Le montagne Khangai sono la più grande delle tre catene montuose principali. Si estende per 800 chilometri da ovest a est. Il paesaggio dei Monti Khangai è diverso da quello dei Monti Altai. Mentre le alte scogliere rocciose e i profondi bacini sono dominanti sia nel Mongol Altai che nel Gobi Altai, la catena montuosa di Khangai è caratterizzata da ampie montagne a forma di cupola, coperte di erba e alberi. L’area comprende diverse zone naturali tra cui la zona di montagna e steppa, la taiga siberiana e la foresta. Il suolo fertile e i numerosi fiumi, torrenti e laghi supportano una varietà di piante e l’habitat della zona per una vasta gamma di specie animali.
Il grande divario, che separa le acque che sfociano negli oceani e nei bacini interni, corre lungo la cresta delle montagne Khangai. Il più grande fiume della Mongolia, il Selenge con il suo principale affluente, l’Orkhon, drena verso nord il confine russo e il lago Baikal. I fiumi che scorrono lungo la cresta dei monti Khangai sono veloci e le rapide dei fiumi danno luogo a pittoresche cascate come la cascata Orkhon con un’altezza di 20 metri, localmente conosciuta come Ulaan Tsutgalan.
Il terzo blocco di montagne è la catena montuosa Khentii, più piccola e più bassa della catena Altai e Khangai. La catena montuosa Khentii parte da appena ad est di Ulaanbaatar e si estende fino alle grandi pianure orientali. Ci sono diverse cime che si innalzano sopra i 2500 metri sul livello del mare, e la più alta è Asralt Khairkhan che conserva antiche tracce glaciali della montagna. Le montagne Khentii sono coperte da foreste, zone umide, tundra alpina e campi di neve e ghiaccio permanenti; il nucleo di questa remota area selvaggia è totalmente disabitato.