt wuchs, und die Fabriken dehnten sich so weit aus, dass sie die Größe der Stadt erreichten oder übertrafen. Auch die Einwohnerzahl stieg auf über 87.000. Die Fußballmannschaft Corvinul Hunedoara war lange Zeit eine der besten Fußballmannschaften Rumäniens und konkurrierte mit Steaua oder Dinamo. Es wurden ein großes Stadion und andere Sporteinrichtungen wie überdachte Schwimmbäder und eine Eislaufbahn gebaut. Neben dem Sportverein Corvinul wurden zwei weitere Sportvereine gebaut, Constructorul und Siderurgistul, die jeweils unterschiedliche Sporteinrichtungen anboten. Weitere bemerkenswerte Bauten waren ein Theater, mehrere große Kinos, viele Schulen und Gymnasien sowie eine Fakultät für Ingenieurwesen.
Der Zusammenbruch des Kommunismus bedeutete, dass die alten Märkte für Stahl wegbrachen und viele Unternehmen geschlossen oder aufgegeben werden mussten. Investitionen von rumänischem und ausländischem Kapital boten jedoch neue Beschäftigungsmöglichkeiten für die Bevölkerung. Derzeit betreibt Arcelor-Mittal das, was vom Stahlwerk übrig geblieben ist. Das Stahlwerk betreibt jetzt das Elektrostahlwerk Nr. 2, die Stranggießanlage und die Walzwerke. Die Produktion soll im Jahr 2007 und darüber hinaus auf über 500.000 Tonnen Stahl steigen. Der Rest der Produktionsanlagen wurde abgerissen oder an private Investoren verkauft.