A Nílus 6695 km hosszúságával a világ egyik nagy folyója, amely milliókat táplál és egész civilizációknak adott életet.
A Nílus legtávolabbi forrása a Ruvyironza folyó, amely a Ruvubu és a Kagera folyókon keresztül a Viktória-tóba ömlik. A Viktória-tóba – a legnagyobb nílusi Egyenlítői-tóba – torkolló további folyók: Simiyu-Duma, Grumati-Rwana, Mara, Gucha-Migori, Sondu, Yala, Nzoia, Sio, Katonga és Ruizi.
A Fehér-Nílus az ugandai Jinjától a Viktória-tóból Viktória-Nílus néven ered, és észak felé halad, két másik Egyenlítői-tó – Kyoga és Albert – érintésével. E két tavon keresztül a Nílus a medence délnyugati és délkeleti peremén lévő két hegyvidéki és csapadékban gazdag terület (Rwenzori és Elgon-hegység) lefolyását gyűjti össze.
A folyó Albert-tóból Albert-Nílus néven bukkan fel újra, és észak felé halad Nimule-ig a dél-szudáni-ugandai határ közelében. Innen a folyó, amely ma Bahr el Jebel (jelentése: a hegyek folyója) néven ismert, átfolyik a Fula-zuhatagokon és a Sudd-on, mielőtt a Bahr el Ghazal (jelentése: a gazellák folyója) tónál találkozik a No-tóval. A Bahr el Ghazal Dél-Szudán nyugati, nagy csapadékú területeit vezeti le. A No-tótól a folyó kelet felé fordul, hogy egyesüljön a Sobat-folyóval, amely az Etióp-fennsíkról származó magas, szezonálisan változó vízhozamokat szállít.
A Bahr el Jebel és a Sobat folyók együttesen alkotják a Fehér-Nílust, amely észak felé halad tovább, és Khartoumnál (Szudán) találkozik a Kék-Nílussal. A Kék-Nílus (más néven Abbai vagy Abay) az etiópiai Tana-tóból ered, és a Nílus második fő folyama. Mielőtt találkozik a Fehér-Nílussal, a Kék-Nílushoz számos folyó csatlakozik, a legfontosabbak a Rahad és a Dinder, amelyek mindketten az etiópiai felföldről erednek. Kartúmtól a Nílus egyesített folyói észak felé áramlanak, és hozzájuk csatlakozik az Atbara (Tekezze), amely szintén az etiópiai felföldről ered. A Fő-Nílus észak felé halad tovább, és a Nasszer/Núbiai-tóba ömlik, amely a Szudán és Egyiptom határán lévő, mesterséges víztározó, és évközi szabályozást biztosít Egyiptom számára. A Nílus végül a deltáján keresztül a Földközi-tengerbe ömlik.