Ferramentas da Idade da Pedra foram descobertas na colina Sânpetru (São Pedro) perto do castelo e nas aldeias circundantes. A região era muito rica em ferro, que tinha sido extraído na área desde a Idade do Ferro por tribos trácias. As fortalezas dacianas das montanhas Orăştie, nomeadamente Sarmiszegetusa, que se tornou o mais importante centro religioso e político da Dacia, estavam localizadas perto de Hunedoara e eram abastecidas pelo ferro produzido aqui. Os restos de oito fornos de ferro Dacian foram encontrados na colina de Sânpetru, perto do castelo. A descoberta de importantes tesouros monetários de moedas Dacianas e moedas imperiais romanas atesta a importância do local.
Depois de Dacia ter sido conquistada por volta do ano 106 d.C. e transformada numa província romana, a região rica em ferro atraiu a atenção dos romanos, que começaram a explorá-la através da construção de fornos. Uma “Villa Rustica” surgiu em Teliuc, uma fortificação romana na colina de Sanpetru, posto avançado do famoso legio XIII Gemina, cujo castrum principal estava em Apullum, na Dacia. Outros artefatos romanos foram descobertos na área da cidade, e também em Pestis, onde foram descobertos os restos de uma vila romana. A nova capital da província romana de Dacia, Ulpia Traiana Sarmizegetusa, também estava situada na proximidade.
Após o retiro militar e administrativo romano durante o Período Migratório a região não tinha locais históricos significativos, embora seja possível que a actividade do ferro tenha continuado. A estrutura étnica da região mudou significativamente, sobretudo com os godos, hunos, eslavos, pechenegs, magiares e cumanos.
Há um debate académico em curso sobre a etnicidade da população da Transilvânia antes da conquista húngara (ver Origem dos romenos). Após 1000, como parte do Reino da Hungria, sob influência eslava, cresceram pequenas rixas políticas (governadas por knjazes). Ao sul dos Cárpatos, os Pechenegs e Cumans detinham o poder político, e Hunedoara funcionava como zona de amortecimento para a Coroa húngara. Com o tempo, as populações de Vlach nas montanhas próximas desenvolveram uma cultura original de montanha. A sua terra é chamada de “Tara Padurenilor” (país da floresta) e eles começaram a dominar demograficamente a área. A região também tinha uma população considerável de saxões alemães, colonizadores trazidos pela Coroa húngara após a invasão mongol e, mais tarde, romanichéis que migraram do subcontinente indiano.
A primeira evidência registrada da cidade foi feita em 1265 sob o nome Hungnod como um centro de curtimento de couro e processamento de lã. A cidade de Hunedoara tornou-se um importante centro de extração e processamento de ferro na Transilvânia. “Corpus Inscriptiorum Latinorum” refere-se a um habitante local como “natas ibi, ubi ferum nascitur”, ou seja, “nascido onde o ferro nasceu”. Como espinha dorsal para a fabricação de armas e ferramentas, a indústria da cidade foi vital para a região.
A cidade é conhecida desde o século XIV principalmente como a residência da família Hunyadi. Em 18 de outubro de 1409, Voyk (Vajk em húngaro, Voicu em romeno), foi recompensada por bravura militar por Sigismund do Luxemburgo, e recebeu o domínio de Hunedoara. As origens da família Hunyadi são um tema de debate contínuo entre os historiadores. O mesmo documento que registrou a recompensa de Voyk pela bravura militar de Sigismund do Luxemburgo também menciona os seus três filhos: Mogoş, Radu e John Hunyadi (húngaro: János Hunyadi; romeno: Ioan de Hunedoara). Hunedoara recebeu privilégios de cidade em 1448 do Rei da Hungria. John Hunyadi consolidou a cidadela no topo de uma antiga fortaleza, criando os dois salões principais, para Dieta e Cavaleiros. Uma abadia franciscana foi construída perto do castelo em 1448 e João de Capistrano, um famoso monge italiano, foi enviado pelo Papa para organizar uma cruzada contra os turcos, e viveu no castelo. João de Capistrano tornou-se mais tarde instrumental para incitar os camponeses à cruzada, começando de Frankfurt e marchando em direção a Belgrado.
João Hunyadi foi um líder militar no crescente confronto com o Império Otomano. Ele lutou ao serviço de Sigismund, dominando as táticas militares nas Guerras Hussite, e tornou-se o guerreiro mais hábil da Hungria. Ele foi elevado e nomeado Voivode (Príncipe) da Transilvânia, que na época era uma parte autônoma do Reino da Hungria. Eleito regente da Hungria, formou uma coalizão com os principados da Moldávia e da Valáquia e se engajou em cruzadas contra os turcos para libertar a Sérvia e a Bulgária. A cruzada, por um breve período, uniu as forças divergentes dos Balcãs, e as vitórias obtidas nas batalhas conseguiram assegurar o Reino da Hungria da ocupação otomana durante mais de um século. Embora tenha morrido num campo militar, o seu filho Mátyás (Matthias Corvinus) tornou-se mais tarde o mais famoso dos reis húngaros. O Papa Pio II chamou-o de Athleta Christi (“Campeão de Cristo”) e O Cavaleiro Branco da Valáquia.
Em 1457 Matthias deu permissão aos servos valáquios para construir uma igreja ortodoxa, lindamente decorada com pinturas e preservada até hoje. Ele continuou a consolidar o castelo e o domínio feudal de Hunedoara. O castelo de Hunedoara tornou-se um dos maiores do mundo medieval, testemunhando a grandeza da sua família de nobres guerreiros e estadistas, numa era de guerra e desespero para a região, à medida que o Império Otomano se aproximava da Europa Central. Nos tempos de Hunyadi, Hunedoara tornou-se um mercado (opiddum) para o ferro. Matthias Corvinus nomeou a cidade como uma área livre de impostos, e este privilégio durou até o século XVII. A população variou entre 784 pessoas em 1512 e 896 pessoas no século XVII. Após a morte de Matthias, Hunedoara passou para seu filho, João (húngaro: János; romeno: Ioan), mas ele também morreu jovem. Sua esposa, Beatrice de Frangepan, casou-se com Georg de Hohenzollern, Marquês de Brandenburgo, em 1509. Mas Georg de Brandenburg não residiria em Hunedoara, mas nomeou um representante, György Stolcz.
Em 1514, durante a revolta camponesa de György Dózsa, alguns foram presos no castelo e provavelmente torturados. A cidade contava com 184 casas, um tamanho considerável para a época, e era governada por um sacerdote ortodoxo nomeado. Em 1528, um incêndio destruiu 124 casas. Em 1534, quando o Reino da Hungria foi conquistado pelos turcos otomanos, o castelo foi sitiado durante a rebelião de Czibak Imre, bispo de Oradea, e dois anos mais tarde João Zápolya doou o castelo, juntamente com outros bens, a Török Bálint, tornando-o o nobre mais rico da Hungria. Em 1557 Török János, um proselitista da Reforma é mencionado por ter matado sua esposa infiel Kendi Anna no castelo. Em 1601 o castelo foi sitiado pelo exército valáquio de Miguel o Bravo em sua campanha – enquanto governando Wallachia, Moldávia e Transilvânia – contra o Império Otomano, e para mudar a vassalagem otomana para os Habsburgos.
A cidade e o castelo sobreviveram relativamente ilesos pela Contra-Reforma de Giorgio Basta, general do Império Habsburgo. Em 1618, a propriedade do castelo passou para a família Bethlen. Gabriel Bethlen Voivode da Transilvânia consolidou e ampliou o castelo, e deu-o ao seu sobrinho Stephen Betlen que vivia aqui com a sua esposa Mary Széchy, famosa pela sua beleza.
A Igreja Reformada da Hungria foi estabelecida em Hunedoara em 1634 e Imre Thököly, um dos líderes da revolta protestante anti-Habsburg e mais tarde Príncipe da Transilvânia possuía o castelo e passou muito tempo a viver nele. Em 1685, o castelo passou para a posse de Michael Apafi, o Príncipe pró-Habsburgo da Transilvânia. Em 1710, a antiga igreja foi devolvida aos Franciscanos, e em 1725 readquiriu o seu estatuto monástico. Nessa época, a maioria da população era romena.
A maior parte da atual Hunedoara era, naquela época, uma planície exuberante através da qual o rio Cerna era serpenteante. O primeiro alto-forno foi construído em 1603, seguido por outros quatro. As modernas operações do ferro começaram aos pés do monte São Pedro (Sanpetru), perto da torre mais distante do castelo chamado Nebojása, (sérvio para “não ter medo”, uma torre que era a mais afastada do castelo nos tempos medievais, para proporcionar o último refúgio no caso de um cerco; cf. Torre Nebojása). O poço da mina ainda pode ser visto. Os fabricantes de ferro também estavam situados nas proximidades.
Em 1667 já existia uma siderurgia no rio Cerna que produzia 490 toneladas de ferro gusa e 66 toneladas de ferro em 1699. Em 1714 Georg Steinhilbert fez uma segunda e uma terceira foi feita em 1727. Em 1743 as operações eram feitas diretamente pelo Tesouro. Das usinas mencionadas, uma estava localizada sob a ponte principal e suas paredes agora estão em ruínas.
O primeiro alto forno industrial do mundo para extração de ferro, argumentou-se, foi construído em 1750 em Topliţa perto de Hunedoara, e um posterior em Govăşdia em 1806. Ambos os fornos podem ser visitados hoje em dia. Para chegar até ele por estrada só poderia ser por Teliucu Inferior (Alsótelek então) e Teliucu Superior (Felsőtelek então). Até 2001, havia um sistema ferroviário de bitola estreita construído nos séculos XIX e XX que corria desde o castelo de Hunedoara, perto de Zlaşti através de um túnel de 747 e 42 metros de comprimento através da montanha, e a deslumbrante paisagem de “Ţara Pădurenilor” (país dos bosqueiros) antes de chegar a Govăjdia. Foi desmontado e desmantelado de Zlaşti a Govăjdia e Crăciuneasa pelo último proprietário, a empresa Talc-Dolomită Zlaşti. O último sistema ferroviário de 2,3 km (1,43 milhas) de comprimento, do castelo de Hunedoara até Zlaşti foi utilizado pela empresa Talc-Dolomită Zlaşti até 2007. No verão de 2009 eles removeram este último trecho remanescente desta linha. Há agora esforços para restaurar a linha de trem para fins turísticos.
No século 18 e parte do século 19, à medida que a cidade de Hunedoara se tornou cada vez mais industrializada, os camponeses das regiões próximas começaram a se mudar para a cidade e a população aumentou. Apenas os alemães, húngaros e Székelys da Transilvânia estavam representados na Dieta (ver Unio Trium Nationum). Os romenos que na época formavam cerca de 50% da população sentiam-se explorados e revoltados em várias ocasiões. Os camponeses do condado de Hunedoara apoiaram a Revolta de Horea, Cloşca e Crişan em 1784, quando sem sucesso sitiaram a fortaleza vizinha de Deva.
O castelo de Hunedoara deu refúgio à nobreza local, e foi sua última função como defesa militar. Mais tarde, representantes da região foram enviados às assembleias nacionais romenas realizadas em Blaj durante a Revolução de 1848, onde os romenos decidiram exigir direitos iguais e resistir à tentativa da Hungria de conquistar a independência da Casa dos Habsburgos. Isto iniciou uma insurreição em pequena escala através da Transilvânia que foi rapidamente acalmada pelo exército húngaro, excepto nas montanhas Apuseni, no norte de Hunedoara, onde o tribuno Avram Iancu lutou para manter as forças húngaras longe do controlo das minas de ouro. As subsequentes falhas da posterior monarquia austro-húngara em cumprir as exigências dos romenos juntamente com as campanhas de magiarização exacerbaram e alienaram ainda mais a população romena de Hunedoara.
Durante a Primeira Guerra Mundial, os romenos do condado de Hunedoara apoiaram activamente o exército romeno e a Assembleia Nacional romena declarou a União da Transilvânia com a Roménia em 1918. Após o fim da guerra, a Transilvânia tornou-se parte da Roménia. As populações romenas na cidade e arredores rapidamente ganharam direitos políticos e representação, e o desenvolvimento industrial continuou a um ritmo cada vez maior.
Durante a Segunda Guerra Mundial as siderurgias foram parte do esforço de guerra para o Eixo. O Exército romeno perdeu 700.000 soldados na Frente Leste e nos Aliados, mais 400.000 soldados lutando contra o Eixo.
Após a ocupação soviética e o subsequente regime comunista, a indústria foi favorecida, e Hunedoara teve por um tempo a maior usina produtora de aço da Romênia e dos Bálcãs. A cidade cresceu, e as fábricas se estenderam tanto que igualaram ou ultrapassaram o tamanho da cidade. A população também aumentou para mais de 87.000 habitantes. A equipe de futebol, Corvinul Hunedoara, foi durante muito tempo uma das equipes de futebol mais bem classificadas da Romênia, rivalizando com Steaua ou Dínamo. Um grande estádio foi construído junto com outras instalações esportivas, como piscinas cobertas e um ringue de patinação. Além do clube esportivo Corvinul, foram construídos dois outros clubes esportivos, Constructorul e Siderurgistul, cada um oferecendo diferentes instalações esportivas. Outras construções notáveis incluíram uma casa de teatro, vários grandes cinemas, muitas escolas e escolas secundárias e uma faculdade de engenharia.
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O colapso comunista significou que os antigos mercados de aço desapareceram, e muitas empresas tiveram que ser fechadas ou abandonadas. No entanto, o investimento de empreendimentos de capital romeno e estrangeiro começou a oferecer novas oportunidades de emprego para as pessoas. Actualmente, a Arcelor-Mittal gere o que resta das siderurgias. A aciaria opera agora a siderúrgica nº 2 Electric Steel Mill, Continuous Caster e as laminadoras. A produção está programada para crescer acima de 500.000 toneladas de aço em 2007 e nos anos seguintes. As demais instalações de produção foram demolidas ou vendidas a investidores privados.