Die Geschichte beginnt im Gefolge der vier limitierten Vorgängerserien, in denen Superman, Wonder Woman und Batman miteinander streiten, der JLA-Wachturm zerstört wurde und die Helden der Welt mit einer Vielzahl von Bedrohungen konfrontiert sind. Vor diesem Hintergrund entkommen Kal-L (der Erde-Zwei-Superman), Lois Lane von Erde-Zwei, Alexander Luthor von Erde-Drei und Superboy-Prime aus dem Taschenuniversum, in das sie am Ende von Crisis on Infinite Earths zunächst geflohen waren. Kal-L sucht seine Cousine Power Girl auf, ebenfalls eine Überlebende von Erde-Zwei. Da er glaubt, dass sich Lois’ Gesundheitszustand auf ihrer Heimatwelt verbessern wird, hofft er, die aktuelle Erde durch Erde-Zwei zu ersetzen, die er für perfekt hält.
Kal-L versucht, Batman für sich zu gewinnen, indem er behauptet, dass die “schlechte” Natur der Nach-Krisen-Erde Batmans Misstrauen und Feindseligkeit in letzter Zeit verursacht hat. Batman weigert sich und versucht, seinen Kryptonit-Ring zu benutzen. Dies schlägt fehl, da das Kryptonit nicht aus dem Universum von Kal-L stammt, und Superman zerstört es mit seinem Hitzeblick. Danach erfährt Batman, dass Superboy-Prime den JLA-Wachturm zerstört hat.
Alexander offenbart Power Girl, dass er und Superboy-Prime ihr “Paradies” schon seit einiger Zeit verlassen und die Ereignisse manipuliert haben, um eine interdimensionale Stimmgabel zu schaffen. Mit den Überresten des Anti-Monitors und gefangenen Helden und Schurken, die speziell auf frühere Universen eingestimmt sind (darunter Power Girl, nachdem Superboy-Prime sie niedergeschlagen hat), stellt Alex die Erde-Zwei wieder her, die bis auf die dorthin transportierten Erde-Zwei-Helden unbewohnt ist.
Superboy-Prime greift Conner Kent an, den Superboy dieser Welt. Mehrere Superteams intervenieren. Superboy-Prime tötet versehentlich mehrere Helden, bevor die Flashes und Kid Flash ihn in die Speed Force zwingen, unterstützt von den Speedsters, die sich bereits darin befinden. Jay Garrick, der einzige zurückgebliebene Speedster, sagt, dass die Speed Force nun verschwunden ist.
In dem Bestreben, eine perfekte Welt zu schaffen, stellt Alexander viele alternative Erden wieder her. Als die Erde-Zwei-Lois schließlich an Altersschwäche stirbt, kämpfen ein verärgerter Kal-L und der jüngere Nach-Krisen-Superman Kal-El, bis Wonder Woman sie trennt. Bart Allen (der Barry Allens Kostüm trägt und zum Erwachsenen gealtert ist) taucht aus der Speed Force auf und warnt, dass er und die anderen Speedsters nicht in der Lage waren, Superboy-Prime aufzuhalten, der in einer von Anti-Monitor inspirierten Rüstung zurückkehrt, die gelbe Sonnenstrahlung speichert, um ihn zu stärken und ihn noch stärker zu machen.
Batmans Einsatztruppe zerstört Brother Eye, eine von Batman geschaffene Satelliten-KI, die abtrünnig geworden ist und begonnen hat, Zivilisten in nano-infundierte Roboter zu verwandeln, die darauf ausgerichtet sind, Superhelden zu jagen und zu vernichten. Alexander wählt alternative Erden aus und verschmilzt sie, um eine “perfekte” Erde zu schaffen, bis Firestorm seine Bemühungen blockiert. Conner, Nightwing und Wonder Girl befreien die Gefangenen des Turms. Im Kampf gegeneinander stoßen Conner und Superboy-Prime mit dem Turm zusammen und zerstören ihn. Die verschiedenen Erden vereinen sich zu einer “Neuen Erde”, während Conner in Wonder Girls Armen stirbt. Power Girl trifft bald darauf ein und fragt Kal-El, was mit Lois passiert ist. Die Antwort lässt sie zusammenbrechen, was sie dazu veranlasst, Kal-El nach dem Grund zu fragen. Er antwortet ihr ganz einfach, dass es daran lag, dass er den falschen Superboy zum Verurteilen und den falschen Superboy zum Dulden ausgewählt hat.
Als eine Horde von Superschurken Metropolis angreift, fliegen die Helden, aktuelle und pensionierte, zur Rettung los und werden von der Nationalgarde unterstützt. Der Kampf endet mit zahlreichen Toten auf beiden Seiten, darunter viele von Superboy-Prime selbst, der Schurken und Helden gleichermaßen tötet. Während des Kampfes bricht Superboy-Prime auf, um Oa zu zerstören und plant, das Universum in einem Urknall zum Einsturz zu bringen und es mit sich selbst als einzigem Superhelden neu zu erschaffen. Superboy-Prime wird von einer 300 Meilen dicken Wand aus Willenskraft aufgehalten, die vom Green Lantern Corps geschaffen wurde, aber er tötet zweiunddreißig Green Lanterns, bevor Kal-L und Kal-El ihn zu dem tragen, was von Krypton übrig ist. Es ist im Wesentlichen eine riesige Wolke aus Kryptonit. Die Supermänner fliegen Superboy durch Kryptons rote Sonne Rao, zerstören seine Rüstung und lassen die Kräfte aller drei Kryptonier schwinden. Sie stürzen auf den empfindungsfähigen Planeten (und Mitglied des Green Lantern Corps) Mogo und kämpfen. Kal-El schlägt Superboy-Prime schließlich k.o., und der ältere Superman Kal-L stirbt in den Armen seiner Cousine Power Girl an seinen Verletzungen.
Zurück auf der Erde erwägt Batman, der mit dem Tod von Superboy und den schweren Verletzungen von Nightwing, die er während des Kampfes in Metropolis erlitten hat, zu kämpfen hat, Alex zu erschießen. Batman wird von Wonder Woman davon abgehalten. Alex gelingt die Flucht.
Wonder Woman, Batman und Superman treffen sich später in Gotham City. Wonder Woman plant, herauszufinden, wer sie ist. Batman plant eine ähnliche Selbstfindungsreise, bei der er das Training seiner Jugend wieder aufnimmt, dieses Mal mit Dick Grayson, der jetzt gesünder ist, und mit Tim Drake, der sich ihm anschließt. Superman zieht sich von den Superhelden zurück, bis seine Kräfte zurückkehren.
Alexander Luthor, der sich in einer Gasse in Gotham City versteckt und neue Pläne schmiedet, wird von Lex Luthor und dem Joker gefunden. Der Joker verstümmelt Alexander, indem er ihm Säure ins Gesicht spritzt, dann elektrisiert er es und schließlich tötet er Alexander, indem er ihn erschießt, während Lex ihn für seine Fehler verspottet, unter anderem dafür, dass er den Joker nicht in der Secret Society mitspielen lässt und Lex unterschätzt.
Das Green Lantern Corps hält Superboy-Prime in einem roten Sun-Eater gefangen. Die Serie endet damit, dass er sich mit bloßen Händen ein S in die Brust ritzt und erklärt, dass er schon aus schlimmeren Gefängnissen als diesem entkommen ist.