Este havde givet navn til Este-kulturen, en protohistorisk kultur, der eksisterede fra den sene italienske bronzealder (10.-9. århundrede f.Kr., protovenetisk fase) til den romerske periode (1. århundrede f.Kr.), og som var beliggende i det nuværende område af Veneto.
Giovanni Battista Tiepolo, Den hellige Thecla, der befrier byen Este fra pesten, 1758-59, i kirken Santa Tecla
I jernalderen var Este et vigtigt centrum for venetianerne, der efterlod en række indskrifter på grav- og votivgenstande.
I slutningen af det 3. århundrede f.Kr. faldt Este fredeligt ind under Roms herredømme og blev en romersk koloni under navnet Ateste. Da store dele af Norditalien fik romersk statsborgerskab i 49 f.Kr. blev borgerne i Este indskrevet i den romerske stamme Romilia. Efter slaget ved Actium bosatte kejser Augustus soldater fra Legio V Alaudae og Legio XI Claudia i området Este, der omfattede Galzignano Terme, Teolo, Lonigo, Noventa Vicentina, Trecenta, Pernumia, Monselice og Cinto Euganeo.
I senantikken blev Este ødelagt og reduceret til en landsby på landet på grund af barbariske invasioner, især Attilas invasion. Den opstod først igen efter det 10. århundrede, da Azzo II d’Este byggede et slot der og opkaldte sig selv og sin familie efter det og grundlagde huset Este. Huset Este skulle beholde byen indtil 1240, hvor det flyttede sin hovedstad til Ferrara. Este blev i mellemtiden erobret to gange af Ezzelino da Romano III, i 1238 og 1249. Den blev i løbet af det 14. århundrede omstridt af Scaligeri, Carraresi og Visconti, indtil den spontant overgav sig til Venedig i 1405.
Under Republikken Venedig gennemgik Este en periode med økonomisk vækst, som kun blev afbrudt af pesten i 1630.
Efter republikkens fald i 1797 og Napoleonskrigene blev byen, sammen med hele Veneto-regionen, en del af det østrigske kejserrige, indtil den blev annekteret af Kongeriget Italien som følge af den tredje uafhængighedskrig i 1866.