A történet a négy felvezető limitált sorozat után kezdődik: Superman, Wonder Woman és Batman viszálykodnak, a JLA őrtornya elpusztult, és a világ hősei mindannyian különféle fenyegetésekkel néznek szembe. Ennek hátterében Kal-L (a Föld-kettes Superman), valamint a Föld-kettes Lois Lane, a Föld-hármas Alexander Luthor és Superboy-Prime megszökik abból a zsebuniverzumból, ahová eredetileg a Crisis on Infinite Earths végén menekültek. Kal-L felkeresi unokatestvérét, Power Girlt, aki szintén a Föld-Kettő túlélője. Mivel úgy véli, hogy Lois egészsége javulni fog a szülővilágán, reméli, hogy a jelenlegi Földet felcserélheti a Föld-Kettővel, amelyet tökéletesnek tart.
Kal-L megpróbálja megnyerni Batman támogatását, azt állítva, hogy a Krízis utáni Föld eredendően “rossz” természete okozta Batman legutóbbi bizalmatlanságát és ellenségességét. Batman visszautasítja, és megpróbálja használni a kriptonit gyűrűjét. Ez kudarcot vall, mivel a kriptonit nem Kal-L univerzumában honos, és Superman elpusztítja azt a hőlátásával. Ezután Batman megtudja, hogy Superboy-Prime elpusztította a JLA őrtornyát.
Alexander elárulja Power Girlnek, hogy ő és Superboy-Prime már egy ideje elhagyják a “paradicsomukat”, és manipulálják az eseményeket, hogy segítsenek létrehozni egy dimenziók közötti hangvillát. Az Anti-Monitor maradványait és az elfogott, kifejezetten az előző univerzumokra hangolt hősöket és gonosztevőket (köztük Power Girl-t, miután Superboy-Prime kiüti) felhasználva Alex visszaállítja a Föld-Kettőt, amely az oda szállított Föld-Kettő hősök kivételével lakatlan.
Superboy-Prime megtámadja Conner Kentet, ennek a világnak a Superboyát. Több szupercsapat is beavatkozik. Superboy-Prime véletlenül megöl több hőst, mielőtt a Flashes és Kid Flash a Speed Force-ba kényszerítik, a már benne lévő speedsterek segítségével. Jay Garrick, az egyetlen hátramaradt speedster azt mondja, hogy a Speed Force már nincs többé.
A tökéletes világ megteremtésére törekedve Alexander számos alternatív Földet állít helyre. Amikor a Föld-Kettő Lois végül öregségben meghal, a sértődött Kal-L és a fiatalabb poszt-krízis Superman Kal-El addig harcolnak, amíg Wonder Woman szét nem választja őket. Bart Allen (Barry Allen jelmezét viselve és felnőtté öregedve) felbukkan a Speed Force-ból, figyelmeztetve, hogy ő és a többi speedster nem tudták feltartóztatni Superboy-Prime-ot, aki Anti-Monitor ihlette páncélt viselve tér vissza, amely a sárga napsugárzást tárolja, hogy megerősítse őt, és még erősebbé tegye.
Batman csapásmérő csapata elpusztítja Brother Eye-t, egy Batman által létrehozott műholdas AI-t, amely elszabadult és elkezdte a civileket nano-fertőzött robotokká alakítani, akiket a szuperek levadászására és kiirtására terveztek. Alexander alternatív Földeket választ ki és egyesít, megpróbál létrehozni egy “tökéletes” Földet, amíg Firestorm meg nem akadályozza erőfeszítéseit. Conner, Nightwing és Wonder Girl kiszabadítják a Torony foglyait. Egymás ellen harcolva Conner és Superboy-Prime összeütközik a toronnyal, elpusztítva azt. A több Föld újra egyesül egy “Új Földdé”, miközben Conner Wonder Girl karjaiban meghal. Power Girl hamarosan megérkezik, és megkérdezi Kal-Elt, mi történt Loissal. A válasz hatására összeomlik, ami arra készteti, hogy megkérdezze Kal-L-t, miért. A férfi egyszerűen válaszol neki, elmondva, hogy azért történt, mert rossz Superboy-t választott, hogy elítélje, és rossz Superboy-t, hogy elnézze.
Amikor egy horda szupergonosz megtámadja Metropolist, a hősök, jelenlegi és visszavonult hősök, a mentésre repülnek, és csatlakozik hozzájuk a Nemzeti Gárda. A csata mindkét oldalon több halálos áldozatot követel, köztük sokakat maga Superboy-Prime is, aki gonosztevőket és hősöket egyaránt megöl. A csata során Superboy-Prime elindul, hogy elpusztítsa Oa-t. Azt tervezi, hogy egy ősrobbanással összeomlasztja az Univerzumot, és újjáteremti azt, ahol ő lesz az egyetlen szuperhős. Superboy-Prime-ot a Zöld Lámpások Testülete által létrehozott 300 mérföld vastag akaraterő fal lassítja le, de harminckét Zöld Lámpást megöl, mielőtt Kal-L és Kal-El a Kripton megmaradt része felé viszi. Ez lényegében egy hatalmas kriptonitfelhő. A szupermenek átrepítik Superboy-t a Kripton vörös napján, Rao-n, ami tönkreteszi a páncélját, és mindhárom kriptoni ereje csökken. Az érző bolygóra (és a Zöld Lámpás Testület tagjára), Mogóra zuhanva harcolnak. Kal-El végül kiüti Superboy-Prime-ot, és az idősebb Superman Kal-L belehal sérüléseibe unokatestvére, Power Girl karjaiban.
A Földön Batman, aki Superboy halálával és Nightwingnek a metropolisi csatában szerzett súlyos sérüléseivel küzd, azt fontolgatja, hogy lelövi Alexet. Batmant Wonder Woman lebeszéli erről. Alexnek sikerül elmenekülnie.
Wonder Woman, Batman és Superman később Gotham Cityben találkoznak. Wonder Woman azt tervezi, hogy kideríti, ki ő. Batman hasonló önfelfedező utazást tervez, újra felkeresi fiatalkori kiképzését, ezúttal az immár egészségesebb Dick Graysonnal és Tim Drake-kel, aki csatlakozik hozzá. Superman visszavonul a szuperhősködéstől, amíg az ereje vissza nem tér.
Gotham City egyik sikátorában rejtőzködve és új terveket szőve Alexander Luthorra Lex Luthor és a Joker talál rá. A Joker megcsonkítja Alexandert azzal, hogy savat spriccel az arcára, majd elektrifikálja, és végül megöli Alexandert azzal, hogy lelövi, miközben Lex kigúnyolja őt, amiért elkövette a hibákat, beleértve azt is, hogy nem engedte a Jokert játszani a Titkos Társaságban, és alábecsülte Lexet.
A Zöld Lámpás Testület bebörtönzi Superboy-Prime-ot egy vörös Napfaló belsejébe. A sorozat azzal ér véget, hogy puszta kézzel egy S betűt vés a mellkasába, és kijelenti, hogy ennél rosszabb börtönökből is megszökött már.