O Nilo a 6.695 km de extensão é um dos grandes rios do mundo, alimentando milhões e dando origem a civilizações inteiras.
A fonte mais distante do Nilo é o rio Ruvyironza, que desagua no Lago Vitória através dos rios Ruvubu e Kagera. Outros rios que convergem para o Lago Victoria – o maior dos Lagos Equatoriais do Nilo – incluem o Simiyu-Duma, Grumati-Rwana, Mara, Gucha-Migori, Sondu, Yala, Nzoia, Sio, Katonga e Ruizi.
De Jinja no Uganda, o Nilo Branco emerge do Lago Victoria como o Nilo Victoria e viaja para norte, passando por dois outros Lagos Equatoriais – Kyoga e Albert. Através destes dois lagos, o Nilo captura o escoamento superficial de duas áreas montanhosas e de alta precipitação (Mts Rwenzori e Elgon) a sudoeste e sudeste das periferias da bacia.
O rio ressurge do Lago Albert como o Nilo Albert e viaja para norte, para Nimule perto da fronteira Sul Sudão-Uganda. A partir deste ponto, o rio, agora conhecido como Bahr el Jebel (que significa rio das montanhas), corre sobre as corredeiras de Fula e através do Sudd antes de encontrar o Bahr el Ghazal (que significa rio das gazelas) no Lago No. O Bahr el Ghazal drena áreas de alta pluviosidade do Sul ocidental do Sudão. Do lago No, o rio vira para leste para se juntar ao rio Sobat, que carrega fluxos altos, sazonalmente variáveis, originários das terras altas da Etiópia.
Os rios combinados Bahr el Jebel e Sobat formam o Nilo Branco, que continua a sua descida para norte e se encontra com o Nilo Azul em Khartoum, no Sudão. O Nilo Azul (também conhecido como Abbai ou Abay) tem origem no Lago Tana, na Etiópia, e é a segunda corrente principal do Nilo. Antes de encontrar o Nilo Branco, ao Nilo Azul juntam-se vários rios, sendo os principais o Rahad e o Dinder, ambos originários das terras altas da Etiópia. De Khartoum, os rios combinados do Nilo correm para o norte, e são unidos pelo Atbara (Tekezze), também originário das Terras Altas da Etiópia. O Nilo Principal continua a viajar para norte e desagua no Lago Nasser/Núbia, um importante reservatório feito pelo homem na fronteira entre o Sudão e o Egipto, que proporciona regulação inter-anual para o Egipto. O Nilo acaba por descarregar no Mar Mediterrâneo através do seu delta.