C.D. Guadalajara
Hernández begyndte at spille for C.D. Guadalajaras lavere divisionshold, “Chivas” Coras i Tepic, Nayarit, i sæsonen 2005-06. Han fik sin debut for Guadalajara i Apertura 2006 i en sejr over Club Necaxa på Estadio Jalisco. Da stillingen var 3-0, kom Hernández ind som indskifter for Omar Bravo i det 82. minut, hvorefter han fem minutter senere scorede kampens fjerde mål. Det var hans eneste mål i syv optrædener i 2006-07. Han spillede yderligere seks kampe i 2007-08 uden at score.
Hernández spillede ti kampe i Apertura 2008 uden at score, men han scorede fire mål i femten kampe i Clausura 2009. I Apertura 2009 sluttede Hernández som delt tredje bedste målscorer med elleve mål i sytten optrædener. Han indledte Torneo Bicentenario 2010 med otte mål i fem kampe. Han sluttede som delt topscorer i Torneo Bicentenario 2010 med ti mål i elleve kampe og efter at have tilbragt fem kampe uden at spille på grund af en skade, som han pådrog sig. Han vandt også prisen som turneringens bedste angriber.
Manchester United
Transfer
Play media
Manchester United blev første gang gjort opmærksom på Hernández i oktober 2009; en talentspejder tog til Mexico i december samme år og rapporterede positivt efter at have set et par kampe. På grund af Hernández’ alder havde klubben oprindeligt planlagt at vente med at skrive under med ham, men hans potentielle deltagelse med landsholdet ved VM pressede klubben til at fremsætte et bud. Uniteds chefscout, Jim Lawlor, blev sendt til Mexico i tre uger i februar og marts for at se Hernández og afleverede endnu en positiv rapport om ham, inden klubbens advokat tog over til Mexico for at færdiggøre papirarbejdet.
Den 8. april 2010 indgik Hernández en aftale om at skrive under for Manchester United for et ikke oplyst beløb, med forbehold af en ansøgning om arbejdstilladelse. Dagen før havde Hernández været til stede ved Manchester Uniteds kvartfinalesejr i Champions League over Bayern München på Old Trafford. Handlen blev gennemført i fuld hemmelighed; Hernández’ agent blev holdt i uvidenhed, ligesom hans bedstefar Tomás Balcázar, der troede, at Hernández skulle på en tur til Atlanta i USA. Som en del af aftalen spillede United en venskabskamp mod C.D. Guadalajara for at åbne den mexicanske klubs nye stadion den 30. juli. Den 27. maj blev arbejdstilladelsen givet, hvilket gjorde det muligt at gøre transferen officiel den 1. juli.
2010-11-sæsonen
Hernández fik sin United-debut den 28. juli, da han kom ind som indskifter i det 63. minut for Nani i MLS All-Star Game 2010 på NRG Stadium, Houston; Han scorede sit første mål for klubben 18 minutter senere, da han lobbede bolden over Nick Rimando fra lige uden for feltet efter en lang gennemløbende bold fra Darren Fletcher. To dage senere scorede Hernández mod Manchester United, mens han spillede i en venskabskamp for sin tidligere klub, C.D. Guadalajara, og scorede det indvielsesmål på deres nybyggede stadion; han startede kampen i en Chivas-trøje og scorede det første mål efter blot otte minutter. Han skiftede side i pausen, men han kunne ikke forhindre et 3-2 nederlag til Manchester United. Han scorede for tredje pre-season-kamp i træk, da han nettede i en 7-1-sejr over en League of Ireland XI på det nybyggede Aviva Stadium den 4. august.
Hernández fik sin debut i en konkurrencekamp den 8. august og scorede i den forbindelse sit første mål, idet han nettede Uniteds andet mål i en 3-1-sejr over Chelsea i FA Community Shield 2010. Han kom ind i starten af anden halvleg og fik fat i en aflevering fra Antonio Valencia, inden mexicanerens skud afbøjede fra hans eget ansigt og gik i nettet. Den 16. august fik Hernández sin Premier League-debut, da han erstattede Wayne Rooney i det 63. minut i deres 3-0-sejr på hjemmebane over Newcastle United. Han scorede sit første Champions League-mål den 29. september, da han kom ind fra bænken og scorede det eneste mål i en sejr på udebane over Valencia. Han scorede sit første ligamål for United i en uafgjort 2-2-hjemmekamp mod West Bromwich Albion den 16. oktober. Otte dage senere scorede han sit første dobbeltmål for klubben, også hans første udebanemål i ligaen, i en 2-1-sejr på udebane over Stoke City. To dage efter denne opvisning kom han fra bænken og scorede et sejrsmål i sidste minut, hans første League Cup-mål nogensinde, i en 3-2-sejr over Wolves, som sendte dem videre til kvartfinalen, hvor de så blev slået ud af West Ham United. Den 1. januar 2011 kom han ind fra bænken og headede sejrsmålet i en 2-1-sejr på udebane over West Bromwich Albion. Hernández blev den mest scorende mexicaner i Premier Leagues historie efter at have åbnet målscoringen i en 2-1-hjemmesejr over Stoke City den 4. januar.
Den 25. januar scorede Hernández det udlignende mål i en 3-2-comeback-sejr på udebane over Blackpool. Fire dage senere scorede han sit første FA Cup-mål, da han nettede sejrsmålet i en 2-1-sejr på udebane over Southampton. Hernández nettede to gange i en 4-0-sejr på udebane over Wigan den 26. februar. Otte dage senere scorede han et sent trøstemål i et 3-1-derbynederlag ude mod Liverpool. Hernández nettede to gange i en 2-1-sejr hjemme over Marseille den 15. marts, hvilket sendte United videre til kvartfinalerne i Champions League. Den 2. april scorede han det sidste mål mod West Ham United, da de kom fra et to-målsunderskud til en 4-2-sejr på udebane. Den 8. april blev Hernández afsløret som en kandidat til prisen PFA Young Player of the Year sammen med holdkammeraten Nani. Fire dage senere åbnede han målscoringen i kvartfinalesejren på 2-1 over Chelsea i Champions League, hvor kampen endte 3-1 samlet set, hvilket sendte United videre til semifinalen. Han fortsatte sin målform den 23. april ved at score sejrsmålet med et hovedstød i 1-0-hjemmesejren over Everton.
Den 8. maj scorede Hernández åbningsmålet i en 2-1-hjemmesejr over Chelsea efter blot 36 sekunder, så United var et point fra at vinde titlen. Målet mod Chelsea gjorde ham til den første spiller siden Ruud van Nistelrooy i 2001-02-sæsonen til at score 20 mål for klubben i sin debutsæson. Hernández kronede sin debutsæson i Manchester United med at vinde prisen Sir Matt Busby Player of the Year den 18. maj, som blev valgt af fansene. Den 28. maj spillede Hernández alle 90 minutter i nederlaget på 3-1 til Barcelona i Champions League-finalen mod Barcelona. Den 5. juli 2011 kårede International Federation of Football History and Statistics Hernández som “World Goalgetter 2011” med 13 mål foran andre spillere som Cristiano Ronaldo, Giuseppe Rossi og Lionel Messi.
2011-12-sæsonen
Efter at have deltaget i CONCACAF Gold Cup 2011 med Mexico vendte Hernández tilbage til Manchester United for at begynde pre-season-træningen i New York forud for MLS All-Star Game 2011. Den 26. juli 2011 blev han bragt på hospitalet efter at have fået en mindre hjernerystelse, efter at han var blevet ramt i hovedet med en bold under en træning; han blev udskrevet dagen efter, men deltog ikke i kampen.
Den 28. juli 2011 blev det rapporteret, at Rafael Ortega, lægen hos C.D. Guadalajara, informerede Manchester United om, at Hernández led af en allerede eksisterende neurologisk lidelse. Ortega forklarede også, at Hernández havde lidt af “akut migræne og “hovedpine” som teenager. Han deltog ikke i nogen af Uniteds kampe før sæsonen og heller ikke i FA Community Shield i 2011. Han gik også glip af Uniteds sæsonåbningskamp mod West Bromwich Albion.
Hernández fik sin første optræden i 2011-12-sæsonen den 22. august i en 3-0-sejr mod Tottenham Hotspur, hvor han kom ind fra bænken i stedet for Danny Welbeck i det 79. minut. Han vendte tilbage til startopstillingen den 10. september mod Bolton Wanderers, hvor han scorede to gange i en 5-0-sejr. Den 15. oktober 2011 kom Hernández ind fra udskiftningsbænken og scorede den afgørende udligning mod Liverpool på Anfield i 1-1-opgøret. I det 81. minut spillede Hernández på Danny Welbecks stikning efter et hjørne for at snige sig ind og headede udligningen ind.
Hernández underskrev den 24. oktober en ny femårig kontrakt, der binder ham til Manchester United indtil 2016. Dagen efter blev det meddelt, at Hernández var kommet på langlisten til dette års FIFA Ballon d’Or. Hernández scorede sit fjerde ligamål i sæsonen og sejrsmålet mod Everton på Goodison Park i en 1-0-sejr den 29. oktober. Derefter scorede han sit femte ligamål i sæsonen og sejrsmålet i Uniteds næste udekamp mod Swansea City, en 1-0-sejr. Hernández scorede igen i den følgende kamp hjemme mod Newcastle United, da Wayne Rooneys skud blev blokeret af en forsvarsspiller og prellede tilbage fra Hernández og ind i nettet. Han blev derefter båret af banen tidligt i Uniteds næste ligakamp ude mod Aston Villa, da han tilsyneladende gik omkuld på sin ankel uden en udfordring fra en modstander. Efter kampen sagde manager Sir Alex Ferguson, at Hernández havde pådraget sig en ledbåndsskade i anklen og ville være ude i op til fire uger. Den 18. december vendte Hernández overraskende tidligt tilbage mod Queens Park Rangers. Han blev indskiftet i det 63. minut i stedet for Danny Welbeck i Uniteds 2-0-sejr på Loftus Road.
Den 31. januar 2012 scorede Hernández sit første mål siden november og sit syvende mål i sæsonen i en 2-0-ligasejr på Old Trafford mod Stoke City, hvor han scorede det første af to straffespark. Hernández fortsatte sin målform den 5. februar på Stamford Bridge mod Chelsea, hvor han scorede det tredje mål i et comeback med tre mål, da han headede en tværpasning fra Ryan Giggs ind på mål. Den 16. februar scorede Hernández sit første mål i Europa League, i en 2-0-sejr på udebane mod Ajax i ottendedelsfinalen. Han scorede igen i returkampen på Old Trafford den 23. februar, men denne gang i et 2-1-nederlag på hjemmebane. United vandt dog stadig uafgjort 3-2 efter sammenlagt resultat. Den 18. marts scorede Hernández to gange i en 5-0-sejr over Wolverhampton Wanderers.
2012-13-sæsonen
Hernández indledte sin tredje sæson med United den 2. september 2012, da han kom ind som indskifter i 72. minut for Danny Welbeck i en 3-2-sejr mod Southampton. Den 15. september blev han nævnt i startelleveren i kampen mod Wigan Athletic, hvor han spillede alle 90 minutter. På trods af at Wigan-målmand Ali Al-Habsi reddede et straffespark i det femte minut, scorede Hernández sit første mål i sæsonen, ligesom han assisterede til holdkammeraten Nick Powells mål i en 4-0-sejr. Den 23. oktober scorede Hernández et dobbeltmål i en 3-2-comebacksejr mod Braga i en Champions League-gruppespilskamp, efter at United havde været bagud 2-0 i første halvleg. Fem dage senere scorede han sejrsmålet mod det ni mand store Chelsea i en kontroversiel 3-2-sejr, efter at han blev anset for at have været i offsideposition, da han scorede målet.
Den 10. november 2012 kom Hernández ind som indskifter i anden halvleg og scorede to mål, da United kom fra 2-0 og slog Aston Villa med 2-3 på Villa Park. Ved kampens afslutning hævdede Hernández hattrick, men gengivelser viste, at hans skud til Uniteds andet mål blev ramt bredt, indtil det blev vendt i eget net af Villa-forsvareren Ron Vlaar. Den 24. november scorede han sit femte ligamål i sæsonen i en 3-1-hjemmesejr over Queens Park Rangers. Den 26. december scorede Hernández Uniteds fjerde mål i slutminutterne i en 4-3-sejr over Newcastle United på Old Trafford. Han indledte derefter 2013 med at score et dobbelt mål mod Wigan den 1. januar, hvilket hjalp United til en 4-0-sejr. Den 26. januar scorede Hernández endnu et dobbelt mål, denne gang i en FA Cup-kamp mod Fulham, som United vandt 4-1.
I en anden FA Cup-kamp mod Reading den 18. februar scorede Hernández i det 72. minut, hvilket gav United en 2-0-føring. Hans mål skulle ende med at blive en afgørende faktor, da United vandt kampen med 2-1. Selvom han startede inde i Uniteds 2-0 Premier League-sejr mod QPR den 23. februar 2013, scorede han ikke i kampen, og han scorede først igen den 10. marts i en anden FA Cup-kamp mod Chelsea, som endte uafgjort 2-2. Hernández åbnede målscoringen i manager Sir Alex Fergusons sidste hjemmekamp på Old Trafford mod Swansea City. Efter at et frispark ikke var blevet clearet, skød han ind fra seks meter i første halvleg og bragte United foran 1-0, i en kamp, som de vandt 2-1. Hernández scorede Uniteds sidste mål i sæsonen og det sidste mål i Ferguson-æraen, da han fra tæt hold bankede en tværpasning ind på 5-5 ude mod West Bromwich Albion på finaledagen.
2013-14-sæsonen
Hernández scorede sit første mål i sæsonen under den nye manager David Moyes den 25. september 2013, da han scorede det eneste mål i en hjemmesejr over rivalerne fra Liverpool i tredje runde af Liga Cuppen. Den 26. oktober, med sit første ligamål i sæsonen, headede han sejrsmålet, da de kom bagud og besejrede Stoke med 3-2 på Old Trafford. Tre dage senere scorede han et dobbelt mål – startende med et straffespark – i en 4-0 sejr mod Norwich City i næste runde af Liga Cuppen. I turneringens semifinale fremtvang hans mål efter Adnan Januzajs tværpasning i det sidste minut af tillægstiden en straffesparkskonkurrence, som United tabte til Sunderland.
Lån til Real Madrid
Den 1. september 2014 skrev Hernández under for Real Madrid på en sæsonlang låneaftale med option på køb ved lånets udløb. Han gennemgik et lægetjek og underskrev kontrakten samme dag.
Han fik sin debut i Madrid-derbyet den 13. september, hvor han erstattede Karim Benzema i de sidste 27 minutter, da holdet tabte 2-1 hjemme til Atlético Madrid. Den 19. september kom Hernández ind som indskifter i det 77. minut for Gareth Bale og scorede sine to første mål i en 8-2-sejr på udebane mod Deportivo de La Coruña.
Han scorede sejrsmålet den 22. april 2015 i 1-0-sejren over Atlético Madrid, som sendte Real Madrid i semifinalen i Champions League. Fire dage senere scorede Hernández et dobbeltmål i Madrids 2-4-sejr på udebane over Celta de Vigo.
Den 26. maj blev det annonceret, at Hernández ville vende tilbage til Manchester United efter afslutningen af sit lejeophold, efter at Real Madrid havde besluttet ikke at gøre låneopholdet til en permanent aftale.
Permanent exit fra Manchester United
Den 29. august 2015 blev det rapporteret, at Manchester United-manager Louis van Gaal havde fortalt Hernández, at han kunne forlade klubben inden transfervinduets lukning. Selv om han stadig havde et år tilbage af sin kontrakt, var det uklart, hvor stort et transferbeløb United ville kræve for ham.
Hernández spillede sin sidste kamp for Manchester United den 22. august i et resultatløst uafgjort resultat mod Newcastle United på Old Trafford. Han kom ind som indskifter i det 67. minut, hvor han erstattede Adnan Januzaj. Da han ofte kom ind som indskifter i sin tid i Manchester United, er Hernández’ minuttal pr. mål-forhold blandt de mest produktive i Premier Leagues historie.
Bayer Leverkusen
Den 31. august 2015 blev det annonceret, at Hernández havde underskrevet en treårig kontrakt med Bundesligaklubben Bayer Leverkusen for et uoplyst beløb, angiveligt £7,3 millioner.
2015-16-sæsonen
Hernández fik sin Bundesliga-debut som indskifter i det 58. minut i 1-0-nederlaget til Darmstadt 98 den 12. september. Fire dage senere scorede han sit første mål i Champions League-gruppespilskampen mod BATE Borisov, hvor han scorede det tredje mål i 4-1-sejren. Den 23. september scorede Hernández sit første Bundesliga-mål i Bayers 1-0-sejr over FSV Mainz, hvor han også blev kåret som Man of the Match. Den 20. oktober scorede Hernández sit første dobbeltmål for Leverkusen i deres 4-4-opgør mod Roma i Champions League. Han sluttede Champions League-gruppespillet med fem mål i seks kampe, men Bayer formåede ikke at kvalificere sig til knockout-fasen, idet han sluttede på tredjepladsen i gruppe E og røg ned i Europa League.
Hernández blev kåret som månedens spiller i Bundesligaen i november; en måned, hvor han scorede i et 2-1-nederlag hjemme til 1. FC Köln og to gange i 3-1 sejren hos Eintracht Frankfurt. Den 12. december scorede Hernández sit første hattrick i Leverkusens 5-0-sejr over Borussia Mönchengladbach, og dermed scorede han 15 mål i sine seneste 12 kampe og bragte sin måltotal op på 17 mål i 20 kampe. Han ville igen blive kåret som månedens Bundesliga-spiller i december.
Den 30. januar 2016, i Bayers anden kamp efter vinterpausen, scorede Hernández to gange i et 3-0-nederlag til Hannover 96 og registrerede dermed sit 20. og 21. mål i sæsonen. To dage senere blev han for tredje gang kåret som månedens spiller i Bundesligaen.
Hernández scorede og leverede en assist i Leverkusens 2-1-sejr over SC Hauenstein i første runde af DFB-Pokalen den 21. august 2016. To dage senere blev det meddelt, at Hernández ville gå glip af Bayers sæsonåbningskamp mod Borussia Mönchengladbach efter at have pådraget sig en brækket hånd. Den 17. september scorede Hernández sit første mål i Bundesliga-sæsonen i Eintracht Frankfurt, men han missede dog en chance for at udligne sent fra straffesparkspletten i 2-1-nederlaget. Ugen efter hos FSV Mainz 05 indkasserede Hernández et perfekt hattrick, der inkluderede et sejrsmål i overtiden, hvilket var det tredje hattrick i Bundesliga-sæsonen. Han blev senere kåret til månedens Bundesliga-spiller i september.
Den 28. januar 2017 scorede Hernández Bayer Leverkusens andet mål i 2-3-nederlaget til Borussia Mönchengladbach og afsluttede dermed sin stime på elleve kampe uden scoringer. Den 21. februar efter kampen mod Atlético Madrid blev Hernández den mexicanske spiller med flest kampe i Champions League med 47 kampe, hvilket overgik Rafael Márquez’ tidligere rekord på 46 kampe.
West Ham United
2017-18 sæson
Den 24. juli 2017 skiftede Hernández til den engelske klub West Ham United for et ikke offentliggjort beløb, der angiveligt skulle være omkring 16 millioner pund, og underskrev en treårig kontrakt. Han fik trøje nummer 17. Han fik sin debut for West Ham den 13. august, hvor han spillede alle 90 minutter i 4-0-nederlaget mod sin tidligere klub Manchester United på Old Trafford. Ugen efter scorede Hernández sine to første mål for West Ham i 3-2-nederlaget til Southampton.
I november pådrog Hernández sig en skade i hamstring under landsholdstjeneste med Mexico, og det blev rapporteret, at han ville være udelukket fra aktivitet i op til to uger. Efter fyringen af Slaven Bilić og udnævnelsen af David Moyes som manager var der frygt for, at Hernández ville blive udelukket i West Ham, ligesom han var det i Manchester United. Som svar herpå omtalte Moyes ham som en “topmålscorer” og “en genial afslutter”. I vinterens transfervindue var der rapporter om, at Hernández ville forlade klubben efter kun seks måneder, idet han blev sat i forbindelse med et skifte til den tyrkiske klub Beşiktaş samt en mulig tilbagevenden til Manchster United. Den 20. januar 2018 kom han fra bænken og scorede det udlignende mål for West Ham i 1-1 ligaopgøret mod Bournemouth og scorede dermed sit første mål siden oktober. Efter kampen roste Moyes Hernández’ præstation og sagde, at “vi havde brug for ham i dag”. Den 8. april i en ligakamp mod Chelsea scorede han i det 73. minut til 1-1. Det var niende gang, han scorede mod klubben.
2018-19-sæsonen
Den 28. august 2018 scorede Hernández West Hams tredje mål i tillægstiden i en 3-1-sejr over AFC Wimbledon i anden runde af EFL Cup’en. I september erklærede West Ham-manager Manuel Pellegrini, at Hernández led af kirtelfeber, hvilket fik ham til at gå glip af diverse kampe. Han ville komme sig og vende tilbage til træning i oktober. Den 3. november scorede han sit første Premier League-mål i sæsonen i West Hams 4-2-sejr over Burnley.
Den 22. februar 2019 scorede Hernández det udlignende mål i West Hams eventuelle 3-1-sejr over Fulham; ved første gennemsyn så det ud til, at han havde headet bolden ind fra en meter for at score, men gengivelser af målet så ud til at vise, at bolden prellede af på Hernández’ arm for at sætte bolden i nettet. Det var også hans 50. Premier League-mål i karrieren, hvilket gjorde ham til den første mexicaner til at nå denne milepæl. Han kom på måltavlen igen den 16. marts, da han kom ind som indskifter i anden halvleg og scorede to gange – herunder sejrsmålet i overtiden – for at sikre en 4-3-sejr i ligaen over Huddersfield.
2019-20 sæson
Forud for sæsonstarten fik han trøje nummer 9. Hernández scorede sit første mål i Premier League-sæsonen 2019-20 den 17. august 2019, da West Ham spillede uafgjort 1-1 mod Brighton på Falmer Stadium. Den 30. august afleverede Hernández en transferanmodning til West Ham og fløj til Spanien for at gennemføre et lægetjek forud for et foreslået skifte til Sevilla til 8 mio. euro.
Sevilla
Den 2. september 2019 skiftede Hernández til La Liga-klubben Sevilla for et ikke offentliggjort beløb, der rapporteres til at være 7,3 mio. pund, og underskrev en treårig kontrakt. Han fik sin ligadebut den 15. september i en udekamp mod Alavés, hvor han kom ind som indskifter i det 70. minut i Sevillas 1-0-sejr. Fire dage senere, i en Europa League-gruppespilskamp mod det aserbajdsjanske hold Qarabağ FK, scorede Hernández et frispark, det første i sin karriere, i sit holds 3-0-sejr. Den 27. oktober scorede han sit første mål i La Liga med Sevilla i en 2-0-sejr mod Getafe.
Play media
LA Galaxy
Den 21. januar 2020 underskrev Hernández en treårig kontrakt med Major League Soccer-klubben LA Galaxy og blev dermed den bedst betalte spiller i ligaen. Han fik sin MLS-debut den 29. februar i et 1-1-opgør mod Houston Dynamo, hvor han var anfører for holdet og spillede hele kampen. Den 13. juli scorede han sit første mål for klubben mod Portland Timbers, som endte med et 2-1-nederlag.