Da die PDB Daten für die Öffentlichkeit freigibt, wurden die Daten in verschiedenen anderen Proteinstrukturdatenbanken verwendet.

Beispiele für Proteinstrukturdatenbanken sind (in alphabetischer Reihenfolge):

Database of Macromolecular Movements beschreibt die Bewegungen, die in Proteinen und anderen Makromolekülen auftreten, insbesondere unter Verwendung von Filmen Dynameomics ein Data Warehouse mit Molekulardynamiksimulationen und Analysen von Proteinen, die alle bekannten Proteinfaltungsfamilien repräsentieren JenaLib die Jena Library of Biological Macromolecules zielt auf eine bessere Verbreitung von Informationen über dreidimensionale Biopolymerstrukturen mit Schwerpunkt auf Visualisierung und Analyse. ModBase eine Datenbank mit dreidimensionalen Proteinmodellen, die durch vergleichende Modellierung berechnet wurden OCA eine Browser-Datenbank für Proteinstruktur/-funktion – Die OCA integriert Informationen aus KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt und anderen. OPM liefert räumliche Positionen von dreidimensionalen Proteinstrukturen in Bezug auf die Lipiddoppelschicht. PDB Lite, abgeleitet von OCA, wurde bereitgestellt, um das Auffinden und Betrachten eines Makromoleküls in der PDB so einfach wie möglich zu machen PDBsum bietet einen Überblick über makromolekulare Strukturen in der PDB mit schematischen Darstellungen der Moleküle in jeder Struktur und der Wechselwirkungen zwischen ihnen PDBTM die Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – eine Auswahl der PDB. PDBWiki eine von der Community kommentierte Wissensdatenbank für biologische Molekularstrukturen ProtCID Die Protein Common Interface Database (ProtCID) ist eine Datenbank für ähnliche Protein-Protein-Schnittstellen in Kristallstrukturen homologer Proteine. Protein die NIH-Protein-Datenbank, eine Sammlung von Sequenzen aus verschiedenen Quellen, einschließlich Übersetzungen aus annotierten kodierenden Regionen in GenBank, RefSeq und Third Party Annotation, sowie Datensätze aus SwissProt, PIR, PRF und PDB Proteopedia die gemeinschaftliche 3D-Enzyklopädie von Proteinen und anderen Molekülen. Ein Wiki, das eine Seite für jeden Eintrag in der PDB (>100.000 Seiten) enthält, mit einer Jmol-Ansicht, die funktionelle Stellen und Liganden hervorhebt. Bietet ein benutzerfreundliches Tool zur Erstellung von Szenen, so dass Sie die Jmol-Skriptsprache nicht erlernen müssen, um benutzerdefinierte molekulare Szenen zu erstellen. Benutzerdefinierte Szenen lassen sich leicht mit “grünen Links” in beschreibendem Text verknüpfen, die diese Szenen in Jmol anzeigen. ProteinLounge ist eine Protein-Datenbank, die visuelle Darstellungen der Proteinstruktur enthält. Enthält auch Proteinpfade und Gensequenzen sowie andere Tools. SCOP the Structural Classification of Proteins eine detaillierte und umfassende Beschreibung der strukturellen und evolutionären Beziehungen zwischen allen Proteinen, deren Struktur bekannt ist. SWISS-MODEL Repository eine Datenbank mit annotierten Proteinmodellen, die durch Homologiemodellierung berechnet wurden TOPSAN das Open Protein Structure Annotation Network – ein Wiki, das Informationen über dreidimensionale Proteinstrukturen sammeln, austauschen und verbreiten soll.