Consolidação do controlo português
Pelos anos 1880 os portugueses controlavam o comércio e recolhiam tributo nos enclaves costeiros desde Ibo no norte até Lourenço Marques no sul, mas a sua capacidade de controlar os acontecimentos fora dessas áreas era bastante limitada; essa situação, no entanto, estava prestes a mudar. Cada vez mais, à medida que os vizinhos do Estado de Gaza eram atacados periodicamente por se recusarem a prestar tributo, começaram a aliar-se aos portugueses, o que os portugueses tanto encorajavam como exploravam. Nos anos 1890, uma coligação de tropas portuguesas e exércitos africanos marchou contra o Estado. Quando a liderança de Gaza foi finalmente derrotada em 1897, o sul de Moçambique passou para o controlo português. Duas décadas mais tarde os portugueses, que na altura tinham montado dezenas de campanhas militares, controlavam directamente a Barue do centro de Moçambique, os portugueses africanos do Zambeze e Maganja da Costa prazos, o Yao de Mataka, os chefes de Makua do norte, e os xeques da costa norte de Angoche.
O comércio de marfim, ouro, escravos, borracha, sementes oleaginosas, e uma vasta gama de bens europeus continuou ao longo do século XIX. Contudo, o interesse e a influência económica europeia na região mudaram rapidamente em meados do século, em resposta aos desenvolvimentos tanto em África como na Europa. A mão-de-obra africana era necessária nas plantações de açúcar e nos portos e minas da África do Sul após a descoberta de diamantes (em Kimberley, na década de 1860) e ouro (em Witwatersrand, na década de 1880). Devido à necessidade de mão-de-obra, os europeus estavam determinados a ganhar um maior controlo sobre as extensões de terra e os seus habitantes, à custa da liderança africana. A luta combinada pelo acesso a terras que contêm minerais e a força de trabalho para trabalhá-los alimentou a chamada “corrida” na África Austral.
Portugal reivindicou uma faixa de território desde Moçambique actual até Angola. Embora os alemães, cujo território fazia fronteira com Moçambique a norte, aceitassem as reivindicações portuguesas – estabelecendo a fronteira norte de Moçambique – as reivindicações britânicas para a região contradiziam as de Portugal, levando a negociações prolongadas. No entanto, a coroa portuguesa estava fortemente endividada com os financiadores britânicos, e o pequeno país não estava à altura dos militares britânicos; em 1891 Portugal foi forçado a aceitar a definição britânica das fronteiras ocidental e meridional de Moçambique.
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Portugal tinha pouca esperança de desenvolver toda a região por si só, e por isso recorreu à sua conhecida estratégia colonial de arrendamento de grandes extensões de terra a empresas privadas. Foi concedido às empresas fundadas o privilégio de explorar as terras e povos de áreas específicas em troca de uma obrigação de desenvolver a agricultura, as comunicações, os serviços sociais e o comércio. A Companhia de Moçambique, a Companhia Niassa, e a Companhia Zambézia foram todas estabelecidas desta forma na década de 1890. Qualquer desenvolvimento económico e investimento em infra-estruturas estava directamente relacionado com os interesses da empresa e geralmente realizado a expensas da África. As plantações de açúcar, copra e sisal, dependendo em grande parte da mão-de-obra recrutada e dos caminhos-de-ferro que ligavam a Beira ao território da Companhia Britânica da África do Sul e a Nyasaland Britânica ao oeste e noroeste, foram todas desenvolvidas e construídas a um custo elevado para a mão-de-obra africana.
O governo português acabou por pôr fim aos estatutos das principais empresas concessionárias, colocando todo o território moçambicano sob o domínio directo português. Entre os anos 1890 e 1930, o domínio português em Moçambique caracterizou-se pela exploração dos povos africanos e dos recursos por entidades privadas, quer fossem accionistas de empresas estrangeiras ou burocratas coloniais e colonos. Os abusos coloniais mais flagrantes – trabalho forçado, cultivo forçado, impostos elevados, salários baixos, confiscação das terras mais promissoras – ocorreram independentemente do grupo de europeus que estava no controlo.