Das erste Restaurant wurde am 18. August 1969 in Lexington, Kentucky, eröffnet. Der ursprüngliche Standort am 301 Southland Drive in der Nähe der Nicholasville Road war zuvor ein Meeresfrüchte-Restaurant namens Cape Codder. Das ursprüngliche Cape Codder-Gebäude aus Betonblöcken wurde von dem Architekten Druce Henn umgestaltet, der den Neuengland-Stil der frühen Long John Silver’s-Restaurantketten entworfen hatte. Das ursprüngliche Lokal ist heute ein Friseursalon.

Frühere Restaurants waren bekannt für ihre Gebäude im Cape-Cod-Stil, blaue Dächer mit quadratischen Kuppeln, Holzbänke und -tische, Hummerkübel und Schiffsräder. Später kamen weitere nautische Dekorationen hinzu, wie z. B. Sitze, die wie Seeflaggen aussahen.

Diese frühen Restaurants hatten auch getrennte Ein- und Ausgangstüren, einen korridorähnlichen Wartebereich, Friteusen mit Heizgeräten, die durchsichtig waren, so dass die Gäste das Essen sehen konnten, das auf sie wartete, und schmiedeeiserne “Schwert”-Türgriffe. Ein wichtiges äußeres Merkmal dieser Gebäude waren die mit Pfählen und dicken Seilen gesäumten Stege.

Etwas neuere Restaurants behielten die Grundstruktur und das Thema bei, entfernten aber die meisten der inneren Merkmale. Die Muttergesellschaft Jerrico wurde 1989 durch ein Management-Buyout mit hohem Fremdkapitalanteil in die Privatwirtschaft übernommen, und ein Jahr später wurden die anderen Restaurantkonzepte veräußert, um sich auf Long John Silver’s zu konzentrieren.

Nachdem Jerrico Inc. in den nächsten Jahren mit seiner hohen Schuldenlast zu kämpfen hatte, meldete das Unternehmen im Juni 1998 Konkurs nach Chapter 11 an. Im September 1999 kündigte A&W an, die Kette aus dem Konkurs zu übernehmen, woraufhin ein neues Unternehmen mit dem Namen Yorkshire Global Restaurants gegründet wurde.

Im Jahr 2000 stimmte Yorkshire Global Restaurants zu, mit Tricon Global aus Louisville, Kentucky, Eigentümer der Ketten KFC, Pizza Hut und Taco Bell, Standorte mit mehreren Marken zu testen.

Die Muttergesellschaft von Long John Silver’s und A&W, Yorkshire, wurde von Tricon Global übernommen und Tricon wurde im Mai 2002 in Yum! Brands, Inc. umbenannt, aber im Januar 2011 gab Yum! bekannt, dass es nach einem Käufer für seine Geschäftsbereiche Long John Silver’s und A&W All-American Restaurants sucht, und begründete dies mit schlechten Verkaufszahlen und dem Wunsch, sich stärker auf die internationale Expansion zu konzentrieren.

Im September 2011 gab Yum! den bevorstehenden Verkauf von Long John Silver’s an LJS Partners bekannt – eine Gruppe, die aus Franchisenehmern und anderen privaten Investoren besteht.

Im Juli 2013 bezeichnete das Center for Science in the Public Interest, eine ernährungs- und gesundheitspolitische Überwachungsgruppe, das “Big Catch”-Gericht von Long John Silver’s als die schlechteste Restaurantmahlzeit in Amerika und stellte fest, dass es 33 Gramm Transfette, 19 Gramm gesättigte Fette, 1.320 Kalorien und fast 3.700 Milligramm Natrium enthält. Das Unternehmen gab bekannt, dass es im Januar 2014 die Transfette von seiner Speisekarte gestrichen hatte.

Im März 2015 wurde James O’Reilly, der zuvor für KFC (eine weitere Yum! Brands-Holding) gearbeitet hatte, zum CEO ernannt. Er erklärte, er erwarte, dass die Kette ihre 1.132 Filialen beibehalten, ihr Marketing nach der negativen Presse über den Fett- und Natriumgehalt der Speisekarte neu ausrichten und die Möglichkeit einer künftigen Expansion in Betracht ziehen werde.

Am 22. Mai 2018 gab Long John Silver’s die Übernahme von sechsundsiebzig Franchise-Restaurants bekannt, die sich hauptsächlich im Besitz von ServUS befanden und von diesem renoviert worden waren und sich hauptsächlich in Indiana befanden. Am 19. Oktober 2019 verstarb Warren W. Rosenthal, ehemaliger Präsident von Jerrico und Entwickler von 1.350 Long John Silver’s-Restaurants, im Alter von 96 Jahren.

Am 18. Januar 2021 gab Long John Silver’s bekannt, dass Blain Shortreed den Posten des CEO übernehmen wird.

• Ein gemeinsames Long John Silver’s und A&W in Gillette, Wyoming

• Ein gemeinsames KFC und Long John Silver’s Restaurant in Lafayette, Tennessee

• Ein ehemaliges gemeinsames Restaurant von Long John Silver’s und Taco Bell in Kent, Ohio, bevor es eine Filiale von Taco Bell wurde