Akt I

Musicalen indledes med, at ensemblet giver et resumé af Alexander Hamiltons barndom i midten af det 18. århundrede, før den amerikanske revolution. Forskellige castmedlemmer beskriver, hvordan en række ulykker satte Hamilton på vej til berømmelse. Efter at en orkan ødelagde hans ø, hans mor døde, og hans far forlod ham, skrev Hamilton om sin traumatiske oplevelse. Folk fra hans ø, som var imponerede over hans sproglige færdigheder, samlede penge ind for at sende ham til Amerika for at få en uddannelse. Efter at publikum er blevet orienteret om denne redegørelse, begynder det egentlige stykke.

Da den ambitiøse unge Hamilton ankommer til New York, opsøger han Aaron Burr og beder om råd om at få et hurtigere studieforløb, ligesom Burr gjorde. Burr råder Hamilton til ikke at tale så meget, men Hamilton insisterer på, at han taler så meget, fordi han har lidenskabelige meninger. De to karakterer er etableret som hinandens fjender; hvor Hamilton er pågående, åbenhjertig og påståelig, er Burr forsigtig, strategisk og mindre principfast. Da de to nye bekendtskaber går på en bar, møder de John Laurens, Hercules Mulligan og Marquis de Lafayette. Alle undtagen Burr er begejstrede for den forestående amerikanske revolution, og de jubler: “Hæv et glas på friheden.”

Dernæst præsenteres vi for søstrene Schuyler, der vandrer gennem New Yorks centrum og nyder spændingen ved de skiftende sociale strømninger. Aaron Burr lægger an på Angelica, men hun afviser ham. Hun erklærer derefter, at hun har læst Thomas Paines Common Sense, og at hun leder efter en “åbenbaring”, der udtrykker et ønske om kvindelig ligestilling.

Vi møder loyalisten Samuel Seabury, en bonde, der fordømmer den revolutionære kontinentalkongres (og alle patrioter i almindelighed). Da han møder landmanden, kritiserer Hamilton Seabury’s fordømmelser. En besked fra kong George ankommer til Amerika og advarer kolonisterne om, at kongen vil gøre alt, hvad der er nødvendigt for at holde kolonierne under sin kontrol. Kongen sender general Howe og 30.000 soldater til New Yorks havn og udfordrer koloniamerikanernes ønske om uafhængighed.

Næst præsenteres vi for general George Washington, som erkender, at kolonisterne er i alvorlig underlegenhed over for de britiske tropper. Han er frustreret over, at oprørernes tropper bliver ved med at trække sig tilbage. Da Hamilton stjæler de engelske troppers kanoner og viser, at han er villig til at tage risici og bryde reglerne til fordel for Amerika, vinder han Washingtons gunst. I mellemtiden præsenterer Aaron Burr sig selv for Washington og tilbyder hjælp og råd, men ender med at fornærme Washington ved at kritisere kolonialtroppernes nuværende tilstand. Washington beder Hamilton om at hjælpe ham med krigsplaner, og Hamilton rekrutterer John Laurens, Hercules Mulligan og Lafayette til at hjælpe oprørerne. Han sætter Mulligan på den britiske side som spion og skriver til kongressen for at overtale dem til at sende forsyninger. Han ønsker at bruge et overraskelseselement til at besejre briterne.

Et stykke tid senere er Aaron Burr og Alexander Hamilton til et vinterbal, og Burr fortæller Hamilton, at hvis han gifter sig med en Schuyler-søster, vil han blive rig. Eliza Schuyler ser Hamilton og bliver forelsket i ham ved første blik. Hun fortæller sin søster Angelica, at Hamilton er den eneste ene, så Angelica præsenterer dem for hinanden. Alexander og Eliza skriver kærlighedsbreve i de næste to uger og bliver derefter forlovet.

På bryllupsdagen afslører Angelica for publikum, at hun også er forelsket i Alexander, men gav ham til Eliza, fordi han var fattig, og det forventedes, at hun skulle gifte sig med en rig, og fordi hun vidste, at Eliza var forelsket i ham. Da Hamiltons venner lykønsker Hamilton med hans bryllup, spørger de Burr om en kvinde, han har “on the side”. Burr indrømmer, at han elsker en kvinde ved navn Theodosia, som er gift med en britisk officer. Hamilton siger til ham, at han skal gå efter hende, men Burr siger, at han er “villig til at vente på det”. Burr sammenligner sit liv med Hamiltons og bemærker, at “Hamilton står over for en uendelig op ad bakke”, og han “spilder ingen tid”, men Burr vil vente med at handle, før han ser, hvad hans eget formål er.

Spå et senere tidspunkt er de amerikanske tropper faretruende fattige på forsyninger. Washington planlægger et overraskelsesangreb om natten mod briterne, idet han håber på hjælp fra franskmændene. Washington gør Charles Lee til næstkommanderende, men Lee viser sig at være ude af stand til at lede en hær. Da Lee kritiserer Washington, udfordrer Laurens Lee til en duel, selv om Washington har forbudt det. I duellen skyder Laurens Lee i siden, så Lee overgiver sig. Washington er vred på Hamilton, der fungerede som Laurens’ nummer to. Da Hamilton insisterer på, at han skal være chef for en bataljon, er Washington uenig og siger, at det er for risikabelt, og at han har brug for Hamilton for at holde sig i live og sender ham hjem.

Når Hamilton kommer hjem, fortæller Eliza ham, at hun er gravid, og at hun har skrevet til Washington og bedt ham sende Hamilton hjem. I mellemtiden sikrer Lafayette sig hjælp fra Frankrig, hvilket sikrer, at kolonisterne vil være i stand til at besejre briterne ved Yorktown. Washington inviterer Hamilton tilbage og tilbyder ham en stilling som kommandant.

1781-Slaget ved Yorktown. Hamilton, der er bekymret for muligheden for et vildfarent, utilsigtet skud, beordrer sine mænd til at fjerne kuglerne fra deres geværer, da de foretager et overraskelsesangreb. Efter en uges kampe overgiver briterne sig. Kong George vender tilbage på scenen for at gentage sine advarsler og udfordrer Amerika: “Hvad kommer det næste?” Han fortæller dem, at de ikke ved, hvordan man leder eller er uafhængige.

Aaron Burr, som har giftet sig med den kvinde, som han havde en affære med efter hendes mands død, møder sit første og eneste barn, en datter ved navn Theodosia. Samtidig møder Hamilton sin søn, Philip. De to nye forældre har det samme håb om, at de kan opbygge et land, som deres respektive barn kan “blive voksent med”. Begge vender tilbage til New York for at studere jura, men Hamilton gør langt større og hurtigere fremskridt end Burr, han bliver advokat og arbejder på den allerførste mordsag i det uafhængige Amerika. På grund af hans talenter bliver Hamilton udvalgt til at deltage i forfatningskonventet, en gruppe, der har til opgave at udforme den juridiske ramme for den nye nation. Han dukker op i Burrs hus midt om natten og spørger, om han vil hjælpe med at forsvare den nye forfatning, idet han indrømmer, at Burr er en bedre advokat end ham. Da Burr nægter at hjælpe med at skrive Federalist Papers, kritiserer Alexander ham for aldrig at have en mening og altid at stå ved siden af. Senere rekrutterer Hamilton John Jay og James Madison til at hjælpe med at skrive dokumenterne. Washington beder Hamilton om at lede det nationale finansministerium. Angelica fortæller Alexander, at hun har giftet sig med en rig mand og tilbringer tid med ham i London i et stykke tid.

Akt II

Vi møder Thomas Jefferson, der har været ambassadør i Frankrig, i udlandet under hele krigen. Han vender tilbage til sit hjem i Monticello, en plantage i Virginia. Washington har bedt ham om at blive udenrigsminister, og han er allerede godkendt af Senatet, da han vender tilbage. Han tager til New York City, hvor James Madison beder ham om at hjælpe med at stoppe Hamiltons finansplan, som han mener, ville give for meget regeringskontrol. Hamilton ønsker, at den føderale regering skal “overtage statsgælden og oprette en nationalbank”. Jefferson og Hamilton diskuterer planen. Jefferson argumenterer, at eftersom nogle stater, som f.eks. Virginia, allerede har betalt deres krigsgæld, bør de ikke også skulle betale for andre staters gæld. Han påpeger også, at da Amerika netop er sluppet fra en regering med for mange skatter, giver det ikke mening, at de skulle ønske at indføre føderale skatter i Amerika. Hamilton svarer, at en overtagelse af gælden ville gøre Amerika rigere i det lange løb, og fordømmer derefter Jefferson for at støtte slavearbejde i Sydstaterne. Washington fortæller Hamilton, at han er nødt til at finde et kompromis og få mere godkendelse fra kongressen, ellers vil han højst sandsynligt blive bedt om at forlade Washingtons kabinet.

Eliza bønfalder Hamilton om at tage en pause fra arbejdet. Hun og Angelica tager op i staten om sommeren, og de ønsker, at han tager med dem, men Hamilton insisterer på, at han ikke kan holde ferie med dem, fordi han skal få sin plan igennem Kongressen.

Når Eliza og Angelica er væk om sommeren, møder Hamilton Maria Reynolds, som appellerer til Hamilton om hjælp, idet hun hævder, at hun bliver mishandlet af sin mand, James Reynolds. Alexander låner hende nogle penge og følger hende hjem. Da hun tilbyder sig selv til Hamilton, indleder de to en affære, der varer en måned. Kort efter modtager Hamilton et brev fra Marias mand, hvori han afpresses af Marias mand. Hamilton betaler James Reynolds for ikke at fortælle nogen (især Eliza) om affæren.

Senere holder Hamilton, Jefferson og Washington et privat møde for at drøfte Hamiltons økonomiske plan. Jefferson og Washington er enige i planen, så længe den nationale hovedstad, som på det tidspunkt lå i New York City, flyttes længere sydpå (lige nord for Virginia, til det nuværende Washington D.C.). Aaron Burr beklager, at han ikke var til stede i rummet, da aftalen fandt sted. James Madison, som arbejdede sammen med Jefferson, skaffer de stemmer, som Hamilton har brug for for at få sin aftale igennem kongressen.

Aaron Burr besejrer Elizas far, Philip Schuyler, i et senatsvalg og skifter til det demokratiske republikanske parti for at vinde. Hamilton betragter Burrs kandidatur mod Schuyler som et personligt angreb, men Burr insisterer på, at han blot benyttede en mulighed for at fremme sin karriere.

Kongressen debatterer, om han skal hjælpe franske borgere i deres revolutionskrig eller ej. Jefferson argumenterer for, at Frankrig ydede hjælp under den amerikanske revolution, og at Amerika lovede at hjælpe Frankrig. Han uddyber sit argument ved at sige, at Frankrig ikke bad om land, men kun om hjælp til deres revolution. Hamilton svarer, at Frankrig er alt for rodet efter at have været igennem deres egen revolution, så det kunne skade Amerika at blive involveret. Han argumenterer også for, at Amerika modtog hjælp fra og underskrev en traktat med kongen, som nu er død. Washington er enig med Hamilton i, at det franske folk ikke ved, hvem der skal lede dem i kølvandet på revolutionen, hvilket gør situationen for farlig. Jefferson beskylder Hamilton for at forråde Lafayette. Burr, Jefferson og Madison er oprørte over, at Hamilton “fik Washington i lommen”. De tre bliver enige om at forsøge at finde noget snavs på Hamilton ved at følge pengene til og fra statskassen for at se, hvor de går hen.

Washington fortæller Hamilton, at Jefferson er trådt tilbage fra kabinettet for at stille op til præsidentvalget, og at Washington trækker sig tilbage. Men John Adams vinder præsidentposten og fyrer Hamilton med det samme. Hamilton udgiver et svar, hvori han kritiserer Adams. I mellemtiden opdager Burr, Jefferson og Madison Hamiltons betalinger til James Reynolds, som de mener er beviser på en slags ulovlig politisk aftale. Hamilton beviser over for mændene, at han ikke har brugt statskassens penge, og at han betalte for at dække over en sexskandale. Han er bekymret for, hvad hans modstandere kunne gøre med disse oplysninger, og udgiver derfor “The Reynolds Pamphlet”, hvori han offentligt indrømmer affæren. Angelica konfronterer Alexander om pamfletten og fortæller ham, at hun står ved Elisas side. Da hun finder ud af det, brænder Eliza de breve, hun skrev til Hamilton, for at bevare sit privatliv og for at skrive sig selv ud af den historiske “fortælling.”

Senere forsvarer Philip, Hamiltons søn, sin far mod kritikken fra en anden ung mand, George Eacker. Philip udfordrer Eacker til en duel, og Hamilton råder sin søn til at affyre sin pistol i luften, når det kommer til stykket. Ved duellen begynder Philip at gøre, som hans far har sagt, men Eacker skyder før tælling til ti og rammer Philip lige over hoften. Eliza og Alexander er begge ved Philips side, da han dør på hospitalet. Efter tragedien forsoner de to sig.

Valget i 1800. Amerikanerne er skuffede over Adams’ præsidentskab. Jefferson og Burr stiller begge op mod ham. Da det står klart, at Adams ikke vil blive præsident, står valget mellem Jefferson og Burr. Madison foreslår, at Jefferson skal forsøge at få en opbakning fra Hamilton. Burr fører åbenlyst kampagne mod Jefferson, hvilket var uhørt på den tid. Da tiden er inde, ser det føderalistiske parti på Hamilton for at se, hvilken vej de skal stemme. Hamilton støtter Jefferson og udtaler: “Jefferson har overbevisninger, Burr har ingen.” Burr er vred og udfordrer Hamilton til en duel.

Ved duellen er Burr paranoid over, at Hamilton er ude på at slå ham ihjel. Han bemærker, at Hamilton “metodisk fiflede med aftrækkeren”, og at han havde sine briller på “for at sigte dødbringende”. Selv om Hamilton peger sin pistol mod himlen, præcis som han bad sin søn om, skyder Burr ham. I en monolog overvejer Hamilton den arv, han efterlader sig, og sin nært forestående død. Burr fortryder at have dræbt Hamilton og siger: “Verden var bred nok til både Hamilton og mig”. Både Eliza og Angelica er ved Hamiltons side, da han dør.

Musicalen slutter med, at Eliza fortæller historien om grundlæggerne. Hun fortæller, hvordan hun lever 50 år længere end Hamilton og arbejder for at opretholde hans arv. Hun åbner et børnehjem i hans navn og synger sangen “Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story”.”