Este avait donné son nom à la culture d’Este, une culture proto-historique existant de la fin de l’âge du bronze italien (10e/9e siècle av. J.-C., phase protovénitique) à la période romaine (1er siècle av. J.-C.) et qui était située sur le territoire actuel de la Vénétie.

Au cours de l’âge du fer, Este était un centre important des Vénètes qui ont laissé un certain nombre d’inscriptions sur des objets funéraires et votifs.

À la fin du IIIe siècle av. J.-C., Este tombe pacifiquement sous l’emprise de Rome et devient une colonie romaine sous le nom d’Ateste. Lorsqu’une grande partie de l’Italie du Nord se voit accorder la citoyenneté romaine en 49 avant JC, les citoyens d’Este sont inscrits dans la tribu romaine de Romilia. Après la bataille d’Actium, l’empereur Auguste installe des soldats de la Legio V Alaudae et de la Legio XI Claudia sur le territoire d’Este comprenant Galzignano Terme, Teolo, Lonigo, Noventa Vicentina, Trecenta, Pernumia, Monselice et Cinto Euganeo.

Dans l’Antiquité tardive, Este est dévastée et réduite à un village rural à cause des invasions barbares, notamment celle d’Attila. Elle ne renaît qu’après le Xe siècle, lorsque Azzo II d’Este y construit un château et s’y nomme avec sa famille, établissant ainsi la Maison d’Este. La Maison d’Este tiendra la ville jusqu’en 1240, date à laquelle elle déplacera sa capitale à Ferrare. Entre-temps, Este a été conquise à deux reprises par Ezzelino da Romano III, en 1238 et 1249. Elle est disputée au cours du XIVe siècle par les Scaligeri, les Carraresi et les Visconti, jusqu’à sa reddition spontanée à Venise en 1405.

Sous la République de Venise, Este connaît une période de croissance économique, interrompue seulement par la peste de 1630.

Après la chute de la République en 1797 et les guerres napoléoniennes, la ville, avec toute la Vénétie, fait partie de l’Empire autrichien, jusqu’à ce qu’elle soit annexée par le Royaume d’Italie à la suite de la troisième guerre d’indépendance de 1866.