PDBはデータをパブリックドメインで公開しているため、そのデータは他の様々なタンパク質構造データベースで利用されています。

タンパク質構造データベースの例（アルファベット順）;

Database of Macromolecular Movements は、タンパク質やその他の高分子で起こる運動を、特に動画を用いて説明している Dynameomics は、すべての既知のタンパク質フォールドファミリーを代表するタンパク質の分子力学シミュレーションと分析のデータウェアハウス JenaLib the Jena Library of Biological Macromolecules は、可視化と分析に重点を置き、3D生体高分子構造の情報の普及を図ることを目的としています。 OCA a browser-database for protein structure/function – OCAはKEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProtなどからの情報を統合している。 OPMは脂質二重層に対するタンパク質の立体構造の空間的位置を提供する。 OCAから派生したPDB Liteは、PDB内の高分子の検索と表示をできるだけ簡単にするために提供されています PDBsumは、PDB内の高分子構造の概要を、それぞれの構造内の分子と分子間の相互作用の模式図によって示しています PDBTM the Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – a selection of the PDB.は、PDBの一部です。 PDBWiki a community annotated knowledge base of biological molecular structures ProtCID The Protein Common Interface Database (ProtCID) は、同種のタンパク質の結晶構造における類似のタンパク質間インターフェースを集めたデータベースです。 GeneBank, RefSeq, Third Party Annotationのアノテーションされたコード領域の翻訳、SwissProt, PIR, PRF, PDBの記録を含む。 Proteopedia タンパク質やその他の分子の3D百科事典の共同利用。 PDB (>100,000 ページ) の各エントリのページを含む Wiki で、機能部位やリガンドをハイライトする Jmol ビューがある。 使いやすいシーン・オーサリング・ツールを提供しているので、Jmolスクリプト言語を学ぶことなく、カスタマイズされた分子シーンを作成することができます。 カスタム・シーンは、Jmolでそれらのシーンを表示する説明文の「グリーン・リンク」に簡単に添付できます。 ProteinLounge タンパク質構造のビジュアルを含む、タンパク質データベースです。 また、タンパク質パスウェイ、遺伝子配列などのツールもある。 SCOP the Structural Classification of Proteins 構造が分かっている全てのタンパク質の構造および進化的関係を詳細かつ包括的に記述している。 SWISS-MODEL Repository – 相同性モデリングにより計算された、注釈付きタンパク質モデルのデータベース TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – タンパク質の立体構造に関する情報を収集、共有、配布するためのWiki。