Historien begynder i kølvandet på de fire indledende serier med Superman, Wonder Woman og Batman i strid, JLA’s vagttårn er ødelagt, og verdens helte står alle over for en række forskellige trusler. På denne baggrund flygter Kal-L (Earth-Two Superman) sammen med Earth-Two’s Lois Lane, Earth-Threes Alexander Luthor og Superboy-Prime fra det lommeunivers, hvortil de oprindeligt var flygtet ved afslutningen af Crisis on Infinite Earths. Kal-L opsøger sin kusine, Power Girl, som også er en overlevende fra Earth-Two. I den tro, at Lois’ helbred vil blive bedre i hendes hjemverden, håber han at kunne erstatte den nuværende Jord med Earth-Two, som han anser for perfekt.
Kal-L forsøger at få Batmans støtte, idet han hævder, at Post-Crisis Earth’s iboende “dårlige” natur var skyld i Batmans nylige mistillid og fjendtlighed. Batman nægter og forsøger at bruge sin Kryptonitring. Dette mislykkes, da Kryptonitten ikke er hjemmehørende i Kal-L’s univers, og Superman ødelægger den med sit varmesyn. Bagefter erfarer Batman, at Superboy-Prime ødelagde JLA’s vagttårn.
Alexander afslører for Power Girl, at han og Superboy-Prime havde forladt deres “paradis” i nogen tid og manipuleret begivenhederne for at hjælpe med at skabe en interdimensionel stemmegaffel. Ved hjælp af Anti-Monitor’s rester og tilfangetagne helte og skurke, der er specielt indstillet på tidligere universer (Power Girl er blandt dem, efter at Superboy-Prime slår hende ud), genopretter Alex Earth-Two, der er ubeboet bortset fra de Earth-Two helte, der blev transporteret dertil.
Superboy-Prime angriber Conner Kent, denne verdens Superboy. Flere superteams griber ind. Superboy-Prime dræber ved et uheld flere helte, før Flashes og Kid Flash tvinger ham ind i Speed Force med hjælp fra de speedsters, der allerede befinder sig i den. Jay Garrick, den eneste speedster, der er tilbage, siger, at Speed Force nu er væk.
I sit ønske om at skabe en perfekt verden genopretter Alexander mange alternative jordkloder. Da Earth-Two Lois endelig dør af alderdom, kæmper en vred Kal-L og den yngre Post-Crisis Superman Kal-El, indtil Wonder Woman skiller dem ad. Bart Allen (iført Barry Allens kostume og blevet voksen) dukker op fra Speed Force og advarer om, at han og de andre speedsters ikke kunne holde Superboy-Prime tilbage, som vender tilbage iført en Anti-Monitor-inspireret rustning, der lagrer gul solstråling for at styrke ham og gøre ham endnu stærkere.
Batmans angrebsstyrke ødelægger Brother Eye, en satellit-AI skabt af Batman, der var gået på afveje og var begyndt at forvandle civile til nano-inficerede robotter, der er gearet til at jage og udrydde supers. Alexander udvælger og sammensmelter alternative jordkloder og forsøger at skabe en “perfekt” jord, indtil Firestorm blokerer hans bestræbelser. Conner, Nightwing og Wonder Girl løslader tårnets fanger. Conner og Superboy-Prime kæmper mod hinanden og støder ind i tårnet og ødelægger det. De mange jordkloder genforenes til en “ny jord”, da Conner dør i Wonder Girls arme. Power Girl ankommer snart og spørger Kal-El, hvad der er sket med Lois. Svaret får hende til at bryde sammen, hvilket får hende til at spørge Kal-El om hvorfor. Han svarer hende ganske enkelt og fortæller hende, at det var fordi han valgte den forkerte Superboy at fordømme og den forkerte Superboy at tolerere.
Da en horde af superskurke angriber Metropolis, flyver helte, nuværende og pensionerede, af sted til undsætning, og de får selskab af nationalgarden. Kampen resulterer i adskillige dødsfald på begge sider, herunder mange af Superboy-Prime selv, som dræber både skurke og helte. Under kampen tager Superboy-Prime af sted for at ødelægge Oa og planlægger at ødelægge universet i et big bang og genskabe det med sig selv som den eneste superhelt. Superboy-Prime bliver bremset af en 300 mil tyk væg af viljestyrke skabt af Green Lantern Corps, men han dræber toogtredive Green Lanterns, før Kal-L og Kal-El bærer ham mod det, der er tilbage af Krypton. Det er i bund og grund en enorm sky af kryptonit. Supermændene flyver Superboy gennem Kryptons røde sol, Rao, hvilket ødelægger hans rustning og får alle tre kryptonieres kræfter til at svækkes. De falder ned på den følende planet (og Green Lantern Corps-medlem) Mogo og kæmper. Kal-El slår til sidst Superboy-Prime ud, og den ældre Superman Kal-L dør af sine kvæstelser i armene på sin kusine, Power Girl.
Tilbage på Jorden overvejer Batman, der kæmper med Superboys død og Nightwings alvorlige kvæstelser, som han pådrog sig under kampen i Metropolis, at skyde Alex. Batman bliver afledt af Wonder Woman. Det lykkes Alex at flygte.
Wonder Woman, Batman og Superman mødes senere i Gotham City. Wonder Woman planlægger at finde ud af, hvem hun er. Batman planlægger en lignende selvopdagelsesrejse, hvor han genbesøger sin ungdoms træning, denne gang med Dick Grayson, der nu er blevet raskere, og med Tim Drake i selskab med ham. Superman trækker sig tilbage fra superheltene, indtil hans kræfter vender tilbage.
I et skjul i en gyde i Gotham City og i færd med at lægge nye planer, bliver Alexander Luthor fundet af Lex Luthor og Jokeren. Jokeren lemlæster Alexander ved at sprøjte syre på hans ansigt, derefter elektrificerer han det og til sidst dræber han Alexander ved at skyde ham, mens Lex håner ham for at have begået de fejltagelser, herunder ikke at lade Jokeren spille med i det hemmelige selskab og undervurdere Lex.
The Green Lantern Corps fængsler Superboy-Prime inde i en rød Sun-Eater. Serien slutter med at han skærer et S ind i sit bryst med sine bare hænder og erklærer, at han er undsluppet fra værre fængsler end dette.