Perché il PDB rilascia i dati nel pubblico dominio, i dati sono stati usati in vari altri database di struttura proteica.

Esempi di database di strutture proteiche includono (in ordine alfabetico);

Database of Macromolecular Movements descrive i movimenti che si verificano nelle proteine e altre macromolecole, in particolare utilizzando film Dynameomics un magazzino di dati di simulazioni di dinamica molecolare e analisi di proteine che rappresentano tutte le famiglie conosciute di pieghe proteiche JenaLib la Jena Library of Biological Macromolecules è volta a una migliore diffusione delle informazioni sulle strutture tridimensionali dei biopolimeri con particolare attenzione alla visualizzazione e analisi. ModBase un database di modelli proteici tridimensionali calcolati tramite modellazione comparativa OCA un browser-database per la struttura/funzione delle proteine – L’OCA integra informazioni da KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt, e altri. OPM fornisce le posizioni spaziali delle strutture tridimensionali delle proteine rispetto al bilayer lipidico. PDB Lite derivato da OCA, PDB Lite è stato fornito per rendere il più facile possibile trovare e visualizzare una macromolecola all’interno del PDB PDBsum fornisce una panoramica delle strutture macromolecolari nel PDB, dando diagrammi schematici delle molecole in ogni struttura e delle interazioni tra loro PDBTM la Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – una selezione del PDB. PDBWiki una base di conoscenza commentata dalla comunità di strutture molecolari biologiche ProtCID Il Protein Common Interface Database (ProtCID) è un database di interfacce proteiche simili nelle strutture cristalline di proteine omologhe. Protein il database delle proteine NIH, una collezione di sequenze da diverse fonti, comprese le traduzioni da regioni codificanti annotate in GenBank, RefSeq e Third Party Annotation, così come i record da SwissProt, PIR, PRF, e PDB Proteopedia l’enciclopedia collaborativa, 3D di proteine e altre molecole. Un wiki che contiene una pagina per ogni voce nel PDB (>100.000 pagine), con una vista Jmol che evidenzia siti funzionali e ligandi. Offre uno strumento di creazione di scene facile da usare in modo da non dover imparare il linguaggio di script Jmol per creare scene molecolari personalizzate. Le scene personalizzate sono facilmente collegate a “link verdi” in testo descrittivo che mostrano quelle scene in Jmol. ProteinLounge un database di proteine che include immagini della struttura delle proteine. Inoltre, include percorsi proteici e sequenze di geni e altri strumenti. SCOP the Structural Classification of Proteins una descrizione dettagliata e completa delle relazioni strutturali ed evolutive tra tutte le proteine di cui si conosce la struttura. SWISS-MODEL Repository un database di modelli proteici annotati calcolati tramite modellazione omologica TOPSAN l’Open Protein Structure Annotation Network – un wiki progettato per raccogliere, condividere e distribuire informazioni sulle strutture tridimensionali delle proteine.