Parce que la PDB libère des données dans le domaine public, ces données ont été utilisées dans diverses autres bases de données sur la structure des protéines.

Les exemples de bases de données de structures protéiques comprennent (par ordre alphabétique);

Database of Macromolecular Movements décrit les mouvements qui se produisent dans les protéines et autres macromolécules, en particulier en utilisant des films Dynameomics un entrepôt de données de simulations de dynamique moléculaire et d’analyses de protéines représentant toutes les familles de plis protéiques connues JenaLib la bibliothèque de Jena de macromolécules biologiques vise à une meilleure diffusion des informations sur les structures tridimensionnelles des biopolymères en mettant l’accent sur la visualisation et l’analyse. ModBase une base de données de modèles protéiques tridimensionnels calculés par modélisation comparative OCA une base de données par navigateur pour la structure/fonction des protéines – L’OCA intègre des informations provenant de KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt, et autres. L’OPM fournit les positions spatiales des structures tridimensionnelles des protéines par rapport à la bicouche lipidique. PDB Lite dérivé de OCA, PDB Lite a été fourni pour rendre aussi facile que possible la recherche et la visualisation d’une macromolécule dans la PDB PDBsum fournit une vue d’ensemble des structures macromoléculaires dans la PDB, donnant des diagrammes schématiques des molécules dans chaque structure et des interactions entre elles PDBTM la banque de données des protéines transmembranaires – une sélection de la PDB. PDBWiki une base de connaissances annotée par la communauté des structures moléculaires biologiques ProtCID La base de données Protein Common Interface Database (ProtCID) est une base de données d’interfaces protéine-protéine similaires dans les structures cristallines de protéines homologues. Protein la base de données des protéines du NIH, une collection de séquences provenant de plusieurs sources, y compris des traductions de régions codantes annotées dans GenBank, RefSeq et Third Party Annotation, ainsi que des enregistrements de SwissProt, PIR, PRF et PDB Proteopedia l’encyclopédie collaborative en 3D des protéines et autres molécules. Un wiki qui contient une page pour chaque entrée de la PDB (>100 000 pages), avec une vue Jmol qui met en évidence les sites fonctionnels et les ligands. Offre un outil de création de scènes facile à utiliser pour que vous n’ayez pas à apprendre le langage de script Jmol pour créer des scènes moléculaires personnalisées. Les scènes personnalisées sont facilement attachées à des “liens verts” dans le texte descriptif qui affichent ces scènes dans Jmol. ProteinLounge est une base de données sur les protéines qui comprend des images de la structure des protéines. Elle comprend également des voies d’accès aux protéines et des séquences de gènes, ainsi que d’autres outils. SCOP the Structural Classification of Proteins une description détaillée et complète des relations structurelles et évolutives entre toutes les protéines dont la structure est connue. SWISS-MODEL Repository une base de données de modèles de protéines annotés calculés par modélisation d’homologie TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – un wiki conçu pour collecter, partager et distribuer des informations sur les structures tridimensionnelles des protéines.