Este adta nevét az Este kultúrának, egy proto-történeti kultúrának, amely a késő itáliai bronzkortól (i. e. 10/9. század, proto-venetói szakasz) a római korig (i. e. 1. század) létezett, és amely a mai Veneto területén helyezkedett el.
Giovanni Battista Tiepolo, Este városát a pestistől felszabadító Szent Thecla, 1758-59, a Santa Tecla templomban
A vaskorban Este a venetiek egyik fontos központja volt, akik számos feliratot hagytak hátra síremlékeken és votív tárgyakon.
A Kr. e. 3. század végén Este békésen Róma uralma alá került, és Ateste néven római gyarmattá vált. Amikor i. e. 49-ben Észak-Itália nagy része megkapta a római polgárjogot, Este polgárait beírták a római Romilia törzsbe. Az actiumi csata után Augustus császár a Legio V Alaudae és a Legio XI Claudia katonáit telepítette Este területére, amely Galzignano Terme, Teolo, Lonigo, Noventa Vicentina, Trecenta, Pernumia, Monselice és Cinto Euganeo területét foglalta magában.
A késő ókorban Este a barbár inváziók, különösen Attila támadásai miatt elpusztult és faluvá alacsonyodott. Csak a 10. század után támadt fel újra, amikor II. d’Este Azzo várat épített ott, és elnevezte magát és családját, megalapítva az Este-házat. Az Este-ház 1240-ig tartotta a várost, amikor is fővárosát Ferrarába tette át. Este eközben kétszer is elfoglalta Ezzelino da Romano III, 1238-ban és 1249-ben. A 14. században a Scaligeri, a Carraresi és a Visconti vitatta, mígnem 1405-ben spontán megadta magát Velencének.
A Velencei Köztársaság alatt Este a gazdasági növekedés időszakát élte át, amelyet csak az 1630-as pestisjárvány szakított meg.
A köztársaság 1797-es bukása és a napóleoni háborúk után a város az egész Veneto régióval együtt az Osztrák Birodalom része lett, míg az 1866-os harmadik függetlenségi háború következtében az Olasz Királysághoz csatolták.