Debido a que el PDB libera datos en el dominio público, los datos han sido utilizados en varias otras bases de datos de estructura de proteínas.

Ejemplos de bases de datos de estructuras de proteínas incluyen (en orden alfabético);

Database of Macromolecular Movements describe los movimientos que se producen en las proteínas y otras macromoléculas, en particular utilizando películas Dynameomics un almacén de datos de simulaciones de dinámica molecular y análisis de proteínas que representan todas las familias de pliegues de proteínas conocidas JenaLib la Biblioteca de Jena de Macromoléculas Biológicas tiene como objetivo una mejor difusión de la información sobre las estructuras tridimensionales de biopolímeros con un énfasis en la visualización y el análisis. ModBase una base de datos de modelos tridimensionales de proteínas calculados por modelización comparativa OCA una base de datos de navegación para la estructura/función de las proteínas – La OCA integra información de KEGG, OMIM, PDBselect, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt, y otros. OPM proporciona las posiciones espaciales de las estructuras tridimensionales de las proteínas con respecto a la bicapa lipídica. PDB Lite derivado de OCA, PDB Lite se proporcionó para facilitar al máximo la búsqueda y visualización de una macromolécula dentro del PDB PDBsum proporciona una visión general de las estructuras macromoleculares en el PDB, dando diagramas esquemáticos de las moléculas en cada estructura y de las interacciones entre ellas PDBTM el Banco de Datos de Proteínas Transmembrana – una selección del PDB. PDBWiki una base de conocimiento de estructuras moleculares biológicas anotada por la comunidad ProtCID La base de datos de interfaces comunes de proteínas (ProtCID) es una base de datos de interfaces proteína-proteína similares en estructuras de cristal de proteínas homólogas. Protein la base de datos de proteínas de los NIH, una colección de secuencias de varias fuentes, incluidas las traducciones de las regiones de codificación anotadas en GenBank, RefSeq y Third Party Annotation, así como registros de SwissProt, PIR, PRF y PDB Proteopedia la enciclopedia colaborativa en 3D de proteínas y otras moléculas. Una wiki que contiene una página para cada entrada de la PDB (>100.000 páginas), con una vista Jmol que destaca los sitios funcionales y los ligandos. Ofrece una herramienta de autoría de escenas fácil de usar para que no tenga que aprender el lenguaje de scripts Jmol para crear escenas moleculares personalizadas. Las escenas personalizadas se adjuntan fácilmente a “enlaces verdes” en texto descriptivo que muestran esas escenas en Jmol. ProteinLounge una base de datos de proteínas que incluye imágenes de la estructura de las proteínas. También incluye rutas de proteínas y secuencias de genes, así como otras herramientas. SCOP the Structural Classification of Proteins una descripción detallada y completa de las relaciones estructurales y evolutivas entre todas las proteínas cuya estructura se conoce. SWISS-MODEL Repository una base de datos de modelos de proteínas anotados y calculados por modelización homológica TOPSAN the Open Protein Structure Annotation Network – un wiki diseñado para recoger, compartir y distribuir información sobre estructuras tridimensionales de proteínas.