Den første restaurant åbnede den 18. august 1969 i Lexington, Kentucky. Det oprindelige sted, der ligger på 301 Southland Drive lige ved Nicholasville Road, var tidligere en fisk- og skaldyrsrestaurant ved navn Cape Codder. Den oprindelige Cape Codder-bygning i betonblokke blev ombygget af arkitekten Druce Henn, som skabte den New England-stil, som Long John Silver’s tidlige restaurantkæder havde. Det oprindelige sted er nu en frisørsalon.

De tidligere restauranter var kendt for deres bygninger i Cape Cod-stil, blå tage med firkantede kupler, træbænke/borde, hummergryder og skibshjul. Senere blev der tilføjet dekorationer med mere nautiske temaer som f.eks. sæder, der lignede nautiske flag.

Disse tidlige restauranter havde også separate ind- og udgangsdøre, et korridorlignende venteområde, frituregryderier med madvarmere, der var gennemsigtige, så kunderne kunne se maden, der ventede på at blive serveret, og dørhåndtag i smedejern med “sværd”. Et vigtigt udvendigt tema i disse bygninger var havnelignende gangbroer, der var foret med pæle og tykke reb.

En del nyere restauranter beholdt det grundlæggende strukturelle design og tema, men fjernede de fleste af de indvendige funktioner. Moderselskabet Jerrico blev privatiseret i 1989 gennem et management buyout med stor gearing, og et år senere blev de andre restaurantkoncepter afhændet for at fokusere på Long John Silver’s.

Efter at have kæmpet i de næste mange år med sin store gæld, indgav Jerrico Inc. i juni 1998 en konkursbegæring efter kapitel 11. I september 1999 meddelte A&W, at de ville overtage kæden efter konkursen, og som følge heraf blev der dannet et nyt selskab ved navn Yorkshire Global Restaurants.

I 2000 indvilligede Yorkshire Global Restaurants i at afprøve multibranded lokationer med Tricon Global fra Louisville, Kentucky, som ejer KFC-, Pizza Hut- og Taco Bell-kæderne.

Morselskabet for Long John Silver’s og A&W, Yorkshire, blev overtaget af Tricon Global, og Tricon blev omdøbt til Yum! Brands, Inc. i maj 2002, men i januar 2011 meddelte Yum!, at det søgte en køber til sine Long John Silver’s- og A&W All-American Restaurants-divisioner med henvisning til dårligt salg og et ønske om at flytte mere af sit fokus til international ekspansion.

I september 2011 meddelte Yum! det forestående salg af Long John Silver’s til LJS Partners – en gruppe bestående af franchisetagere og andre private investorer.

I juli 2013 udnævnte Center for Science in the Public Interest, en overvågningsgruppe for ernærings- og sundhedspolitik, Long John Silver’s “Big Catch”-måltidet til det værste restaurantmåltid i USA og bemærkede, at det indeholdt 33 gram transfedt, 19 gram mættet fedt, 1.320 kalorier og næsten 3.700 milligram natrium. Virksomheden meddelte, at den havde fjernet transfedt fra sin menu i januar 2014.

I marts 2015 blev James O’Reilly, som tidligere havde arbejdet for KFC (en anden Yum! Brands-virksomhed), udnævnt til administrerende direktør. Han erklærede, at han forventede, at kæden ville bevare sine 1.132 butikker, omlægge sin markedsføring efter negativ presse om menuens fedt- og natriumindhold og så på muligheden for fremtidig ekspansion.

Den 22. maj 2018 meddelte Long John Silver’s, at den havde opkøbt 76 franchisebaserede restauranter, primært ejet og renoveret af ServUS, primært beliggende i Indiana. Den 19. oktober 2019 døde Warren W. Rosenthal, tidligere præsident for Jerrico og bygherre af 1.350 Long John Silver’s-restauranter, i en alder af 96 år.

Den 18. januar 2021 meddelte Long John Silver’s, at Blain Shortreed ville overtage posten som administrerende direktør.

• En sambranded Long John Silver’s og A&W i Gillette, Wyoming

• En sambranded KFC og Long John Silver’s restaurant i Lafayette, Tennessee

• En tidligere fælles Long John Silver’s og Taco Bell i Kent, Ohio, før den blev en Taco Bell-butik