La biosphère est dominée par les microorganismes, pourtant la majorité des microbes n’ont pas été étudiés scientifiquement. Diverses études menées au cours de la dernière décennie ont démontré que la majorité des bactéries de n’importe quel habitat restent non cultivables. En conséquence, la métagénomique, une méthode indépendante de la culture, est apparue comme un outil puissant, qui permet de mieux comprendre la structure de la communauté et son importance physiologique dans l’écosystème. La métagénomique est l’analyse génomique d’une population de micro-organismes, soit par l’identification de séquences génétiques basées sur les fonctions (métagénomique fonctionnelle), soit par l’identification de fonctions basées sur les séquences (métagénomique séquentielle). Au départ, le coût élevé du séquençage ne permettait l’expansion de la métagénomique que vers l’identification de nouveaux gènes ou de nouvelles voies en utilisant l’approche de la métagénomique fonctionnelle. L’émergence de plateformes économiques de séquençage de nouvelle génération a accéléré le rythme des projets de séquençage métagénomique et a permis de décoder le cadre génétique des différents microbiomes et d’inonder les bases de données d’énormes ensembles de données métagénomiques. Il est devenu un défi de filtrer le bruit de ces énormes ensembles de données pour décoder la structure du microbiome et prédire le fonctionnement du microbiome dans le concours à l’écosystème étudié. En conséquence, un certain nombre de logiciels d’analyse autonomes ou en ligne ont été développés pour permettre aux chercheurs d’obtenir des informations biologiques importantes en un temps limité. Le présent chapitre se concentre sur le cadre métagénomique, les applications métagénomiques et les outils d’interprétation des données disponibles pour analyser les ensembles de données métagénomiques. Le contenu de ce chapitre enrichira la compréhension scientifique des jeunes chercheurs qui prévoient de réaliser des découvertes scientifiques basées sur la métagénomique.