Konsolidering af portugisisk kontrol
I 1880’erne kontrollerede portugiserne handelen og opkrævede tribut i kystnære enklaver fra Ibo i nord til Lourenço Marques i syd, men deres evne til at kontrollere begivenhederne uden for disse områder var ret begrænset.Denne situation var dog ved at ændre sig. Efterhånden som naboerne til Gaza-staten med jævne mellemrum blev angrebet for at nægte at betale tribut, begyndte de i stigende grad at alliere sig med portugiserne, hvilket portugiserne både tilskyndede til og udnyttede. I 1890’erne marcherede en koalition af portugisiske tropper og afrikanske hære mod staten. Da ledelsen i Gaza endelig blev besejret i 1897, overgik det sydlige Mozambique til portugisisk kontrol. To årtier senere kontrollerede portugiserne, som på det tidspunkt havde gennemført snesevis af militære kampagner, direkte Barue i det centrale Mozambique, de afrikanske portugisere i Zambezi og Maganja da Costa prazos, Yao i Mataka, de nordlige Makua høvdingedømmer og de nordlige kystsheikdomer i Angoche.
Handelen med elfenben, guld, slaver, gummi, oliefrø og en bred vifte af europæiske varer fortsatte i hele det 19. århundrede. Den europæiske økonomiske interesse og indflydelse i regionen ændrede sig imidlertid hurtigt ved midten af århundredet som følge af udviklingen i både Afrika og Europa. Der var brug for afrikansk arbejdskraft på sukkerplantagerne og i de sydafrikanske havne og miner, efter at der var blevet opdaget diamanter (i Kimberley i 1860’erne) og guld (i Witwatersrand i 1880’erne). På grund af behovet for arbejdskraft var europæerne fast besluttet på at få større kontrol over landområder og deres indbyggere på bekostning af afrikansk lederskab. Den kombinerede kamp om adgang til mineralholdige områder og arbejdskraften til at bearbejde dem gav næring til den såkaldte “scramble” i det sydlige Afrika.
Portugal gjorde krav på et område fra det nuværende Mozambique til Angola. Selv om tyskerne, hvis territorium grænsede til Mozambique mod nord, accepterede de portugisiske krav – og dermed etablerede Mozambiques nordlige grænse – modsagde de britiske krav til regionen Portugals krav, hvilket førte til langvarige forhandlinger. Den portugisiske krone var imidlertid stærkt forgældet hos de britiske finansfolk, og det lille land var ikke til at stå mål med Storbritanniens militær; i 1891 blev Portugal tvunget til at acceptere Storbritanniens definition af Mozambiques vestlige og sydlige grænser.
Portugal havde ikke meget håb om at udvikle hele regionen på egen hånd, og derfor vendte det sig til sin velkendte koloniale strategi med at udleje store landområder til private selskaber. De chartrede selskaber fik privilegiet til at udnytte jorden og befolkningerne i bestemte områder til gengæld for en forpligtelse til at udvikle landbrug, kommunikation, sociale tjenester og handel. Mozambique Company, Niassa Company og Zambezia Company blev alle oprettet på denne måde i 1890’erne. Enhver økonomisk udvikling og investering i infrastruktur var direkte relateret til selskabets interesser og blev normalt foretaget på afrikansk bekostning. Sukker-, kopra- og sisalplantager, der i høj grad var afhængige af tvangsindkaldt arbejdskraft, og jernbaner, der forbandt Beira med det britiske South Africa Company’s område og det britiske Nyasaland mod vest og nordvest, blev alle udviklet og bygget til høje omkostninger for den afrikanske arbejdsstyrke.
Den portugisiske regering opsagde til sidst de store koncessionsselskabers chartre, hvilket bragte hele Mozambique under direkte portugisisk styre. Mellem 1890’erne og 1930’erne var det portugisiske styre i Mozambique præget af private parters udnyttelse af afrikanske folk og ressourcer, uanset om de var udenlandske selskabers aktionærer eller koloniale bureaukrater og bosættere. De mest grelle koloniale overgreb – tvangsarbejde, tvungen dyrkning af afgrøder, høje skatter, lave lønninger, konfiskation af de mest lovende områder – fandt sted uanset hvilken gruppe europæere der havde kontrollen.