A 18. század végén felfedezők és szőrmekereskedők a Hudson-öbölbe torkolló folyók forrásvidékére nyomultak nyugat felé Kanadában, hogy kiaknázzák a túlsó partvidék szőrmekészleteit. Egyikük, Peter Pond 1778-ban megtalálta a Portage La Loche (Methy Portage) nevű utat, amely a Churchill folyó forrásvidékét köti össze a Clearwater folyóval, amely maga is az Athabasca folyó egyik keleti parti mellékfolyója. 1789-ben Alexander Mackenzie az Athabasca-tónál lévő Fort Chipewyan kereskedőállomásról indult történelmi útjára észak felé, és három kenuban 12 fős legénységgel felfedezte a ma a nevét viselő folyó teljes hosszát.

A 19. század elején az Északnyugati Társaság más szőrmekereskedői is követték őket, akik a folyó mentén és annak forrásvidéki mellékfolyóin több helyen is állásokat létesítettek. Az 1820-as évek közepétől kezdve az ellátmányt a jellegzetes York-csónakokkal szállították, amelyek sekély merülésű, élesen szögletes farral és orral rendelkező hajók voltak. Az első gőzhajó 1884-ben kezdett el közlekedni észak felé, a Clearwater és az Athabasca folyók találkozásánál fekvő Fort McMurrayből a Slave folyón fekvő Fitzgeraldba. Ezen a ponton a Slave folyón 16 mérföldnyi zuhatag található, amely az egyetlen szünet a Fort McMurray-től a Jeges-tengerig tartó 1700 mérföldes (2740 km) sekély vizű folyami hajózásban. 1886-ban az első gőzhajó Fort Smith-től északra – az Északnyugati Területek és Alberta jelenlegi határán – kezdte meg működését, ellátmányt szállítva a Mackenzie-folyó kereskedelmi állomásokra és szőrmebálákat hozva ki. Az 1920-1940 közötti időszakban a Mackenzie folyón lapos fenekű hátsókerék-hajók közlekedtek, de 1945 után felváltották őket a több uszályt tolni képes kis dízel vontatóhajók.

J. Lewis Robinson