Atto I
Il musical si apre con l’ensemble che fa un riassunto dell’infanzia di Alexander Hamilton a metà del XVIII secolo, prima della rivoluzione americana. Diversi membri del cast descrivono come una serie di disgrazie abbia portato Hamilton sulla strada della fama. Dopo che un uragano distrusse la sua isola, sua madre morì e suo padre lo abbandonò, Hamilton scrisse della sua esperienza traumatica. Impressionato dalla sua facilità di linguaggio, la gente della sua isola raccolse denaro per mandarlo in America a ricevere un’educazione. Dopo aver messo il pubblico al corrente di questa esposizione, inizia l’opera vera e propria.
Arrivato a New York, il giovane ambizioso Hamilton cerca Aaron Burr e gli chiede consiglio per ottenere un corso di studi accelerato come ha fatto Burr. Burr consiglia a Hamilton di non parlare così tanto, ma Hamilton insiste che parla così tanto perché ha opinioni appassionate. I due personaggi sono stabiliti come contrapposti l’uno all’altro; dove Hamilton è sfacciato, schietto e pieno di opinioni, Burr è attento, strategico e con meno principi. Quando i due nuovi conoscenti vanno in un bar, incontrano John Laurens, Hercules Mulligan e il Marchese de Lafayette. Tutti, tranne Burr, sono eccitati per l’imminente Rivoluzione Americana, esultando, “alzate il bicchiere alla libertà.”
Poi ci vengono presentate le sorelle Schuyler, che vagano per il centro di New York City godendosi l’eccitazione delle mutevoli maree sociali. Aaron Burr ci prova con Angelica, ma lei lo respinge. Lei poi dichiara di aver letto Common Sense di Thomas Paine, e di essere alla ricerca di una “rivelazione”, esprimendo un desiderio di uguaglianza femminile.
Incontriamo il lealista Samuel Seabury, un contadino che sta condannando il Congresso Continentale rivoluzionario (e tutti i patrioti in generale). Quando incontra il contadino, Hamilton critica le condanne di Seabury. Un messaggio di Re Giorgio arriva in America, avvertendo i coloni che il re farà tutto il necessario per tenere le colonie sotto il suo controllo. Il re invia il generale Howe e 30.000 truppe nel porto di New York, sfidando il desiderio di indipendenza dei coloni americani.
Poi ci viene presentato il generale George Washington, che riconosce che i coloni sono in grave svantaggio rispetto alle truppe inglesi. È frustrato dal fatto che le truppe ribelli continuano a ritirarsi. Quando Hamilton ruba i cannoni delle truppe inglesi, dimostrando che è disposto a correre dei rischi e a infrangere le regole per il bene dell’America, conquista il favore di Washington. Nel frattempo, Aaron Burr si presenta a Washington, offrendo assistenza e consigli, ma finisce per offendere Washington criticando lo stato attuale delle truppe coloniali. Washington chiede a Hamilton di aiutarlo con i piani di guerra, e Hamilton recluta John Laurens, Hercules Mulligan e Lafayette per aiutare la ribellione. Mulligan viene messo dalla parte degli inglesi come spia e scrive al Congresso per convincerli a inviare rifornimenti. Vuole usare un elemento di sorpresa per sconfiggere gli inglesi.
Qualche tempo dopo, Aaron Burr e Alexander Hamilton sono a un ballo invernale, e Burr dice a Hamilton che se sposerà una sorella Schuyler diventerà ricco. Eliza Schuyler vede Hamilton e se ne innamora a prima vista. Lei dice a sua sorella, Angelica, che Hamilton è quello giusto, così Angelica li presenta. Alexander ed Eliza si scrivono lettere d’amore per le due settimane successive, e poi si fidanzano.
Il giorno del matrimonio, Angelica rivela al pubblico che anche lei è innamorata di Alexander, ma lo ha dato a Eliza perché era povero e ci si aspettava che lei si sposasse con un ricco, e perché sapeva che Eliza era innamorata di lui. Mentre gli amici di Hamilton si congratulano con Hamilton per il suo matrimonio, chiedono a Burr di una donna che ha “sul lato”. Burr ammette di amare una donna di nome Theodosia, che è sposata con un ufficiale britannico. Hamilton gli dice di andarle dietro, ma Burr dice che è “disposto ad aspettare”. Burr paragona la sua vita a quella di Hamilton, notando che “Hamilton affronta una salita senza fine” e lui “non perde tempo”, ma Burr aspetterà di vedere qual è il suo scopo prima di agire.
Più tardi, le truppe americane sono pericolosamente a corto di provviste. Washington pianifica un attacco notturno a sorpresa contro gli inglesi, sperando in un aiuto da parte dei francesi. Washington nomina Charles Lee secondo in comando, ma Lee si dimostra incapace di guidare un esercito. Quando Lee critica Washington, Laurens sfida Lee a duello, anche se Washington lo ha proibito. Nel duello, Laurens spara a Lee nel fianco, così Lee si arrende. Washington è arrabbiato con Hamilton, che ha agito come numero due di Laurens. Quando Hamilton insiste che dovrebbe essere al comando di un battaglione, Washington non è d’accordo, dicendo che è troppo rischioso e che ha bisogno di Hamilton per rimanere vivo, mandandolo a casa.
Quando Hamilton arriva a casa, Eliza gli dice che è incinta e che ha scritto a Washington, chiedendogli di mandare Hamilton a casa. Nel frattempo, Lafayette si assicura un aiuto dalla Francia, assicurando che i coloni saranno in grado di sconfiggere gli inglesi a Yorktown. Washington invita Hamilton a tornare e gli offre una posizione di comando.
1781-La battaglia di Yorktown. Hamilton, preoccupato dalla possibilità di un colpo di pistola vagante e accidentale, ordina ai suoi uomini di rimuovere i proiettili dalle loro pistole mentre fanno un attacco a sorpresa. Dopo una settimana di combattimenti, gli inglesi si arrendono. Re Giorgio torna sul palco per riprendere i suoi avvertimenti, e sfida l’America: “Cosa viene dopo? Dice loro che non sanno guidare o essere indipendenti.
Aaron Burr, che ha sposato la donna con cui aveva una relazione dopo la morte del marito, incontra il suo primo e unico figlio, una figlia di nome Theodosia. Contemporaneamente, Hamilton incontra suo figlio, Philip. I due nuovi genitori hanno la stessa speranza di poter costruire un paese in cui il loro rispettivo figlio possa “diventare maggiorenne”. Entrambi tornano a New York per studiare legge, ma Hamilton progredisce molto di più e più velocemente di Burr, diventando un avvocato e lavorando al primo processo per omicidio nell’America indipendente. Dato il suo talento, Hamilton viene scelto per partecipare alla Convenzione Costituzionale, un gruppo incaricato di formare il quadro giuridico della nuova nazione. Si presenta a casa di Burr nel cuore della notte, chiedendo se aiuterà a difendere la nuova costituzione, ammettendo che Burr è un avvocato migliore di lui. Quando Burr si rifiuta di aiutare a scrivere i Federalist Papers, Alexander lo chiama fuori per non aver mai avuto opinioni e per essersi sempre messo da parte. Più tardi, Hamilton recluta John Jay e James Madison per aiutare a scrivere i documenti. Washington chiede a Hamilton di dirigere il Dipartimento del Tesoro Nazionale. Angelica dice ad Alexander che ha sposato un uomo ricco, e sta passando del tempo con lui a Londra per un po’.
Atto II
Incontriamo Thomas Jefferson, che è stato ambasciatore in Francia, all’estero per la durata della guerra. Torna alla sua casa di Monticello, una piantagione in Virginia. Washington gli ha chiesto di diventare Segretario di Stato, e al suo ritorno è già approvato dal Senato. Va a New York City, dove James Madison gli chiede di aiutarlo a fermare il piano finanziario di Hamilton, che, secondo lui, consentirebbe un eccessivo controllo del governo. Hamilton vuole che il governo federale “assuma i debiti degli stati e stabilisca una banca nazionale”. Jefferson e Hamilton discutono il piano. Jefferson sostiene che poiché alcuni stati, come la Virginia, hanno già pagato i loro debiti di guerra, non dovrebbero pagare anche per i debiti degli altri stati. Fa anche notare che, poiché l’America è appena sfuggita a un governo con troppe tasse, non ha senso che si vogliano istituire tasse federali in America. Hamilton risponde che assumere i debiti renderebbe l’America più ricca nel lungo periodo, e poi condanna Jefferson per aver sostenuto il lavoro degli schiavi nel Sud. Washington dice a Hamilton che deve trovare un compromesso e ottenere più approvazione dal Congresso, o molto probabilmente gli verrà chiesto di lasciare il gabinetto di Washington.
Eliza implora Hamilton di prendersi una pausa dal lavoro. Lei e Angelica stanno andando a nord per l’estate e vogliono che lui si unisca a loro, ma Hamilton insiste che non può andare in vacanza con loro perché ha bisogno di far passare il suo piano al Congresso.
Quando Eliza e Angelica sono via per l’estate, Hamilton incontra Maria Reynolds, che chiede aiuto a Hamilton, affermando di essere maltrattata da suo marito, James Reynolds. Alexander le presta del denaro e la accompagna a casa. Quando lei si offre a Hamilton, i due iniziano una relazione che dura un mese. Poco dopo, Hamilton riceve una lettera dal marito di Maria che lo ricatta. Hamilton paga James Reynolds per non dire a nessuno (specialmente a Eliza) della relazione.
In seguito, Hamilton, Jefferson e Washington hanno un incontro privato per discutere il piano finanziario di Hamilton. Jefferson e Washington sono d’accordo sul piano, a patto che la capitale nazionale, che all’epoca era a New York City, venga spostata più a sud (appena a nord della Virginia, nell’odierna Washington D.C.). Aaron Burr si lamenta di non essere nella stanza quando l’accordo ha avuto luogo. James Madison, che stava lavorando con Jefferson, ottiene i voti di cui Hamilton ha bisogno per spingere il suo accordo attraverso il Congresso.
Aaron Burr sconfigge il padre di Eliza, Philip Schuyler, in una corsa al Senato, passando al Partito Democratico Repubblicano per vincere. Hamilton considera la candidatura di Burr contro Schuyler un attacco personale, ma Burr insiste che stava solo cogliendo un’opportunità per far avanzare la sua carriera.
Il Congresso discute se aiutare o meno i cittadini francesi nella loro guerra rivoluzionaria. Jefferson sostiene che la Francia ha fornito aiuti durante la rivoluzione americana e l’America ha promesso di aiutare la Francia. Egli rafforza la sua argomentazione, dicendo che la Francia non ha chiesto terra, ma solo aiuto per la loro rivoluzione. Hamilton controbatte che la Francia è troppo in disordine dopo aver attraversato la propria Rivoluzione, quindi farsi coinvolgere potrebbe danneggiare l’America. Sostiene anche che l’America ha ricevuto aiuto e ha firmato un trattato con il re, che ora è morto. Washington concorda con Hamilton che il popolo francese non sa chi lo guiderà dopo la Rivoluzione, rendendo la situazione troppo pericolosa. Jefferson accusa Hamilton di aver tradito Lafayette. Burr, Jefferson e Madison sono arrabbiati perché Hamilton “ha Washington in tasca”. I tre si accordano per cercare di trovare del marcio su Hamilton seguendo il denaro da e verso la tesoreria per vedere dove va.
Washington dice a Hamilton che Jefferson si è dimesso dal gabinetto per candidarsi alla presidenza, e che Washington si sta dimettendo. Ma John Adams vince la presidenza e licenzia immediatamente Hamilton. Hamilton pubblica una risposta, in cui critica Adams. Nel frattempo, Burr, Jefferson e Madison scoprono i pagamenti di Hamilton a James Reynolds, che, secondo loro, sono la prova di una sorta di accordo politico illegale. Hamilton dimostra agli uomini che non ha speso il denaro del Tesoro e che stava pagando per coprire uno scandalo sessuale. Preoccupato per quello che i suoi dissidenti potrebbero fare con questa informazione, pubblica “The Reynolds Pamphlet”, in cui ammette pubblicamente la relazione. Angelica affronta Alexander riguardo all’opuscolo, dicendogli che sta dalla parte di Eliza. Quando lo scopre, Eliza brucia le lettere che ha scritto a Hamilton, per mantenere la sua privacy e per scrivere se stessa fuori dalla “narrazione” storica.
Poi, Philip, il figlio di Hamilton, difende suo padre dalle critiche di un altro giovane, George Eacker. Philip sfida Eacker a duello, e Hamilton consiglia al figlio di sparare in aria quando sarà il momento. Al duello, Philip inizia a fare come ha detto suo padre, ma Eacker spara prima del conto di dieci, colpendo Philip proprio sopra l’anca. Eliza e Alexander sono entrambi al fianco di Philip quando muore in ospedale. Dopo la tragedia, i due si riconciliano.
L’elezione del 1800. Gli americani sono delusi dalla presidenza di Adams. Jefferson e Burr si candidano entrambi contro di lui. Poiché è chiaro che Adams non sarà presidente, la corsa è tra Jefferson e Burr. Madison suggerisce che Jefferson dovrebbe cercare di ottenere l’appoggio di Hamilton. Burr fa apertamente campagna contro Jefferson, cosa inaudita all’epoca. Quando arriva il momento, il partito federalista guarda ad Hamilton per vedere da che parte votare. Hamilton appoggia Jefferson, affermando: “Jefferson ha delle convinzioni, Burr non ne ha nessuna”. Sconvolto, Burr sfida Hamilton a duello.
Al duello, Burr è paranoico che Hamilton voglia ucciderlo. Egli nota che Hamilton “armeggiava metodicamente con il grilletto” e indossava i suoi occhiali “per prendere una mira mortale”. Anche se Hamilton punta la sua pistola al cielo proprio come aveva detto a suo figlio, Burr gli spara. In un soliloquio, Hamilton contempla l’eredità che lascia e la sua morte imminente. Burr si pente di aver ucciso Hamilton, dicendo che “il mondo era abbastanza grande sia per Hamilton che per me”. Sia Eliza che Angelica sono al fianco di Hamilton quando muore.
Il musical finisce con Eliza che racconta la storia dei Padri Fondatori. Racconta di come vive 50 anni più a lungo di Hamilton e lavora per sostenere la sua eredità. Apre un orfanotrofio in suo nome e canta la canzone “Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story”.