歯肉炎の治療と同様に、長期的に最適な結果を得るためには、十分な口腔衛生が基本です。
治療を始める前に、歯周組織図を用いて歯の周囲の骨の損失を記録し、一連のX線写真を撮影して、正しく診断して患者の治療方針を決めるための調査を手配しています。 場合によっては、口腔内に存在する細菌の微生物学的分析も行います。 また、患者さんの歯磨きの仕方も記録し、より効果的な歯磨きの仕方を指導するために多くの時間を費やします。 この記録を残す目的は、治療後に歯周病菌やポケットがどのように変化していくかを確認できるようにするためです。
治療の第一段階は、歯茎の下にある歯石をキュレットと超音波を使って除去することです（ルートスケーリングとプランニングと呼ばれる処置）。 この治療は麻酔下で行われ、治療中も治療後も患者さんに不快な思いをさせることはありません。 基本段階から約1ヵ月半後、治療効果を分析するために再評価を行います。 ルートスケーリングとプランニングの段階で歯肉縁下の歯石を除去することができ、深い歯周ポケットや出血がなければ、メンテナンスの段階に進むことができ、メンテナンスは一般的に6ヶ月に1回行われます。 再診時にまだ深い歯石が残っていることが判明した場合（基本段階までに歯石が5～6mm深くなると発生しやすい）、根の最深部を清掃するために歯肉縁を持ち上げる手術が適切である場合があります。 また、骨欠損の底に様々な製品を塗布することで、失われた骨を再生させるケースもあります。 手術も患者さんに麻酔をかけて行うので、大きな違和感や炎症を起こすことはあまりありません。 手術によってこれらの部位がコントロールできれば、その後は歯周病のメンテナンスの段階へと進むことができます

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