Act I
O musical abre com o conjunto dando um resumo da infância de Alexander Hamilton em meados do século XVIII, antes da revolução americana. Vários membros do elenco descrevem como uma série de infortúnios colocou Hamilton no seu caminho para a fama. Depois que um furacão destruiu sua ilha, sua mãe morreu, e seu pai o abandonou, Hamilton escreveu sobre sua experiência traumática. Impressionado pela sua facilidade com a língua, pessoas da sua ilha angariaram dinheiro para mandá-lo para a América para obter uma educação. Depois de ter conseguido a platéia a par desta exposição, a peça propriamente dita começa.
Chegando em Nova York, o ambicioso jovem Hamilton procura Aaron Burr e pede conselhos para obter um curso acelerado de estudos como Burr fez. Burr aconselha o Hamilton a não falar tanto, mas Hamilton insiste que ele fala muito porque tem opiniões apaixonadas. Os dois personagens são estabelecidos como folhas um para o outro; onde Hamilton é arrojado, franco e opinante, Burr é cuidadoso, estratégico e menos comprometido com princípios. Quando os dois novos conhecidos vão a um bar, conhecem John Laurens, Hércules Mulligan e o Marquês de Lafayette. Todos, exceto Burr, estão entusiasmados com a iminente Revolução Americana, aplaudindo, “levantem um copo para a liberdade”
Somos apresentadas a seguir às irmãs Schuyler, que vagueiam pelo centro de Nova Iorque, desfrutando da excitação das mudanças das marés sociais. Aaron Burr acerta em Angelica, mas ela o fecha. Ela então afirma que tem lido o senso comum de Thomas Paine, e está procurando por uma “revelação”, expressando um desejo de igualdade feminina.
Encontramos o lealista Samuel Seabury, um fazendeiro que está condenando o Congresso Continental revolucionário (e todos os patriotas em geral). Quando ele encontra o fazendeiro, Hamilton critica as condenações de Seabury. Uma mensagem do rei George chega à América, avisando os colonos que o rei fará o que for preciso para manter as colônias sob seu controle. O rei envia o general Howe e 30.000 soldados para o porto de Nova York, desafiando o desejo de independência dos colonos americanos.
Próximo somos apresentados ao general George Washington, que reconhece que os colonos estão em grave desvantagem para as tropas britânicas. Ele está frustrado por as tropas rebeldes continuarem a recuar. Quando Hamilton rouba os cânones das tropas inglesas, mostrando que está disposto a correr riscos e a quebrar as regras em nome da América, ele ganha o favor de Washington. Enquanto isso, Aaron Burr se apresenta a Washington, oferecendo assistência e conselhos, mas acaba ofendendo Washington ao criticar o estado atual das tropas coloniais. Washington pede a Hamilton que o ajude com planos de guerra, e Hamilton recruta John Laurens, Hercules Mulligan e Lafayette para ajudar na rebelião. Ele coloca Mulligan no lado britânico como espião e escreve ao Congresso para convencê-los a enviar mantimentos. Ele quer usar um elemento de surpresa para derrotar os britânicos.
Algum tempo depois, Aaron Burr e Alexander Hamilton estão num baile de inverno, e Burr diz a Hamilton que se ele se casar com uma irmã Schuyler ele ficará rico. Eliza Schuyler vê Hamilton e se apaixona por ele à primeira vista. Ela diz a sua irmã, Angelica, que Hamilton é o tal, então Angelica apresenta-os. Alexander e Eliza escrevem cartas de amor para as próximas duas semanas, e depois ficam noivos.
No dia do casamento, Angelica revela ao público que também está apaixonada por Alexander, mas o deu a Eliza porque ele era pobre e esperava-se que ela casasse com um rico, e porque sabia que Eliza estava apaixonada por ele. Enquanto os amigos de Hamilton felicitam Hamilton pelo seu casamento, perguntam a Burr sobre uma mulher que ele tem “ao lado”. Burr admite que ele ama uma mulher chamada Theodosia, que é casada com um oficial britânico. Hamilton diz-lhe para ir atrás dela, mas Burr diz que ele está “disposto a esperar por ela”. Burr compara sua vida à de Hamilton, observando que “Hamilton enfrenta uma subida interminável”, e ele “não perde tempo”, mas Burr vai esperar para ver qual é o seu próprio propósito antes de agir.
Later, as tropas americanas estão perigosamente com poucos suprimentos. Washington planeia um ataque nocturno surpresa contra os britânicos, na esperança de alguma ajuda dos franceses. Washington faz de Charles Lee o segundo no comando, mas Lee se mostra incapaz de liderar um exército. Quando Lee critica Washington, Laurens desafia Lee para um duelo, mesmo que Washington o tenha proibido. No duelo, Laurens atira em Lee na lateral, então Lee cede. Washington está chateado com Hamilton, que agiu como o número dois de Laurens. Quando Hamilton insiste que ele deveria estar no comando de um batalhão, Washington discorda, dizendo que é muito arriscado e que ele precisa que Hamilton fique vivo, mandando-o para casa.
Quando Hamilton chega em casa, Eliza lhe diz que está grávida e que ela escreveu para Washington, pedindo-lhe para mandar Hamilton para casa. Enquanto isso, Lafayette assegura a ajuda da França, garantindo que os colonos poderão derrotar os britânicos em Yorktown. Washington convida Hamilton de volta, e oferece-lhe uma posição no comando.
1781-The Battle of Yorktown. Hamilton, preocupado com a possibilidade de um tiro acidental, ordena aos seus homens que retirem as balas das suas armas enquanto fazem um ataque surpresa. Após uma semana de luta, os britânicos se rendem. O Rei George volta ao palco para repetir os seus avisos e desafia a América: “O que vem a seguir?” Ele lhes diz que não sabem como liderar ou ser independentes.
Aaron Burr, que casou com a mulher com quem ele tinha um caso após a morte do marido, conhece seu primeiro e único filho, uma filha chamada Theodosia. Simultaneamente, Hamilton conhece o seu filho, Philip. Os dois novos pais têm uma esperança semelhante de que possam construir um país com o qual o seu respectivo filho possa “chegar à idade adulta”. Ambos retornam a Nova York para estudar Direito, mas Hamilton avança muito mais e mais rápido que Burr, tornando-se advogado e trabalhando no primeiro julgamento de assassinato na América independente. Dados os seus talentos, Hamilton é escolhido para participar na Convenção Constitucional, um grupo encarregado de formar o quadro legal para a nova nação. Ele aparece na casa de Burr no meio da noite, perguntando se ele vai ajudar a defender a nova constituição, admitindo que Burr é melhor advogado do que ele. Quando Burr se recusa a ajudar a escrever os Documentos Federalistas, Alexander chama-o por nunca ter opiniões e estar sempre de pé ao lado. Mais tarde, Hamilton recruta John Jay e James Madison para ajudar a escrever os Papers. Washington pede ao Hamilton para dirigir o Departamento do Tesouro Nacional. Angelica diz a Alexander que casou com um homem rico, e está passando um tempo com ele em Londres.
Act II
Encontramos Thomas Jefferson, que tem sido o embaixador na França, no exterior, durante a guerra. Ele volta à sua casa em Monticello, uma plantação na Virgínia. Washington pediu-lhe para ser Secretário de Estado, e ele já está aprovado pelo Senado quando regressa. Ele vai para Nova York, onde James Madison lhe pede para ajudar a parar o plano financeiro de Hamilton, o que, ele acredita, permitiria muito controle do governo. Hamilton quer que o governo federal “assuma dívidas estaduais e estabeleça um banco nacional”. Jefferson e Hamilton debatem o plano. Jefferson argumenta que como alguns estados, como Virgínia, já pagaram suas dívidas de guerra, eles não deveriam ter que pagar pelas dívidas de outros estados também. Ele também ressalta que como os Estados Unidos acabaram de escapar de um governo com muitos impostos, não faz sentido que eles queiram estabelecer impostos federais nos Estados Unidos. Hamilton responde que supondo que as dívidas tornariam a América mais rica a longo prazo, e depois condena Jefferson por apoiar o trabalho escravo no Sul. Washington diz a Hamilton que ele precisa encontrar um compromisso e obter mais aprovação do Congresso, ou muito provavelmente ele será solicitado a deixar o gabinete de Washington.
Eliza implora que Hamilton faça uma pausa no trabalho. Ela e Angelica estão indo para o norte do estado para o verão e querem que ele se junte a eles, mas Hamilton insiste que ele não pode tirar férias com eles, porque ele precisa passar seu plano pelo Congresso.
Quando Eliza e Angelica estão fora para o verão, Hamilton encontra Maria Reynolds, que pede ajuda a Hamilton, alegando que ela está sendo maltratada por seu marido, James Reynolds. Alexander empresta-lhe algum dinheiro e acompanha-a a casa. Quando ela se oferece ao Hamilton, os dois começam um caso que dura um mês. Logo depois, Hamilton recebe uma carta do marido de Maria a chantageá-lo. Hamilton paga a James Reynolds para não contar a ninguém (especialmente Eliza) sobre o caso.
Later, Hamilton, Jefferson e Washington têm uma reunião privada para discutir o plano financeiro de Hamilton. Jefferson e Washington concordam com o plano, desde que a capital nacional, que estava em Nova York na época, seja movida mais para o sul (ao norte da Virgínia, para os tempos modernos de Washington D.C.). Aaron Burr lamenta não estar na sala quando o acordo foi feito. James Madison, que estava trabalhando com Jefferson, consegue os votos que Hamilton precisa para fazer passar seu acordo pelo Congresso.
Aaron Burr derrota o pai de Eliza, Philip Schuyler, em uma corrida no Senado, mudando para o Partido Republicano Democrático para vencer. Hamilton considera a corrida de Burr contra Schuyler um ataque pessoal, mas Burr insiste que ele estava apenas aproveitando uma oportunidade para avançar em sua carreira.
Debates no Congresso para ajudar ou não os cidadãos franceses em sua Guerra Revolucionária. Jefferson argumenta que a França forneceu ajuda durante a Revolução Americana e os Estados Unidos prometeram ajudar a França. Ele desenvolve seu argumento, dizendo que a França não pediu terra, apenas ajuda com sua revolução. Hamilton conta que a França é uma grande confusão depois de passar pela sua própria Revolução, por isso, envolver-se pode prejudicar a América. Ele também argumenta que a América recebeu ajuda e assinou um tratado com o Rei, que agora está morto. Washington concorda com Hamilton que o povo francês não sabe quem o liderará após a Revolução, tornando a situação muito perigosa. Jefferson acusa Hamilton de trair Lafayette. Burr, Jefferson e Madison estão chateados por Hamilton “ter Washington no seu bolso”. Os três concordam em tentar encontrar alguma sujeira sobre Hamilton, seguindo o dinheiro de e para o tesouro para ver para onde vai.
Washington diz a Hamilton que Jefferson se demitiu do gabinete para concorrer à presidência, e que Washington está se demitindo. Mas John Adams ganha a presidência, e demite Hamilton imediatamente. Hamilton publica uma resposta, na qual ele critica Adams. Enquanto isso, Burr, Jefferson e Madison descobrem os pagamentos de Hamilton a James Reynolds, que, eles acreditam, são prova de algum tipo de acordo político ilegal. Hamilton prova aos homens que não gastou o dinheiro do tesouro e que estava pagando para cobrir um escândalo sexual. Preocupado com o que seus dissidentes poderiam fazer com essa informação, ele publica “The Reynolds Pamphlet”, no qual ele admite publicamente o caso. Angelica confronta Alexander sobre o panfleto, dizendo-lhe que ela está ao lado de Eliza. Quando descobre, Eliza queima as cartas que escreveu a Hamilton, a fim de manter a sua privacidade e escrever a si mesma a partir da “narrativa histórica”
Later, Philip, filho de Hamilton, defende o pai das críticas de outro jovem, George Eacker. Philip desafia Eacker para um duelo, e Hamilton aconselha seu filho a disparar sua arma no ar quando chegar a hora. No duelo, Philip começa a fazer o que seu pai disse, mas Eacker dispara antes da contagem de dez, atingindo Philip bem acima da anca. Eliza e Alexander estão ambos ao lado de Philip quando ele morre no hospital. Após a tragédia, os dois se reconciliam.
A Eleição de 1800. Os americanos estão desapontados com a presidência de Adams. Jefferson e Burr concorrem ambos contra ele. Como é claro que Adams não será presidente, a corrida é entre Jefferson e Burr. Madison sugere que Jefferson deveria tentar conseguir um apoio de Hamilton. Burr faz abertamente campanha contra Jefferson, algo inaudito na época. Quando chega a hora, o Partido Federalista olha para Hamilton para ver para que lado devem votar. Hamilton endossa Jefferson, dizendo: “Jefferson tem crenças, Burr não tem nenhuma.” Perturbado, Burr desafia Hamilton para um duelo.
No duelo, Burr é paranóico que Hamilton está fora para matá-lo. Ele observa que Hamilton “metodicamente mexeu com o gatilho”, e estava usando seus óculos “para fazer mira mortal”. Embora Hamilton aponte sua arma para o céu assim como disse a seu filho, Burr atira nele. Em um solilóquio, Hamilton contempla o legado que deixa para trás e sua morte iminente. Burr lamenta matar Hamilton, dizendo, “o mundo era largo o suficiente para mim e Hamilton.” Tanto Eliza como Angelica estão ao lado de Hamilton quando ele morre.
O musical termina com Eliza contando a história dos Pais Fundadores. Ela conta como vive mais 50 anos do que Hamilton e trabalha para manter o seu legado. Ela abre um orfanato em seu nome e canta a canção “Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story”.