A história começa na sequência das quatro séries limitadas, com o Super-Homem, a Mulher Maravilha e o Batman a lutarem, a Sentinela da JLA destruída e os heróis do mundo a enfrentarem uma variedade de ameaças. Neste cenário, Kal-L (o Super-Homem Terra-dois), juntamente com Lois Lois Lane da Terra-dois, Alexander Luthor da Terra-Three e Superboy-Prime escaparam do universo de bolso para onde inicialmente tinham fugido no final da Crise em Terras Infinitas. Kal-L procura a sua prima, Power Girl, também uma sobrevivente do Earth-Two. Acreditando que a saúde de Lois irá melhorar em seu mundo natal, ele espera substituir a Terra atual por Terra-dois, o que ele considera perfeito.
Kal-L tenta conseguir o apoio de Batman, afirmando que a natureza “má” inerente à Terra pós Crise causou a recente desconfiança e hostilidade de Batman. Batman recusa e tenta usar seu Anel de Kryptonite. Isto falha porque a Kryptonite não é nativa do universo de Kal-L, e o Super-Homem destrói com a sua visão de calor. Depois disso, Batman aprende que o Superboy-Prime destruiu a Sentinela JLA.
Alexander revela à Power Girl que ele e o Superboy-Prime tinham deixado o seu “paraíso” por algum tempo, manipulando eventos para ajudar a criar um garfo de afinação inter-dimensional. Usando os restos do Anti-Monitor e os heróis e vilões capturados especificamente em sintonia com antigos universos (Power Girl entre eles depois que o Superboy-Prime a nocauteia), Alex restaura o Earth-Two, despovoado, exceto pelo Earth-Two heroes transportados para lá.
Superboy-Prime ataca Conner Kent, o Superboy deste mundo. Múltiplas super-equipas intervêm. O Superboy-Prime mata acidentalmente vários heróis antes dos Flashes e do Kid Flash forçá-lo a entrar na Speed Force, assistido pelos speedsters que já estão dentro dela. Jay Garrick, o único velocista que ficou para trás, diz que a Speed Force agora desapareceu.
A procura de criar um mundo perfeito, Alexander restaura muitas Terras alternativas. Quando a Terra-Dois Lois finalmente morre de velhice, um Kal-L magoado e o mais jovem Super-Homem Pós-Crise Kal-El lutam até que a Mulher Maravilha os separe. Bart Allen (vestindo o traje de Barry Allen e envelhecendo até a idade adulta) emerge da Força Veloz, avisando que ele e os outros speedsters eram incapazes de segurar o Superboy-Prime, que retorna vestindo uma armadura inspirada no Anti-Monitor que armazena radiação solar amarela para capacitá-lo, tornando-o ainda mais forte.
A força de ataque do Batman destrói o Brother Eye, uma IA de satélite criada pelo Batman que havia se tornado desleal e começou a transformar civis em robôs nano-infusíveis, voltados para caçar e exterminar super-homens. Alexander selecciona e funde Terras alternativas, tentando criar uma Terra “perfeita”, até que o Firestorm bloqueia os seus esforços. Conner, Asa Nocturna e Wonder Girl libertam os prisioneiros da Torre. Lutando um contra o outro, Conner e Superboy-Prime colidem com a Torre, destruindo-a. As múltiplas Terras recombinam-se numa “Nova Terra” enquanto Conner morre nos braços da Rapariga Maravilha. Power Girl chega logo e pergunta a Kal-El o que aconteceu à Lois. A resposta faz com que ela se quebre, levando-a a perguntar a Kal-L porquê. Ele responde-lhe simplesmente, dizendo-lhe que foi porque escolheu o Superboy errado para condenar e o Superboy errado para perdoar.
Quando uma horda de supervilões ataca Metropolis, os heróis, atuais e aposentados, voam para o resgate, e eles são unidos pela Guarda Nacional. A batalha resulta em múltiplas mortes de ambos os lados, incluindo muitas pelo próprio Superboy-Prime, que mata vilões e heróis de igual modo. Durante a batalha, o Superboy-Prime descola para destruir Oa, planejando fazer o Universo ruir num evento de big bang, e recriá-lo com ele mesmo como o único super-herói. Superboy-Prime é atrasado por uma parede de 300 milhas de espessura de força de vontade criada pelo Corpo de Lanternas Verdes, mas ele mata 32 Lanternas Verdes antes que Kal-L e Kal-El o levem em direção ao que resta de Krypton. É essencialmente uma enorme nuvem de kryptonite. Os Supermenitas voam Superboy através do sol vermelho de Krypton, Rao, destruindo sua armadura e fazendo com que os poderes dos três Kryptonianos diminuam. Caindo para o planeta sensível (e membro do Corpo de Lanternas Verdes) Mogo, eles lutam. Kal-El finalmente derruba o Superboy-Prime e o Super-Homem mais velho Kal-L morre de seus ferimentos nos braços de sua prima, Power Girl.
Back on Earth, Batman, lutando com a morte do Superboy e os graves ferimentos do Asa Nocturna sofridos durante a batalha de Metropolis, contempla atirar em Alex. O Batman é dissuadido pela Mulher Maravilha. Alex consegue escapar.
Wonder Woman, Batman, e Superman se encontram mais tarde em Gotham City. A Mulher Maravilha planeia descobrir quem ela é. Batman planeja uma jornada semelhante de auto-descoberta, revisitando o treinamento de sua juventude, desta vez com Dick Grayson, agora mais saudável, e com Tim Drake se juntando a ele. O Super-Homem se aposenta do super-herói até que seus poderes retornem.
Escondido em um beco em Gotham City e fazendo novos planos, Alexander Luthor é encontrado por Lex Luthor e o Joker. O Joker mutila Alexander borrifando ácido no seu rosto, depois electrifica-o, e finalmente, mata Alexander disparando enquanto Lex zomba dele por cometer os erros incluindo não deixar o Joker jogar na Sociedade Secreta e subestimar Lex.
O Corpo dos Lanternas Verdes aprisiona o Superboy-Prime dentro de um Sun-Eater vermelho. A série termina com ele esculpindo um S em seu peito com as próprias mãos e declarando que ele escapou de prisões piores do que esta.