Mivel a PDB nyilvánosságra hozza az adatokat, az adatokat számos más fehérjeszerkezeti adatbázisban is felhasználták.

A fehérjeszerkezeti adatbázisok példái a következők (ábécésorrendben);

Database of Macromolecular Movements a fehérjékben és más makromolekulákban előforduló mozgásokat írja le, különösen filmek felhasználásával Dynameomics a molekuladinamikai szimulációk és elemzések adattárháza az összes ismert fehérje fold családot képviselő fehérjékről JenaLib a Jena Library of Biological Macromolecules célja a háromdimenziós biopolimer szerkezetekre vonatkozó információk jobb terjesztése a vizualizáció és elemzés hangsúlyozásával. ModBase összehasonlító modellezéssel számított háromdimenziós fehérjemodellek adatbázisa OCA egy böngésző-adatbázis a fehérjék szerkezetéhez/funkciójához – Az OCA integrálja a KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt és másokból származó információkat. Az OPM a fehérjék háromdimenziós szerkezetének térbeli helyzetét adja meg a lipid kettősréteghez viszonyítva. PDB Lite az OCA-ból származik, a PDB Lite azért készült, hogy a lehető legegyszerűbbé tegye egy makromolekula megtalálását és megtekintését a PDB-ben A PDBsum áttekintést nyújt a PDB-ben található makromolekuláris szerkezetekről, sematikus ábrákat adva az egyes szerkezetekben lévő molekulákról és a köztük lévő kölcsönhatásokról PDBTM the Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – a PDB egy válogatása. PDBWiki a biológiai molekulaszerkezetek közösségi annotált tudásbázisa ProtCID A Protein Common Interface Database (ProtCID) a homológ fehérjék kristályszerkezeteiben található hasonló fehérje-fehérje interfészek adatbázisa. Protein az NIH fehérje adatbázisa, több forrásból származó szekvenciák gyűjteménye, beleértve a GenBank, RefSeq és Third Party Annotation annotált kódoló régiók fordításait, valamint a SwissProt, PIR, PRF és PDB rekordjait Proteopedia a fehérjék és más molekulák közösségi, 3D-s enciklopédiája. Egy wiki, amely a PDB minden egyes bejegyzéséhez (>100 000 oldal) tartalmaz egy oldalt, Jmol nézettel, amely kiemeli a funkcionális helyeket és ligandumokat. Könnyen használható jelenet-szerző eszközt kínál, így nem kell megtanulnia a Jmol szkriptnyelvet az egyedi molekuláris jelenetek létrehozásához. Az egyéni jelenetek könnyen csatolhatók “zöld linkekhez” a leíró szövegben, amelyek ezeket a jeleneteket a Jmolban jelenítik meg. ProteinLounge egy fehérje adatbázis, amely magában foglalja a fehérjék szerkezetének vizuális megjelenítését. Továbbá tartalmazza a fehérje útvonalakat és génszekvenciákat, beleértve más eszközöket is. SCOP the Structural Classification of Proteins egy részletes és átfogó leírás a szerkezeti és evolúciós kapcsolatokról minden olyan fehérje között, amelynek a szerkezete ismert. SWISS-MODEL Repository homológiamodellezéssel számított, annotált fehérjemodellek adatbázisa TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – a fehérjék háromdimenziós szerkezetével kapcsolatos információk gyűjtésére, megosztására és terjesztésére létrehozott wiki.