Pentru că PDB eliberează date în domeniul public, datele au fost utilizate în diverse alte baze de date privind structura proteinelor.

Exemple de baze de date cu structuri proteice includ (în ordine alfabetică);

Database of Macromolecular Movements descrie mișcările care au loc în proteine și alte macromolecule, folosind în special filme Dynameomics un depozit de date de simulări de dinamică moleculară și analize ale proteinelor reprezentând toate familiile cunoscute de pliuri proteice JenaLib the Jena Library of Biological Macromolecules are ca scop o mai bună diseminare a informațiilor privind structurile tridimensionale ale biopolimerilor, cu accent pe vizualizare și analiză. ModBase o bază de date de modele proteice tridimensionale calculate prin modelare comparativă OCA un browser-bază de date pentru structura/funcția proteinelor – OCA integrează informații din KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt și altele. OPM oferă poziții spațiale ale structurilor tridimensionale ale proteinelor în raport cu bistratul lipidic. PDB Lite derivat din OCA, PDB Lite a fost furnizat pentru a face cât mai ușoară găsirea și vizualizarea unei macromolecule în cadrul PDB PDBsum oferă o imagine de ansamblu a structurilor macromoleculare din PDB, oferind diagrame schematice ale moleculelor din fiecare structură și ale interacțiunilor dintre ele PDBTM the Protein Data Bank of Transmembrane Proteins – o selecție din PDB. PDBWiki o bază de cunoștințe adnotată de comunitate a structurilor moleculare biologice ProtCID Protein Common Interface Database (ProtCID) este o bază de date a interfețelor proteice-proteice similare din structurile cristaline ale proteinelor omoloage. Protein baza de date a proteinelor NIH, o colecție de secvențe din mai multe surse, inclusiv traduceri din regiunile de codificare adnotate din GenBank, RefSeq și Third Party Annotation, precum și înregistrări din SwissProt, PIR, PRF și PDB Proteopedia enciclopedia 3D colaborativă a proteinelor și a altor molecule. Un wiki care conține o pagină pentru fiecare intrare din PDB (>100.000 de pagini), cu o vizualizare Jmol care evidențiază situsurile funcționale și liganzii. Oferă un instrument de creare a scenelor ușor de utilizat, astfel încât nu trebuie să învățați limbajul de script Jmol pentru a crea scene moleculare personalizate. Scenele personalizate sunt ușor de atașat la “legături verzi” în text descriptiv care afișează acele scene în Jmol. ProteinLounge o bază de date de proteine care include imagini ale structurii proteinelor. De asemenea, include căi de proteine și secvențe de gene, inclusiv alte instrumente. SCOP the Structural Classification of Proteins o descriere detaliată și cuprinzătoare a relațiilor structurale și evolutive dintre toate proteinele a căror structură este cunoscută. SWISS-MODEL Repository o bază de date de modele de proteine adnotate, calculate prin modelare prin homologie TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – un wiki conceput pentru a colecta, partaja și distribui informații despre structurile tridimensionale ale proteinelor.