Este aveva dato il suo nome alla cultura estense, una cultura protostorica esistente dalla tarda età del bronzo italiana (10°/9° secolo a.C., fase proto-veneta) al periodo romano (1° secolo a.C.) e che era situata nell’attuale territorio del Veneto.

Durante l’età del ferro Este fu un importante centro dei Veneti che lasciarono numerose iscrizioni su oggetti funerari e votivi.

Durante la fine del III secolo a.C., Este cadde pacificamente sotto il dominio di Roma e divenne una colonia romana con il nome di Ateste. Quando a gran parte dell’Italia settentrionale fu concessa la cittadinanza romana nel 49 a.C., i cittadini di Este furono inscritti nella tribù romana di Romilia. In seguito alla battaglia di Azio, l’imperatore Augusto insediò i soldati della Legio V Alaudae e della Legio XI Claudia nel territorio di Este che comprendeva Galzignano Terme, Teolo, Lonigo, Noventa Vicentina, Trecenta, Pernumia, Monselice e Cinto Euganeo.

Nella tarda antichità, Este fu devastata e ridotta ad un villaggio rurale a causa delle invasioni barbariche, soprattutto quella di Attila. Sorse di nuovo solo dopo il X secolo, quando Azzo II d’Este vi costruì un castello e vi diede il suo nome e la sua famiglia, istituendo la Casa d’Este. La Casa d’Este avrebbe tenuto la città fino al 1240, quando spostò la sua capitale a Ferrara. Este, nel frattempo, fu conquistata due volte da Ezzelino da Romano III, nel 1238 e nel 1249. Fu contesa nel corso del XIV secolo dagli Scaligeri, dai Carraresi e dai Visconti, finché non si arrese spontaneamente a Venezia nel 1405.

Sotto la Repubblica di Venezia, Este attraversò un periodo di crescita economica, interrotto solo dalla peste del 1630.

Dopo la caduta della Repubblica nel 1797 e le guerre napoleoniche, la città, con tutto il Veneto, entrò a far parte dell’Impero austriaco, fino all’annessione al Regno d’Italia in seguito alla terza guerra d’indipendenza del 1866.