Az egyetem nevét a 19. századi marylandi filantróp Johns Hopkinsról kapta, egy kvéker gyökerekkel rendelkező vállalkozóról, aki hitt a közegészségügy és az oktatás javításában Baltimore-ban és azon túl.

A korábban elfogadott beszámolók Johns Hopkinst korai abolicionistaként ábrázolják, akinek apja az 1800-as évek elején felszabadította a család rabszolgasorban élő embereit, de a nemrég felfedezett feljegyzések erős bizonyítékokkal szolgálnak arra, hogy Johns Hopkins legalább az 1800-as évek közepéig rabszolgákat tartott otthonában. További információk az egyetem e történelemmel kapcsolatos vizsgálatáról a Hopkins Retrospektív weboldalon találhatók.

A 11 gyermek közül az egyik Hopkins úr a nagykereskedelemben és a feltörekvő iparágakba való befektetéssel szerezte vagyonát, nevezetesen a Baltimore és Ohio vasútvonalba, amelynek 1847-ben igazgatója lett. Végrendeletében 7 millió dollárt különített el egy kórház és a hozzá kapcsolódó tanintézetek, egy árvaház és egy egyetem létrehozására. Abban az időben ez volt a legnagyobb emberbaráti hagyaték az Egyesült Államok történetében.

A Johns Hopkins Egyetem 1876-ban nyílt meg az első elnök, Daniel Coit Gilman beiktatásával. Ő irányította az egyetem és más intézmények, köztük az egyetemi sajtó, a kórház, valamint az ápolási és orvosi iskolák megnyitását. A homewoodi campus eredeti egyetemi épületét, a Gilman Hallt az ő tiszteletére nevezték el.

“Egyszerű célunk, hogy tudósokat neveljünk, erőseket, okosokat, hasznosakat és igazakat” – mondta Gilman beiktatási beszédében.

Beszédében meghatározta az amerikai kutatóegyetem modelljét, amelyet ma már világszerte követnek. Az akkor leírt küldetés ma is az egyetem küldetése:

Hallgatóinak oktatása és az egész életen át tartó tanulásra való képességük ápolása, a független és eredeti kutatás elősegítése, valamint a felfedezések előnyeinek eljuttatása a világhoz.

Egyszerű, de erőteljes megfogalmazásban összefoglalva Gilman saját szavait: “Tudás a világért.”