Biosfera este dominată de microorganisme, însă majoritatea microbilor nu au fost cercetați științific. Diverse studii din ultimul deceniu au demonstrat că majoritatea bacteriilor din orice habitat rămân necultivabile. În consecință, metagenomica, o metodă independentă de cultură, a apărut ca un instrument puternic, care oferă o mai bună înțelegere a structurii comunității și a importanței fiziologice a acestora în ecosistem. Metagenomica este analiza genomică a unei populații de microorganisme, fie prin identificarea secvențelor de gene bazate pe funcții (metagenomică funcțională), fie prin identificarea funcțiilor bazate pe secvențe (metagenomică de secvențe). Inițial, costul ridicat al secvențierii a permis extinderea metagenomicii doar în direcția identificării de gene sau căi noi folosind abordarea metagenomică funcțională. Apariția platformelor economice de secvențiere de generație următoare a accelerat ritmul proiectelor de secvențiere metagenomică și a permis decodificarea cadrului genetic al diferitelor microbiome și a inundat bazele de date cu seturi uriașe de date metagenomice. A devenit o provocare să se filtreze zgomotul din aceste seturi uriașe de date pentru a decodifica structura microbiomului și a prezice funcționarea microbiomului în competiția cu ecosistemul studiat. În consecință, au fost dezvoltate o serie de conducte de analiză software autonome sau online pentru a permite cercetătorilor să extragă informații biologice semnificative într-un interval de timp limitat. Capitolul curent se concentrează pe cadrul metagenomic, pe aplicațiile metagenomice și pe instrumentele de interpretare a datelor disponibile pentru a analiza seturile de date metagenomice. Conținutul acestui capitol va îmbogăți înțelegerea științifică a tinerilor cercetători care intenționează să execute descoperiri științifice bazate pe metagenomică.

.