Soa como metatarsalgia para mim. Se você verificar a seção de sintomas desse artigo, eles correspondem ao que você descreveu. Correr e saltar aumenta o risco de metatarsalgia, e qualquer coisa que aumente o impacto nos seus pés piora a situação. O artigo lista o uso de sapatos sem estofamento apropriado como fator de risco, então a falta de estofamento do seu vibram pode estar contribuindo para o problema. O excesso de peso também aumenta o impacto, o que contribui para o problema (não sei se isto é um problema para si ou não). Eu imagino que correr em superfícies de alto impacto como concreto também aumentaria o seu risco (grama e asfalto têm mais dar).

Distribuir mais peso na bola do pé também piora o problema. De acordo com os Princípios de Treino Atlético de Arnheim:

Uma das causas da metatarsalgia é a extensibilidade restrita do complexo gastrocnemius-soleus. Devido a esta restrição, o atleta encurta a fase intermediária da marcha e enfatiza a fase do toe-off, causando pressão excessiva sob o antepé.

Translação: se seus bezerros estão apertados, você corre de uma forma que coloca mais pressão na bola do seu pé. Isto pode ser um problema para você. Um dos benefícios da corrida descalça é que ela fortalece os tornozelos ao fortalecer os músculos da parte inferior das pernas que os suportam. O problema é que, se não esticar esses músculos regularmente, eles podem ficar apertados. Metatarsalgia também pode ser causada por um arco metatarso caído (o arco que atravessa a bola do pé).

Se se suspeitar que os bezerros são contribuintes apertados, Arnheim sugere esticar os bezerros várias vezes ao dia (veja a coluna da direita das secções Gastrocnemius e Soleus no ExRx para alguns alongamentos). Se você tem um arco caído cauaed por fraqueza, você também deve fazer exercícios de alongamento dos pés. Além disso, ambas as fontes que mencionei sugerem almofadas metatarsais, que se sentam atrás das bolas dos pés para ajudar no apoio e absorção de choques.