La storia inizia sulla scia delle quattro serie limitate di testa, con Superman, Wonder Woman e Batman che litigano, la torre di guardia della JLA distrutta e gli eroi del mondo che affrontano una varietà di minacce. Su questo sfondo, Kal-L (il Superman della Terra-Due), insieme a Lois Lane della Terra-Due, Alexander Luthor della Terra-Tre e Superboy-Prime fuggono dall’universo tasca in cui erano inizialmente fuggiti alla fine di Crisi sulle Terre Infinite. Kal-L cerca sua cugina, Power Girl, anche lei sopravvissuta di Terra-Due. Credendo che la salute di Lois migliorerà sul suo mondo natale, spera di sostituire la Terra attuale con Terra-Due, che considera perfetta.
Kal-L cerca di ottenere il supporto di Batman, affermando che la natura intrinsecamente “cattiva” della Terra Post-Crisi ha causato la recente diffidenza e ostilità di Batman. Batman rifiuta e cerca di usare il suo anello di kryptonite. Questo fallisce perché la Kryptonite non è nativa dell’universo di Kal-L, e Superman la distrugge con la sua visione termica. In seguito, Batman viene a sapere che Superboy-Prime ha distrutto la torre di guardia della JLA.
Alexander rivela a Power Girl che lui e Superboy-Prime avevano lasciato il loro “paradiso” da qualche tempo, manipolando gli eventi per contribuire a creare un diapason interdimensionale. Usando i resti dell’Anti-Monitor e gli eroi e i cattivi catturati e specificamente sintonizzati con gli universi precedenti (Power Girl tra loro dopo che Superboy-Prime la mette al tappeto), Alex ripristina Terra-Due, disabitata tranne che per gli eroi di Terra-Due trasportati lì.
Superboy-Prime attacca Conner Kent, il Superboy di questo mondo. Molteplici super-squadre intervengono. Superboy-Prime uccide accidentalmente diversi eroi prima che i Flashes e Kid Flash lo costringano ad entrare nella Forza della Velocità, assistiti dagli speedster già presenti al suo interno. Jay Garrick, l’unico speedster rimasto, dice che la Forza della Velocità è ormai scomparsa.
Cercando di creare un mondo perfetto, Alexander ripristina molte Terre alternative. Quando Terra-Due Lois finalmente muore di vecchiaia, un Kal-L arrabbiato e il più giovane Superman della Post-Crisi Kal-El combattono fino a quando Wonder Woman li separa. Bart Allen (che indossa il costume di Barry Allen ed è invecchiato fino all’età adulta) emerge dalla Forza della Velocità, avvertendo che lui e gli altri velocisti non sono stati in grado di trattenere Superboy-Prime, che ritorna indossando un’armatura ispirata all’Anti-Monitor che immagazzina le radiazioni del sole giallo per potenziarlo, rendendolo ancora più forte.
La forza d’attacco di Batman distrugge Brother Eye, un satellite AI creato da Batman che si era ribellato e aveva iniziato a trasformare i civili in robot nano-infusi orientati a dare la caccia e sterminare i supers. Alexander seleziona e fonde le Terre alternative, cercando di creare una Terra “perfetta”, finché Firestorm non blocca i suoi sforzi. Conner, Nightwing e Wonder Girl liberano i prigionieri della Torre. Combattendo tra loro, Conner e Superboy-Prime si scontrano con la torre, distruggendola. Le molteplici Terre si ricombinano in una “Nuova Terra” mentre Conner muore tra le braccia di Wonder Girl. Power Girl arriva presto e chiede a Kal-El cosa sia successo a Lois. La risposta la fa crollare spingendola a chiedere a Kal-L il perché. Lui le risponde semplicemente, dicendole che è stato perché ha scelto il Superboy sbagliato da condannare e il Superboy sbagliato da perdonare.
Quando un’orda di supercriminali attacca Metropolis, gli eroi, attuali e in pensione, volano in soccorso, e vengono raggiunti dalla Guardia Nazionale. La battaglia provoca numerose morti da entrambe le parti, comprese quelle dello stesso Superboy-Prime, che uccide sia i cattivi che gli eroi. Durante la battaglia, Superboy-Prime parte per distruggere Oa, progettando di far collassare l’universo in un evento big bang, e ricrearlo con se stesso come unico supereroe. Superboy-Prime è rallentato da un muro di 300 miglia di forza di volontà creato dal Corpo delle Lanterne Verdi, ma uccide trentadue Lanterne Verdi prima che Kal-L e Kal-El lo portino verso ciò che resta di Krypton. Si tratta essenzialmente di un’enorme nuvola di kryptonite. I Supermen fanno volare Superboy attraverso il sole rosso di Krypton, Rao, distruggendo la sua armatura e facendo diminuire i poteri di tutti e tre i Kryptoniani. Cadendo sul pianeta senziente (e membro del Corpo delle Lanterne Verdi) Mogo, combattono. Kal-El finalmente mette al tappeto Superboy-Prime e il vecchio Superman Kal-L muore per le sue ferite tra le braccia di sua cugina, Power Girl.
Di nuovo sulla Terra, Batman, alle prese con la morte di Superboy e le gravi ferite riportate da Nightwing durante la battaglia di Metropolis, medita di sparare ad Alex. Batman viene dissuaso da Wonder Woman. Alex riesce a fuggire.
Wonder Woman, Batman e Superman si incontrano più tardi a Gotham City. Wonder Woman progetta di scoprire chi è. Batman progetta un simile viaggio alla scoperta di se stesso, rivisitando l’allenamento della sua giovinezza, questa volta con Dick Grayson, ora più sano, e con Tim Drake che si unisce a lui. Superman si ritira dai supereroi fino al ritorno dei suoi poteri.
Nascosto in un vicolo di Gotham City e facendo nuovi piani, Alexander Luthor viene trovato da Lex Luthor e dal Joker. Il Joker mutila Alexander spruzzando dell’acido sulla sua faccia, poi lo elettrizza, e infine, uccide Alexander sparandogli mentre Lex lo deride per aver commesso gli errori tra cui quello di non far giocare il Joker nella Società Segreta e sottovalutare Lex.
Il Corpo delle Lanterne Verdi imprigiona Superboy-Prime dentro un Mangia-Sole rosso. La serie termina con lui che si incide una S sul petto a mani nude e dichiara di essere fuggito da prigioni peggiori di questa.