L’histoire commence dans le sillage des quatre séries limitées du lead-in, avec Superman, Wonder Woman et Batman qui se disputent, la Watchtower de la JLA détruite, et les héros du monde entier confrontés à diverses menaces. Sur cette toile de fond, Kal-L (le Superman de la Terre 2), ainsi que Lois Lane de la Terre 2, Alexander Luthor de la Terre 3 et Superboy-Prime s’échappent de l’univers de poche où ils s’étaient initialement réfugiés à la fin de Crisis on Infinite Earths. Kal-L cherche sa cousine, Power Girl, également survivante de la Terre-deux. Croyant que la santé de Lois s’améliorera sur son monde natal, il espère remplacer la Terre actuelle par la Terre-Two, qu’il considère comme parfaite.
Kal-L tente d’obtenir le soutien de Batman, affirmant que la nature ” mauvaise ” inhérente à la Terre post-crise est à l’origine de la récente méfiance et de l’hostilité de Batman. Batman refuse et tente d’utiliser son anneau de kryptonite. Cette tentative échoue car la kryptonite n’est pas originaire de l’univers de Kal-L, et Superman la détruit avec sa vision thermique. Par la suite, Batman apprend que Superboy-Prime a détruit la tour de guet de la JLA.
Alexandre révèle à Power Girl que lui et Superboy-Prime ont quitté leur “paradis” depuis un certain temps, manipulant les événements pour aider à créer un diapason inter-dimensionnel. En utilisant les restes de l’Anti-Moniteur et les héros et vilains capturés spécifiquement accordés aux anciens univers (Power Girl parmi eux après que Superboy-Prime l’ait assommée), Alex restaure la Terre-Deux, non peuplée à l’exception des héros de la Terre-Deux qui y ont été transportés.
Superboy-Prime attaque Conner Kent, le Superboy de ce monde. De multiples super-équipes interviennent. Superboy-Prime tue accidentellement plusieurs héros avant que les Flashes et Kid Flash ne le forcent à entrer dans la Force Véloce, aidés par les speedsters qui s’y trouvent déjà. Jay Garrick, le seul speedster resté sur place, déclare que la Force Véloce a désormais disparu.
Se cherchant à créer un monde parfait, Alexander restaure de nombreuses Terres alternatives. Lorsque Lois de la Terre-Deux meurt finalement de vieillesse, un Kal-L lésé et le Superman post-Crisis Kal-El plus jeune se battent jusqu’à ce que Wonder Woman les sépare. Bart Allen (portant le costume de Barry Allen et vieilli à l’âge adulte) émerge de la Force Véloce, avertissant que lui et les autres speedsters n’ont pas été capables de retenir Superboy-Prime, qui revient en portant une armure inspirée d’Anti-Monitor qui stocke les radiations du soleil jaune pour lui donner du pouvoir, le rendant encore plus fort.
La force de frappe de Batman détruit Brother Eye, une IA satellite créée par Batman qui était devenue dévoyée et avait commencé à transformer les civils en robots nano-infusés orientés pour traquer et exterminer les supers. Alexander sélectionne et fusionne des Terres alternatives, essayant de créer une Terre “parfaite”, jusqu’à ce que Firestorm bloque ses efforts. Conner, Nightwing et Wonder Girl libèrent les prisonniers de la Tour. Se battant l’un contre l’autre, Conner et Superboy-Prime entrent en collision avec la tour, la détruisant. Les multiples Terres se recombinent en une “Nouvelle Terre” tandis que Conner meurt dans les bras de Wonder Girl. Power Girl arrive bientôt et demande à Kal-El ce qui est arrivé à Lois. La réponse la fait craquer, ce qui l’incite à demander à Kal-El pourquoi. Il lui répond simplement en lui disant que c’est parce qu’il a choisi le mauvais Superboy à condamner et le mauvais Superboy à tolérer.
Lorsqu’une horde de super-vilains attaque Metropolis, les héros, actuels et retraités, s’envolent à la rescousse, et ils sont rejoints par la Garde nationale. La bataille entraîne de multiples morts des deux côtés, dont plusieurs par Superboy-Prime lui-même, qui tue aussi bien les vilains que les héros. Pendant la bataille, Superboy-Prime part détruire Oa, prévoyant de faire s’effondrer l’univers dans un big bang et de le recréer avec lui comme seul super-héros. Superboy-Prime est ralenti par un mur de volonté de 300 miles d’épaisseur créé par le Green Lantern Corps, mais il tue trente-deux Green Lanterns avant que Kal-L et Kal-El ne le portent vers ce qui reste de Krypton. Il s’agit essentiellement d’un énorme nuage de kryptonite. Les Supermen font voler Superboy à travers le soleil rouge de Krypton, Rao, détruisant son armure et provoquant la diminution des pouvoirs des trois Kryptoniens. Ils tombent sur la planète sensible Mogo (et membre du Green Lantern Corps) et se battent. Kal-El finit par assommer Superboy-Prime et le Superman Kal-L, plus âgé, meurt de ses blessures dans les bras de sa cousine, Power Girl.
De retour sur Terre, Batman, qui lutte contre la mort de Superboy et les graves blessures de Nightwing subies lors de la bataille de Metropolis, envisage de tirer sur Alex. Batman en est dissuadé par Wonder Woman. Alex parvient à s’échapper.
Wonder Woman, Batman et Superman se retrouvent plus tard à Gotham City. Wonder Woman prévoit de découvrir qui elle est. Batman prévoit un voyage similaire de découverte de soi, revisitant l’entraînement de sa jeunesse, cette fois avec Dick Grayson, maintenant en meilleure santé, et avec Tim Drake qui le rejoint. Superman se retire des super-héros jusqu’au retour de ses pouvoirs.
Caché dans une ruelle de Gotham City et faisant de nouveaux plans, Alexander Luthor est retrouvé par Lex Luthor et le Joker. Le Joker mutile Alexander en pulvérisant de l’acide sur son visage, puis l’électrifie, et enfin, tue Alexander en lui tirant dessus alors que Lex se moque de lui pour avoir fait les erreurs notamment de ne pas laisser le Joker jouer dans la Société Secrète et de sous-estimer Lex.
Le Green Lantern Corps emprisonne Superboy-Prime à l’intérieur d’un Sun-Eater rouge. La série se termine avec lui se gravant un S sur la poitrine à mains nues et déclarant qu’il s’est échappé de prisons bien pires que celle-ci.