O primeiro restaurante abriu em 18 de agosto de 1969, em Lexington, Kentucky. O local original, no 301 Southland Drive, logo ao largo de Nicholasville Road, era anteriormente um restaurante de frutos do mar chamado Cape Codder. O edifício original do bloco de concreto do Cape Codder foi redesenhado pelo arquiteto Druce Henn, que criou o estilo New England dos primeiros restaurantes da cadeia Long John Silver. Essa localização original é agora um salão de estilo.

Os restaurantes mais antigos eram conhecidos pelos seus edifícios estilo Cape Cod, telhados azuis com cúpulas quadradas, bancos de madeira/tabelas, panelas de lagosta, e rodas de navio. Mais tarde, foram acrescentadas decorações mais náuticas, como assentos feitos para parecerem bandeiras náuticas.

Os primeiros restaurantes também tinham portas de entrada e saída separadas, um corredor como a área da fila de espera, fritadeiras profundas com aquecedores de comida que eram transparentes para que os clientes pudessem ver a comida à espera de ser servida, e puxadores de porta de ferro forjado ‘espada’. Um grande tema exterior destes edifícios tinha passarelas tipo doca, forradas com estacas e cordas grossas.

Alguns restaurantes mais recentes mantiveram o design estrutural básico e o tema, mas eliminaram a maioria das características interiores. Sua empresa mãe, Jerrico foi tomada privada em 1989, através de uma aquisição de gestão altamente alavancada, e um ano depois, os outros conceitos de restaurante foram desinvestidos a fim de focar em Long John Silver’s.

Após lutar pelos próximos anos sob sua pesada carga de dívidas, Jerrico Inc. entrou com um pedido de falência do Capítulo 11 em junho de 1998. Em setembro de 1999, A&W anunciou a aquisição da cadeia fora da falência, como resultado, uma nova empresa chamada Yorkshire Global Restaurants foi formada.

Em 2000, Yorkshire Global Restaurants concordou em testar locais de multi-marca com Louisville, Kentucky baseado Tricon Global, proprietário das cadeias KFC, Pizza Hut, e Taco Bell.

A empresa matriz da Long John Silver’s e A&W, Yorkshire foi adquirida pela Tricon Global e Tricon foi renomeada para Yum! Brands, Inc em maio de 2002, mas em janeiro de 2011, Yum! anunciou que estava procurando um comprador para suas divisões Long John Silver’s e A&W All-American Restaurants, citando vendas fracas e um desejo de transferir mais de seu foco para a expansão internacional.

Em setembro de 2011, Yum! anunciou a venda iminente da Long John Silver’s para LJS Partners – um grupo composto por franqueados e outros investidores privados.

Em Julho de 2013, o Center for Science in the Public Interest, um grupo de vigilância de políticas de nutrição e saúde, nomeou a refeição “Big Catch” da Long John Silver como a pior refeição de restaurante na América, notando que continha 33 gramas de gordura trans, 19 gramas de gordura saturada, 1.320 calorias e quase 3.700 miligramas de sódio. A empresa anunciou que tinha eliminado as gorduras trans do seu menu, até Janeiro de 2014.

Em Março de 2015, James O’Reilly, que tinha trabalhado anteriormente para a KFC (outra holding de marcas Yum!), foi nomeado CEO. Ele afirmou que esperava que a cadeia mantivesse suas 1.132 lojas, reorientasse seu marketing após a imprensa negativa sobre o conteúdo de gordura e sódio do cardápio, e olhou para a possibilidade de expansão futura.

Em 22 de maio de 2018, Long John Silver’s anunciou a aquisição de setenta e seis restaurantes franqueados, principalmente pertencentes e renovados pela ServUS, localizada principalmente em Indiana. Em 19 de Outubro de 2019, Warren W. Rosenthal, antigo presidente da Jerrico e promotor de 1.350 restaurantes Long John Silver’s, faleceu, com 96,

Em 18 de Janeiro de 2021, Long John Silver’s anunciou Blain Shortreed para assumir o cargo de CEO.

• Uma co-marca Long John Silver’s e A&W em Gillette, Wyoming

• Uma co-marca KFC e um restaurante Long John Silver’s em Lafayette, Tennessee

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  Uma antiga co marca Long John Silver’s e Taco Bell em Kent, Ohio, antes de se tornar uma loja da Taco Bell