A portugál ellenőrzés megszilárdulása
Az 1880-as évekre a portugálok az északi Ibótól a déli Lourenço Marquesig a tengerparti enklávékban irányították a kereskedelmet és szedtek adót, de az ezeken a területeken kívüli események ellenőrzésére meglehetősen korlátozott volt a képességük; ez a helyzet azonban hamarosan megváltozott. Mivel a Gáza állam szomszédait időnként megrohanták, mert megtagadták az adófizetést, egyre inkább a portugálokkal kezdtek szövetkezni, amit a portugálok bátorítottak és ki is használtak. Az 1890-es években portugál csapatok és afrikai hadseregek koalíciója vonult fel az állam ellen. Amikor a gázai vezetést végül 1897-ben legyőzték, Mozambik déli része portugál ellenőrzés alá került. Két évtizeddel később a portugálok, akik addigra tucatnyi katonai hadjáratot indítottak, közvetlenül irányították a közép-mozambiki Barue-t, a Zambezi és Maganja da Costa prazos afrikai portugálokat, a matakai Yao-t, az északi Makua törzsfőnökségeket és Angoche északi parti sejkségeit.
A 19. század folyamán folytatódott az elefántcsont, az arany, a rabszolgák, a gumi, az olajos magvak és az európai áruk széles skálájának kereskedelme. Az európai gazdasági érdeklődés és befolyás a térségben azonban a század közepére gyorsan megváltozott az afrikai és az európai fejleményekre reagálva. A gyémántok (Kimberleyben az 1860-as években) és az arany (Witwatersrandban az 1880-as években) felfedezése után afrikai munkaerőre volt szükség a cukorültetvényeken, valamint a dél-afrikai kikötőkben és bányákban. A munkaerő-szükséglet miatt az európaiak eltökéltek abban, hogy az afrikai vezetés rovására nagyobb ellenőrzést szerezzenek a földterületek és azok lakói felett. Az ásványkincsekben gazdag földekhez való hozzáférésért és a megmunkálásukhoz szükséges munkaerőért folytatott együttes küzdelem táplálta az úgynevezett “kapkodást” Dél-Afrikában.
Portugália a mai Mozambiktól Angoláig terjedő területre tartott igényt. Bár a németek, akiknek területe északon Mozambikkal határos volt, elfogadták a portugál követeléseket – létrehozva Mozambik északi határát -, a régióra vonatkozó brit követelések ellentmondtak Portugália követeléseinek, ami elhúzódó tárgyalásokhoz vezetett. A portugál korona azonban súlyosan eladósodott a brit pénzembereknek, és a kis ország nem volt ellenfele Nagy-Britannia hadseregének; 1891-ben Portugália kénytelen volt elfogadni Nagy-Britannia meghatározását Mozambik nyugati és déli határairól.
Portugálnak kevés reménye volt arra, hogy egyedül fejlessze az egész régiót, ezért a megszokott gyarmati stratégiához fordult: nagy földterületeket adott bérbe magántársaságoknak. A bérelt társaságok kiváltságot kaptak az egyes területek földjeinek és népeinek kiaknázására, cserébe a mezőgazdaság, a kommunikáció, a szociális szolgáltatások és a kereskedelem fejlesztésének kötelezettségéért. A Mozambiki Társaság, a Niassa Társaság és a Zambezia Társaság mind ilyen módon jött létre az 1890-es években. Bármilyen gazdasági fejlesztés és infrastrukturális beruházás közvetlenül kapcsolódott a társaság érdekeihez, és általában afrikai költségen valósult meg. A cukor-, kopra- és szizálültetvényeket, amelyek nagyrészt a besorozott munkaerőtől függtek, valamint a Beirát a Brit Dél-Afrikai Társaság területével és a nyugatra és északnyugatra fekvő Brit Nyaszalanddal összekötő vasutakat mind az afrikai munkaerő magas költségei mellett fejlesztették és építették.
A portugál kormány végül megszüntette a nagy koncessziós társaságok chartáit, így egész Mozambik közvetlen portugál uralom alá került. Az 1890-es évek és az 1930-as évek között a portugál uralmat Mozambikban az afrikai emberek és erőforrások magánfelek általi kizsákmányolása jellemezte, akár külföldi cégek részvényesei, akár gyarmati bürokraták és telepesek voltak. A legkirívóbb gyarmati visszaélések – kényszermunka, kényszerített növénytermesztés, magas adók, alacsony bérek, a legígéretesebb földek elkobzása – attól függetlenül előfordultak, hogy az európaiak melyik csoportja volt hatalmon
.