Porque o PDB libera dados para o domínio público, os dados têm sido usados em várias outras bases de dados da estrutura proteica.

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Exemplos de bases de dados de estruturas protéicas incluem (em ordem alfabética);

Base de dados de movimentos macromoleculares descreve os movimentos que ocorrem nas proteínas e outras macromoléculas, particularmente usando filmes Dynameomics um armazém de dados de simulações de dinâmica molecular e análises de proteínas representando todas as famílias de dobras protéicas conhecidas JenaLib a Biblioteca Jena de Macromoléculas Biológicas tem como objetivo uma melhor disseminação de informações sobre estruturas biopoliméricas tridimensionais com ênfase na visualização e análise. ModBase um banco de dados de modelos tridimensionais de proteínas calculado através da modelagem comparativa OCA uma base de dados para estrutura/função proteica – O OCA integra informações do KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt, entre outros. O OPM fornece posições espaciais de estruturas tridimensionais de proteínas em relação ao bocal lipídico. O PDB Lite derivado de OCA, PDB Lite foi fornecido para facilitar ao máximo a localização e visualização de uma macromolécula dentro do PDB PDB oferece uma visão geral das estruturas macromoleculares no PDB, fornecendo diagramas esquemáticos das moléculas em cada estrutura e das interações entre elas PDBTM o Banco de Dados de Proteínas Transmembranas – uma seleção do PDB. PDBWiki uma base de conhecimento anotada pela comunidade de estruturas moleculares biológicas ProtCID O Protein Common Interface Database (ProtCID) é uma base de dados de interfaces proteicas semelhantes em estruturas cristalinas de proteínas homólogas. Proteína o banco de dados de proteínas NIH, uma coleção de seqüências de várias fontes, incluindo traduções de regiões de codificação anotadas no GenBank, RefSeq e Anotação de Terceiros, bem como registros do SwissProt, PIR, PRF e PDB Proteopedia a enciclopédia colaborativa em 3D de proteínas e outras moléculas. Um wiki que contém uma página para cada entrada no PDB (>100.000 páginas), com uma vista Jmol que destaca sites funcionais e ligandos. Oferece uma ferramenta de criação de cenários fácil de usar para que você não tenha que aprender a linguagem de script Jmol para criar cenas moleculares personalizadas. Cenas personalizadas são facilmente anexadas a “links verdes” em texto descritivo que exibem essas cenas no Jmol. ProteinLounge uma base de dados de proteínas que inclui visuais da estrutura da proteína. Além disso, inclui caminhos de proteínas e sequências de genes, incluindo outras ferramentas. SCOP a Classificação Estrutural das Proteínas uma descrição detalhada e abrangente das relações estruturais e evolutivas entre todas as proteínas cuja estrutura é conhecida. SWISS-MODEL Repositório uma base de dados de modelos de proteínas anotadas calculadas através da modelagem homológica TOPSAN a Open Protein Structure Annotation Network – um wiki projetado para coletar, compartilhar e distribuir informações sobre estruturas tridimensionais de proteínas.